灵菇菇房、棚中，子实体形态有以下几种变异现象：
（1）小盖长柄。白灵菇菌柄细长，菌盖小。是由于菇房气温较高又通风不良，致使CO2浓度过高可引起的生理性病害，这是由气温决定，所以必须要掌握好通风量，以避免此种现象。
（2）死菇。白灵菇幼菇开袋后萎缩，变黄，最后死亡。在开袋前温湿度突然变化过大或温度过高、过低，幼菇不适应，所以当幼菇长至拇指大时再开袋，避开极端高温和低温（室温24℃、4℃），就可避免此种现象。
（3）龟裂。可发生于菌盖和菌柄，影响白灵菇产量和外观。当菇房棚中湿度低于80%，温差太大，通风过旺而引起，所以要保持适当湿度与通气，尽量减少菇房日夜温差，掌握合适通风就能克服此种现象。
创造有利于白灵菇生长的环境条件是白灵菇子实体病害防治的关键。另外，选用抗逆性强的菌株，可减少各种病害的发生。