金针菇的菌种一般保存在培养基中。菌种相当于农作物的种子。优质的菌种其生命力旺盛，在适温下接种后菌丝很快布满整个培养基，抑制杂菌的生长。因此，菌种是金针菇生产的关键，制备优质的菌种是金针菇取得栽培成功的首要环节。
金针菇菌种分为母种、原种和栽培种3级。母种是从健壮的子实体上分离获得的，或是通过各种杂交手段获得的一级种，即试管种，一般由有关研究单位提供。把母种接到培养基上繁殖出的菌种称为原种，即二级种。原种转接到塑料袋（瓶）中扩大成栽培用种称为栽培种，即三级种。
