菌种退化的预防措施主要如下：
（1）在菌种的培养、继代过程中，配制营养成分适宜的培养基，使其生长健壮，每隔一个时期，注意调换不同成分的培养基改变、调整、增加某种碳源、氮源或矿质元素等。此法对因营养基质不适的衰老菌种，有一定的复壮作用。
（2）有计划地把无性繁殖和有性繁殖的方法交替使用。在自然条件下，菌种的复壮，只有靠产生新一代才能实现，反复进行无性繁殖是会不断衰老的。经有性繁殖所产生的孢子，是食用菌生活史的起点，具有丰富的遗传特性。因此，用有性繁殖的方法获得的菌株，再以无性繁殖的方法保持它的优良性状，可使菌种的变异和遗传朝着对人们有利的方向发展。菌种的组织分离最好每年进行1次，3年进行1次有性繁殖。
（3）经过分离提纯的母种，适当多储存一些，并妥善保藏。分次使用，转管移植次数不要过多，避免带来杂菌或病毒污染，以致削弱菌种的生活力。