（1）选用优良的抗病虫菌种。
（2）栽培菇房位置的选择，菇房必须建成南北长条形，这样有利于通风透气。同时要注意菇房周围的环境卫生，不要把出口处建在靠近堆肥舍和畜舍的地方。要远离酿造酒曲厂，否则容易感染杂菌。
（3）栽培房的消毒。栽培房使用前一天必须进行熏蒸消毒灭菌。其具体方法为：
其一，甲醛高锰酸钾熏蒸。一般每立方米的室间需用40％甲醛8毫升，高锰酸钾5克气化熏蒸，也可以每10平方米使用福尔马林原液210毫升、生石灰210克、浓硫酸21毫升。要注意先加石灰、福尔马林，最后加入浓硫酸，加入后立刻气化。熏蒸时，要注意把门窗缝漏处糊起来。
其二，二氧化硫熏蒸消毒。方法是在栽培室内燃烧硫磺，用它所产生的二氧化硫来消毒。在室内放一个陶瓷容器，其上放纸或刨花，再加上硫磺，然后把纸或刨花点燃，进行熏蒸。因为二氧化硫气体比空气重，一旦发散成气体，就会下沉，所以燃烧硫磺的容器最好放在栽培室的上方。这种气体会腐蚀金属和衣服，消毒时必须注意。
其三，漂白粉消毒。高效的漂白粉含有效氯量40％～80％左右，使用方法是1克的漂白粉加1．8升水，静置1～2小时，取其上清液在室内全面喷雾，每平方米喷施1升。菇房内外，栽培架都要用5％的硫酸铜溶液全面喷洒。
（4）栽培管理，常用以下方法进行金针菇病虫害的控制及预防：
其一，温度和湿度的调节。高温、高湿是杂菌繁殖生长的最好环境条件。外界气温高时，菇房的相对湿度要降低，一般要求控制在85％～90％左右，如果湿度太高，各种霉菌发生迅速，势必影响金针菇的产量和质量。还要注意菇房通风换气，保持室内空气新鲜。
其二，清除污染瓶、袋。在菇房里被杂菌污染了的瓶、袋必须及时清除出房外，烧毁或深埋，绝不能在菇房里挖瓶或掏袋。否则，杂菌孢子会扩散到整个菇房，进而污染其他的瓶、袋。
其三，每批金针菇收获后，房间必须进行清洁、熏蒸消毒。
其四，栽培管理用水加入漂白粉、土霉素，可以防治病害杂菌的发生。
（5）及时杀灭害虫。在菌丝蔓延期间，只要见成虫飞出就要用杀虫剂防治。敌敌畏是理想的药物，马拉硫磷、二嗪农、除虫脲或溴氰菊酯都可以用。有菇蕾发生时，即应停止使用。