加强海洋环境管理，继续保持海域水质的良好状态，基本控制近岸海域污染和生态破坏的发展趋势，使部分污染比较严重的重点河口、海湾、海域的环境质量有所改善，防止新经济开发区邻近海域的生态破坏，力争减轻海洋环境灾害。完成近海海洋环境功能区划，扩展管理领域，对我国管辖的全部海域逐步实施环境监督管理。
实施《污染物排放总量控制计划》实施污染物排放总量控制是保证实现“九五”环境保护目标的需要。我国环境污染已经十分严重，在不少地区有些污染物排放量已明显超过环境承载能力。若不采取果断措施，随着经济和人口增长，污染物排放总量还会增加，环境污染程度还会加剧，污染范围还会扩大。为了实现“九五”环境保护目标，必须严格控制污染物排放总量。
《“九五”期间全国主要污染物排放总量控制计划》是国家对环境保护实行宏观管理的控制性计划。计划中所列的12种污染物，都是对环境危害大的、需要重点控制的主要污染物。只有控制住这些污染物的排放总量，才有可能基本控制住环境污染加剧趋势。
实施污染物排放总量控制是我国环境管理制度的重大转变。“九五”期间，要积极创造条件实施总量控制计划；同时，要开展试点，积极探索实行污染物排放总量控制的管理和运行机制。
各级政府负责，各部门协同作战。各级政府要按照对本辖区的环境质量负责的要求，组织制订和实施《污染物排放总量控制计划》。污染物排放量较大的工业部门，在制订行业发展计划时，要体现污染物排放总量控制的要求，努力实现增产不增污。
在国家重点控制的流域和地区，按照环境质量标准的要求，制定重点污染物排放总量控制计划，并对有排污量削减任务的企业实施污染物排放量核定制度。
改革环境管理制度，加强环境管理基础工作。按照总量控制要求，改革环境影响评价“三同时”、排污收费等制度。环境管理制度的改革，要有利于实现环境资源的合理配置，有利于贯彻国家产业政策，有利于企业技术进步，有利于提高治理污染的积极性。同时，要加强环境科技、标准、监测、统计、信息工作，建立实行污染物排放总量控制和管理支持系统。
加强对环境质量的宏观调控。在实行污染物总量控制的同时，加强对改善环境质量的宏观管理，实行上管一级，即：国家审批重点流域和重点城市污染防治规划，确定其必须达到的环境质量；省、自治区、直辖市审批所辖地市和辖区内流域的污染防治规划，确定其必须达到的环境质量。
实施《中国跨世纪绿色工程规划》为了实现环境保护“九五”计划和2010年远景目标，要实施《中国跨世纪绿色工程规划》。
《中国跨世纪绿色工程规划（第一期）》以有效削减污染负荷和保护生态环境为目标，汇集了各地区、各部门在“九五”
期间计划实施的、资金较有保障的重点工程项目，突出重点流域和地区的环境综合整治、重点城市环境基础设施建设、重点污染源治理和“三废”综合利用等方面的工程项目。完成这些工程项目，将使我国主要环境问题加剧趋势得到基本控制，局部地区环境状况得到改善。
《中国跨世纪绿色工程规划》在今后的3个五年计划期间将分三期实施。第一期在“九五”期间实施，共有项目1591个。其中，水污染防治项目800个，大气污染防治项目334个，固体废物污染控制项目274个，生态环境保护项目117个，全球环境问题有关行动项目63个，国家环境监督管理能力建设项目三个。随着实施进程，还将不断补充新的项目，滚动发展。工程投资按“污染者付费”原则，由地方和企业解决。