江都市截污导流工程主要是兴建尾水提升泵站和尾水输送管道，将进入三阳河、新通扬运河的江都市清源污水处理厂尾水输送至长江双港段主江堤外，有效改善南水北调输水干线三阳河段水质及水环境。工程建设内容为铺设尾水输送干管22.92千米，管线共穿越大小河道21条、等级公路6条；兴建提升泵站一座。工程设计尾水排放规模为4万吨/日，概算投资8125万元，工期12个月。
江都市作为南水北调东线工程的源头，为确保东线调水水质，江都市将打造“清水走廊”和创建国家环保模范城市有机结合起来，采取结构调整、限期治理和依法关闭等手段，对各类化工企业实施专项整治，不断强化政府的服务职能，积极协调相关部门，为截污导流工程顺利进行创造条件。截污导流工程建设由常务副市长作为领导小组组长，成立了由十几个相关部门领导为成员的领导小组，并建立了多种会议协调机制，为截污导流工程提供了强有力的组织保障。
目前，工程已基本建成，并通过联合试运行暨合同项目完工验收。至2009年9月底，累计完成投资7550万元。
（二）淮安市截污导流工程
淮安市截污导流工程主要是将清浦、清河、开发区直接排入大运河、里运河的污水截流，送至污水处理厂集中处理后，尾水通过清安河排入淮河入海水道南泓。淮河入海水道将建尾水导流入海湿地处理工程，对尾水进一步生态处理后东排入海，有效改善南水北调输水干线大运河及里运河淮安城区段水质及水环境。工程建设内容为铺设沿大运河、里运河截污干管长23.95千米，配套建设污水提升泵站5座，移址重建清安河穿运洞，清除里运河污染底泥24.3千米，里运河城区段护岸防护培建9.19千米，实施清安河河道疏浚17.94千米；拆迁两岸居民房屋面积9.6万平方米，移民3618人。工程设计尾水排放规模为9.7万吨/日，概算投资6.97亿元，工期18个月。
淮安市截污导流工程建设处运用循环经济的理念和市场化的运作手段，探索和创新工程融资方式解决了资金缺口，开了淮安市通过市场融资进行大型工程建设的先河。为了实现成功融资，淮安市水利局以水利资产经营公司为平台，采取工程弃土区土地、储备用地以及公司优质资产抵押等形式进行融资。待工程建成后，通过美化、亮化里运河沿线环境，在里运河水岸发展商业地产、商务地产、住宅地产、旅游地产和文化娱乐项目等，带动里运河两岸“水岸经济”发展，然后由政府从收益中拿出资金偿还贷款。所融资金取之于民，用之于民，通过截污导流工程的实施，充分体现了民生水利利国利民的深刻内涵。
目前，工程沿线配套建筑物和柯山路干管工程已基本完成，正在抓紧实施里运河清淤及护岸工程、清安河疏浚及护岸工程和穿运洞移建工程。至2009年9月底，累计完成投资37432万元（含地方配套）。
（三）宿迁市截污导流工程
宿迁市截污导流工程主要包括运西截污工程和尾水输送工程两部分。运西截污工程主要是封堵现有老城区12家工业企业向中运河的排污口，并沿运河铺设截污干管，将处理过的工业尾水收集至提升泵站；尾水输送工程主要是将尾水提升后通过管道输送至新沂河，经湿地处理后东排入海，有效改善南水北调输水干线中运河宿迁城区段水质及水环境。工程建设内容为铺设运西工业废水收集干管6.3千米，铺设尾水输送干管23.2千米；新建0.25立方米/秒、0.85立方米/秒提升泵站各一座。工程设计尾水排放规模7万吨/日，概算投资11164万元，工期18个月。
目前，尾水输送管道铺设工程已基本完成；正在抓紧实施尾水提升泵站工程。至2009年9月底，累计完成投资10937.5万元。
（四）徐州市截污导流工程
徐州市截污导流工程主要利用现有的河渠和新开部分渠道等，建立运河沿线区域尾水“蓄存、导流、回用”体系，将京杭大运河不牢河段、中运河邳州段、房亭河等对南水北调东线工程有影响的区域尾水通过工程性措施，进行收集、处理、回用、导流，剩余尾水从大马庄涵洞处入新沂河北偏泓经湿地处理后入海，使南水北调输水干线徐州段水质达到地表水环境质量Ⅲ类标准，同时保证导流工程沿线尾水受水区域的水环境安全。
工程主要建设内容为新开尾水渠道（涵管）25.7千米，利用现状河渠144.58千米（其中疏浚95.83千米）；建设干渠建筑物42座（其中控制涵闸24座、输水涵洞14座、混凝土渠3处、提升泵站1座）；新（改）建跨河桥梁94座（其中公路桥13座、生产桥81座），按照恢复原功能原则实施小型配套建筑物116座。工程设计尾水入新沂河流量为41.96立方米/秒，概算投资72493万元，工期30个月。
目前，张楼中运河地涵一期和苗圩地涵汛前工程已基本完成，工程沿线河道疏浚及配套建筑物工程全面开工建设。至2009年9月底，累计完成投资28575.7万元。图3-35为徐州截污导流工程圩堰工程施工现场。
二、污水处理厂
根据《南水北调东线工程江苏段控制单元治污实施方案》，江苏省调水沿线地区计划新建26座污水处理厂，形成污水处理能力81.5万立方米/日。截至2008年底，26座污水处理厂全部建成，其中，有17个采取了BO吨方式建设运营，共融集社会资金8.7亿元。为推进城市污水处理厂建设，江苏省根据“污染者付费、治污者收益”的原则，提高了污水处理费征收标准，建立环境资源有偿使用机制。沿线各市县的污水处理费已全部调整至每吨0.8元以上，有效调动了社会资本投资的积极性，为污水处理设施实现投资主体多元化、运营主体企业化、运行管理市场化创造了条件。为加强城市污水处理费的征收、使用和管理，江苏省还出台了《江苏省城市污水处理费管理办法》，明确城市污水处理费的征收和使用要接受当地财政、物价、审计等有关部门的监督和检查，确保专项经费专款使用。为加强对自备水源用户污水处理费征收工作，省政府出台了《关于加强自备水源用户城市污水处理费征收工作的意见》，省财政厅、物价局等六部门制定了《江苏省自备水源用户污水处理费征收管理办法》，明确了对自备水源用户污水处理费征收的具体办法，力求有效解决为规避缴纳污水处理费，自备水源用户群体在不断加大的实际情况。省财政厅、建设厅还出台了《江苏省淮河流域城镇污水处理工程管网项目建设奖励办法》，以“以奖代补”形式支持淮河流域暨南水北调污水处理厂管网建设。
三、流域综合治理
为提高流域综合治理水平，江苏省采取有效措施，不断深化流域综合治理。一是将调水源头江都取水口划为饮用水源保护区，国家环保总局批准为源头生态功能区，扬州市编制了专门的保护规划，并委托高等院校编制可行性研究和初步设计，目前部分工程已启动实施。二是加强生态建设。
调水沿线地区积极开展全国生态示范区创建工作，实施生态农业示范县建设，大力发展生态农业，加强无公害农产品、绿色食品和有机食品基地建设，狠抓农业面源污染防治。南水北调江苏省沿线地区通过生态农业示范县建设，已建成无公害农产品、绿色食品和有机食品基地1500多万亩，化肥使用量比2000年减少了15%以上。三是积极推进船舶石油污染综合整治。为做好大运河船舶污染防治工作，江苏省投资2800余万元在沿线已建成21座船舶垃圾收集站和43座油废水回收站，治理大运河船舶污染的硬件已建成。图3-37为新建的船舶垃圾收集站。为确保这些治污设施切实发挥作用，江苏省交通厅、建设厅、环保厅联合印发《关于在苏北运河统一开展船舶垃圾、油废水送交和接收工作的通告》。四是启动实施入海口滩涂湿地生态处理系统。为减少对海洋的污染，江苏省拟在淮河入海水道、新沂河入海水道的入海口滩涂上建设生态工程，使尾水经过生态处理后排放入海，以减少对海洋的污染，现正在开展前期工作。
四、工业点源治理
根据《南水北调东线工程江苏段控制单元治污实施方案》，江苏省确定工业点源治理项目65项，截至2008年底已全部完成。为加强工业污染治理，江苏省主要采取了以下措施：一是严把新建企业审批关，工艺上不能达到一级排放标准或超环境容量的项目不予审批。省政府办公厅出台《关于加强苏北地区新建化工项目管理的意见》，明确在苏北地区禁止新建单个项目一次性固定资产投资额5000万元（不含土地费用）以下的各类化工项目。在省政府《关于印发江苏省节能减排工作实施意见的通知》中，还进一步提出“三不两限”的约束性措施，“三不”是指：凡清洁生产水平偏低、排污总量核定不清或平衡途径不落实的项目一律不批；所在区域现状水质超过功能要求的新增水污染物项目一律不批；建设项目环保竣工验收中，主要污染物总量超标的一律不予通过验收。
“两限”就是：对不能按计划完成污染减排任务的地区，暂停审批增加区域污染物排放总量的项155目；对重点治污工程建设严重滞后或建成后不运行的地区，暂停审批新的有污染项目。二是关闭重污染企业。按照省政府《关于加快推进新型工业化的意见》和《江苏省工业结构调整指导目录》，目前，南水北调东线江苏段沿线的13家石灰法制浆工艺已全部淘汰，关闭了36家年产3.4万吨以下化学制浆、1万吨以下酒精、淀粉企业的生产线和2万吨以下黄板纸、1万吨以下废纸造纸企业，查禁了130多家“十五小”和“新五小”企业，大幅度地削减污染物的排放。三是深入开展化工生产企业专项整治。根据省政府下发的化工生产企业专项整治方案，从2005年起用3年时间，开展全省化工生产企业专项整治工作。南水北调东线江苏段已确定要关闭304家企业，到目前为止已关闭230家。同时要求重点做好化工企业的入园进区和改造提升，这将进一步消除安全和污染事故隐患，提高整个化工行业的生产技术水平和市场竞争能力。四是提高行业污染物排放标准。近两年来，江苏省出台了严于国标的《江苏省纺织染整行业水污染物排放标准》和《江苏省化学工业主要水污染物排放标准》，南水北调东线江苏段沿线各地已按照新的地方环境标准，通过更新改造设备、提升工艺水平，完善治污设施，达标排放水平得到提高。五是严格重点污染源总量监测制度，对南水北调东线江苏段280多家日排废水100吨、日排COD30千克或日排氨氮20千克的重点污染源全部安装在线监控装置。继续开展重点污染源总量监测季报制度，对污染物排放负荷较高的企业严格监控，同时对存在超标排污现象的企业实行强制性清洁生产审核，并向社会公布名单，全面提高工业点源治理水平。