畲族人民大多居住中国东南部的山区中，这里属于亚热带湿润季风气候，适宜的气候条件非常有利于药用植物生长、发育、繁殖。加上地形、植被、土地利用等情况的差异，形成了土壤类型的多样性，如红壤、黄壤、紫色土、冲积土、风沙土、盐土、草甸土、水稻土等。由于地理、气候、土壤等自然条件不同，畲族药物种类繁多，资源丰富，地理分布类型齐全，中国15个分布区类型都有分布，常用308种畲族植物药中，就有9类118科。
动物药源也十分丰富，既有华南地区典型动物类型，又有温带南部区系的动物类型，如兽类、鸟类、爬行类、两栖类、昆虫类、水生生物、微生物、海洋动物等数千种。矿物资源有金蒙石、银精石、金精石、寒水石、磁石、阳起石、代赭石、炉甘石、钟乳石、紫石英、白石英、自然钢铜硫黄、赤石脂、无名异等。