（1）青霉。侵入金针菇的青霉，是搔菌后侵入的。如发生青霉应立即挖出并烧掉，进行室内消毒，消毒液是2％的硫酸铜液，或稀释500倍的升汞液。
（2）根腐病。温度高时易发生。繁殖之初在培养料表面渗出白色混浊水滴，有时会积满瓶口。主要原因是培养料水分过多。发生根腐病后，应立刻挖出烧掉。手接触根腐病菌时，必须消毒。
（3）黑斑病。在菇盖上产生黑褐色斑点。多数不影响产量，但因菌盖变黑而使价格下降。用冷水直接喷在菌盖上易生这种病。
