菌袋培养30～35天后菌丝长满菌袋。有些早熟菌株，菌丝未发到底即在料面上见有小鱼子般的菇蕾出现，或有的菌袋面上出现吐黄水现象，这些都意味着金针菇由营养生长转向生殖生长（出菇阶段），此时可将菌袋搬入栽培室开袋栽培。
袋栽金针菇出菇之前是否要搔菌，应视具体情况而定。当料面出现凹凸不平或料在袋中间高四周低，原种分布不均且在中间一块原种上已出菇，料面小鱼子般菇蕾极少而袋的四周已长出子实体，料面菌皮厚或只长气生菌丝的菌袋必须进行搔菌；反之，料面平，原种分布均匀，黄水分布均匀，小鱼子般菇蕾布满料面的则不必搔菌。