明代提倡的学术是程朱理学和具有僵化格式的八股文，这可以说是比以往任何时代都僵化的学术统治。中国传统文化发展的道路已被限制到了快要窒息的地步。然而，在最严酷的统治下往往产生最激烈的反抗，最僵化的学术统治也会使社会涌现出最激进的新思想。
明代城市居民和工商业者利益的代表者已经在政治上崭露头角，其中最典型的是由中小地主和下层官吏中的知识分子组成的一个集团——明朝晚期的东林党人。这些人读过经，写过八股文章，但社会现实的经济生活和政治生活对他们的吸引和影响使他们成了有激进新思想的一代人。东林党人反对皇帝和宦官集团的胡作非为，甚至反对矿监、税监和征商，并企图把自己一派的官员推入内阁执政。但是，支持他们的是城市居民阶层中一些相对弱小的势力集团，所以他们没有在政治上取胜。他们以私人书院为基地讲学和议政，他们的活动是起于下层的知识分子凭借下层社会的支持企图参与国家政治生活的最初尝试。
明代中叶以后社会生活中的新气象在抽象的思想界也有反映。这就是一部分人对朝廷推崇的宋代理学表示了怀疑并提出新的见解。王守仁（1472～1528）尽管是个官僚，但他改造了陆九渊的学说，提出理不是客观的，也非圣人所定，而是存在于每个个人心中的，他主张人人“致良知”。这对于主张信圣人之言的传统来说无疑具有解放思想的作用。但王守仁（阳明）在认识自然方面却比宋代的朱熹后退了一步，在他看来，“先儒解格物为格天下之物，天下之物如何格得？且谓一草一木皆有理，今如何去格？纵格得草木来，如何反来诚得自家意？”“乃知天下之物本无可格者，其格物之功只能在身心上做。”（《王文成公全书·传习录》）王守仁的弟子王艮（1483～1541）更明确地鼓吹个人的重要性，反对个人向命运妥协，主张“造命”，并在各地讲学论道，把自己的学说散布到农民、手工业者和商人中去。他与德国宗教改革家路德（1483～1546）和文艺复兴时的大画家拉斐尔（1483～1520）同龄，可见他的思想没有落后于当时的世界，而是走在那个时代前列。王守仁学派中最有名的思想家是李贽（1527～1602）。李贽曾做过知府，后离开了官场，寄居到友人家中著书立说，讲学时他激烈地批判传统和孔子，居然公开招收女弟子，并在炎夏剃光头——这是以行为来反传统，所以被当时士人视为异端之尤。由于李贽公开反对对孔子的崇拜和三纲五常，并付诸行动，最后他被官府称为乱道惑世的“妖人”而被捕。李贽在狱中割喉而死，毫不妥协。更晚一些的王学后生唐甄（1630～1704）更为激进。他在《潜书》中明确认为，“自秦以来凡为帝王者皆贼也”，“杀人者众手，天子实为之大手”，可见他对君主制恨之入骨。显然，明朝后期以来中国的思想界出现了一阵同以往1800多年的传统相悖的新潮流，这与同期的欧洲文艺复兴时的人文主义思潮是相近的。但后者是在一场社会政治、经济、文化变革的疾风暴雨中产生的，中国社会的结构却没有发生相应的巨大变革。
另外还有一些与王守仁学派风格相异的思想家。他们在哲学上各有所持，但都比较注重所谓经世致用之学。这些人在明末的社会环境中奠定了自己的思想基础，清军入关后有不少人曾组织过反清的军事斗争，失败后隐居著书。尽管他们的思想成果产生于清代初期，但其根基仍然扎在明末的社会中。在他们之后整个清代直到鸦片战争前还没有再产生过这类思想家。这些人中最有名的是王夫之（1619～1692）、黄宗羲（1610～1695）、顾炎武（1613～1682）。王夫之反对君主专制，要求政治改革，认为土地非帝王私产。黄宗羲接受王守仁的哲学，但在政治上更为激进，他著《明夷待访录》，说皇帝把天下作为个人产业，“以天下之利尽归于己，天下之害尽归于人”，所以，皇帝是天下最大的祸害，但他还找不到一个根除皇帝政治的、有可行性的良方。在他看来，君臣关系不是主仆而是师友，治天下不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。黄宗羲的理想是通过法治、加强学校的舆论和恢复丞相制来限制君权。他还提出了工商皆本的看法，这是对中国传统的以农为天下之本、反对舍本逐末的思想的质疑。以上这些论调明显地具有超越古人和前人的性质。顾炎武推崇程朱理学，但他同样反对君主制，他的名言“天下兴亡，匹夫有责”最初可能是号召人们反清的口号，但常被理解为以天下为己任。总之，他们是自秦汉以来真正第一次在思想上超过了春秋时的诸子百家的人，具有了朦胧的近代精神和民主主义的思想，对传统的君主专制制度作了清醒和深刻的批判。这是中国传统社会即将发生变革的早期信号。
以上新思想产生于一个历史的断层中。明末的天下大乱和清初的德化政策使之蓬勃一时。当这些人去世之后，随着清朝对文化和意识形态问题的关注，这些新思想便不能在下一代人中产生影响了。满族贵族统治的清朝斩断了它的续根。况且，即便设想清兵没有入关，这些新思想也不见得会在中国社会中立刻激起一场政治或文化革命。
与新建立的清王朝不合作的明末知识分子中还有一位叫方以智（1611～1671）。方以智在明的翰林院当检讨，清朝时他把自己的兴趣转向了天文、地理、生物、物理、历史、医药、文学和音韵等学术。他接受了明末传入的西方科学知识，推崇所谓质测（实验），但他不满意基督教神学。他的思想受中国朴素的传统哲学影响，认为“一切物皆气所为”，“宙轮于宇”。方以智没有迷信偏见，写了一部《物理小识》。
文学虽然与科学技术的关系很远，但却是帮助人们理解整体性的社会生活的一个方面。明代是中国古典文学具有划时代发展的一个时代，它反映了市民阶级兴起后新的社会文化生活。著名的作品有元末明初人施耐庵写的《水浒》、明初人罗贯中写的《三国演义》，明中期人吴承恩写的《西游记》，明后期100多种小说中的《金瓶梅》、《东周列国志》、《封神演义》、《杨家将》以及冯梦龙（1575～1646）编的《喻世明言》、《警世通言》、《醒世恒言》等。另外还有汤显祖（1550～1617）的剧本《牡丹亭》。从历史上看，在唐宋以来作为旧士人创作和欣赏的诗词已经不兴盛，而民间知识分子创作并供市民和一般人欣赏的小说和戏剧却在大发展。这是社会文化生活由“阳春白雪”向“下里巴人”的转移。这无疑是与朝廷提倡的理学和八股文章方向相反的一种潮流。当然，明代的文学也是明代人民精神的写照，这就是：保守和革新、造反和妥协混合，精明而又迷信，哀叹生活艰难又追求放纵的享受，对统治者蔑视、痛恨而又抱有幻想……