白灵菇在生产过程中，尽可能地不使用任何化学杀菌剂，即使使用也应按照国家有关无公害农产品的生产标准，尽可能地采用高效低毒的杀菌剂。目前允许使用的杀菌剂主要有多菌灵、百菌清、石硫合剂、福美双、农抗120、农用链霉素、金星消毒液、灭菌灵和消毒大王等。
白灵菇生产中允许使用的杀虫剂主要有：菊酯类农药，如氯氰菊酯；昆虫生长调节剂，如灭幼脲、除虫脲等。专用杀螨剂可用唑螨酯、哒螨酮和爱诺虫清等。
值得注意的是，要生产无公害白灵菇，在生产的全过程要遵循无公害的生还原则，在使用杀菌剂和杀虫剂时要注意以下几点：
（1）用高效低毒残留的药剂。
（2）出菇期内尽量不用或少用杀菌剂和杀虫剂，若用应注意使用时期和使用浓度。
（3）绝对禁用违规农药和其他药品。
（4）如在生产中广大菇农对农药品种有疑问，可向当地农业主管部门咨询。