金针菇软腐病是由孢霉菌引起的真菌病害，该病病原菌菌丝棉絮状、白色，气生菌丝发达，病原菌主要来自培养料，其次是空气中悬浮的孢子落在料面或洒水时带入。在温、湿度较高的条件下，孢子萌发侵染料面，菌丝迅速蔓延形成白色菌丝，在金针菇基部侵染，菌柄变褐并腐烂，进而向上发展覆盖整个子实体，被害处呈水浸状，并逐渐变成褐色软腐。
防治方法：①菇房在进料栽培之前要用65％代森锌粉剂喷洒。②当局部发病时，立即停止喷水，加强通风降低湿度，摘除局部病菇，在患处撒生石灰。③患病区继续扩大时，立即喷洒65％代森锌600倍液、40％多菌灵800倍液、70％甲基托布津800倍液或50％苯菌灵1000倍液防治。