接种后的菌瓶即可移入培养室培养，温度以调节到20℃～22℃为宜，待菌丝长满瓶即成原种。菌种瓶口先向上直立放在架上，待菌丝已吃料后可卧放重叠（图10）。培养过程中应常检查，如有污染要及时捡出消除。由于金针菇菌丝体在低温和遇到光刺激后容易扭结而形成原基，因此，培养室要注意遮光，尽量创造一个昏暗的环境。培养室内还要注意通风换气，保持室内空气新鲜。同时，室内空气相对湿度保持在60％左右。图10原种瓶在培养架上的摆放
多数制种单位没有恒温培养室，要保证生产的正常进行，可在用作培养室的房内安装冷暖气管，以调节温度。也可盖成半地下室，创造适宜菌种培养的环境，但要具备通风和排水条件。
培养室在移入接种后的菌种瓶之前，要进行灭菌处理，其方法有以下几种：
（1）甲醛气化消毒法：根据培养室容积的大小，每立方米用甲醛（含量40％）20毫升，生石灰20克，浓硫酸2毫升，混合于陶瓷容器内，很快即气化。消毒时，培养室温度保持24℃左右，密闭4小时以上。
（2）甲醛、高锰酸钾气化法：取一陶瓷容器，放入高锰酸钾和甲醛，每立方米用甲醛5毫升，高锰酸钾5克熏蒸4小时。
（3）漂白粉消毒法：用2％～5％的漂白粉溶液洗刷培养室墙壁、地板、培养架等。
原种菌丝发到瓶底的天数，视不同菌种特性及室温情况而异，一般需30～35天，麦粒种15～20天。麦粒种易衰老，所以应根据制栽培种的时间来安排制麦粒原种时间，以防降低菌种活性和产量。
实践证明，金针菇原种的菌龄过长或过短对栽培种的生活力、吃料快慢均有影响，一般菌龄不超过40天，因此，生产者在安排制栽培种时应根据原种的菌龄长短分期分批制栽培种。