金针菇属于好气性菌类，在生长发育的各个阶段必须要有足够的氧气供给才能正常生长。菌丝生长期要注意培养室的通风换气，每天打开门窗通气；培养架上的菌瓶要经常调换位置，保持空气流通、新鲜。
同时二氧化碳的含量直接影响子实体的生长，二氧化碳浓度是决定金针菇子实体菌盖大小和菌柄长短的主导因子。当菇房空气中二氧化碳含量增高到0．114％～0．152％时，金针菇菌盖生长受抑制，菌柄伸长，长出菌盖小而菌柄长的优质商品菇。在金针菇的栽培管理上，覆盖报纸或地膜，出菇时拉直菌袋，瓶栽的金针菇当子实体长出瓶口2～3厘米时套上纸筒等，这些措施的目的在很大程度上就是要减少空气流通，增加二氧化碳浓度，从而抑制菌盖生长，促进菌柄伸长，这也就是人工栽培的金针菇菌柄比野生的金针菇菌柄长的缘故。
所以在金针菇人工栽培过程中要协调好通风和保持一定二氧化碳浓度之间的关系。