食用菌病虫害的综合防治应做好以下几方面环节：
（1）通过控制白灵菇培养过程中生态环境条件，促使菌丝快速生长，限制各种杂菌的繁殖生长，最终达到促菇抑病的目的。菌丝培养和出菇场所在使用前和使用过程，应清理干净，经常消毒灭虫，保持环境卫生。培养室和出菇场要装纱门和纱窗防护。保持温、湿、光、气四大因素适合白灵菇各阶段生长需要，严防高温、高湿和不通风。适当用药，当病、虫、螨发生时，要选择高效低毒杀虫杀菌剂，严格控制用量，按农药合理使用准则施药。
（2）发现杂菌和病害螨等要及时处理，已不能控制时，应立即拿出菇房或菌丝培养室，让太阳曝晒或灭菌。还可以利用高压、日光曝晒、黑光灯诱杀及过滤除菌等物理措施防病杀虫。物理防治不污染环境，不伤害人体。在生产中物理防治病虫害应用十分广泛，如贮藏的培养料栽培之前在强光下曝晒，杀死料中的霉菌孢子和虫卵，或用高压蒸汽灭菌进行熟料栽培。制作菌种时接种和栽培袋接种，采用紫外线灯照射灭菌。在菇棚内用黑光灯诱杀菌蚊、菌蝇等害虫。
从理论上讲，采用生物防治是最理想的，由于它不污染环境，没有残毒、食用菌的生产场所范围小，人工容易控制，更有利于生物防治技术的应用。但由于食用菌生产周期短、困难较大。
目前生物防治在白灵菇上应用较少，仅以生物代谢产物的提取物来防治病害，如用100～200国际单位的链霉素可有效防治白灵菇细菌性斑点病。利用生物制剂防治害虫已有较广泛的应用，如苏云金杆菌制剂防治螨类、蝇蚊、线虫取得较好的效果。用植物制剂如鱼藤精、烟草浸出液、菊酯类农药等对许多食用菌害虫具有理想的防治效果。