索尼眼看鳌拜权势日盛，又与苏克萨哈水火不容，而自己却年老多病，心中十分忧虑。当康熙届临14岁的亲政年龄时，他就策动三辅臣与他一起于康熙六年（1667年）上奏让康熙小皇帝亲政。
但是当时皇帝的能力和势力仍不能与鳌拜抗衡，小康熙要求四大臣继续帮着他辅政数年。在这不久之后的六月，四位辅政大臣之一的索尼病逝。
七月，在孝庄太皇太后的决定下，小康熙才正式亲政。康熙于是在紫禁城的太和殿接受王以下文武官员的庆贺礼，宣告天下自己亲政的开始。从此，14岁的康熙就定期亲临乾清门听政，令鳌拜等人仍以辅政大臣身份处理国家军政事务。
年幼的康熙亲政后，经过一段时期的磨炼，在观察问题或处理政务方面，都有了一定的主见与能力。
但是，鳌拜权重势大，康熙的旨意大都无法遵行。康熙在亲政的最初日子里，就面临了一个难题，就是这件事才让年幼康熙决定要除掉鳌拜这个奸臣。
当时鳌拜在朝廷中的势力很大，鳌拜同其亲弟都统穆里玛，侄塞本得，领侍卫内大臣，秘书院大学士班布尔善，吏部尚书阿思哈，兵部尚书噶褚哈，兵部侍郎泰壁图等结成死党，把持了议政王大臣会议和各部实权，滥用康熙皇帝的权威，专横跋扈。
朝廷的文武官员，多出鳌拜门下。所有的政事先要由鳌拜看过了，定夺过了才能交到小皇帝的手中。眼看着鳌拜的羽翼如此强硬，康熙日思夜想，怎样除去鳌拜。机会终于来了。
有一天，苏克萨哈向刚亲政6天的康熙递上奏折，请求辞去辅政大臣的职务去看守寝陵。其实，这是苏克萨哈要保全自己的策略。因为苏克萨哈深感自己同鳌拜结怨日深，为了保全自己，他趁康熙亲政之际，上书恳请解职，并一吐心中积郁愤说鳌拜专横跋扈。
康熙看完后，立刻与孝庄太皇太后商量，又密诏上书房大臣熊赐履、明珠、索额图等进宫密议。
熊赐履是大学士，他博学多才，很有谋略，人称“小诸葛”。索额图是首席顾命大臣索尼的第二个儿子，索尼去世后，他承袭了父亲的爵位，入主上书房。他和他的父亲索尼一样，也是对皇室忠心耿耿的大臣。明珠是由进士直接提入上书房大臣的，他的《论圈地误国论》一文深受皇帝赞赏，所以得到了破格提拔。
别看康熙皇帝年幼，但是聪慧过人，再加上有孝庄太皇太后的帮助，康熙决定要借苏克萨哈请辞这个机会打击鳌拜。这个计谋总体来看，还是十分严密的。
可是，康熙却忧虑地说：“鳌拜权大势大，如果他反过来咬一口，苏中堂却有性命之忧呀。”
大家沉默了一会儿。明珠突然说：“皇上，您肯不肯听臣一句话？”
康熙说：“明珠，你说吧，我不会怪你的。”
明珠说：“皇上，您既然已经亲政了，臣认为，辅政大臣也没有必要留着了。”
其实，明珠说的这些话，康熙早就想过了。他也认为，顾命大臣在他亲政后，没有存在的必要了。但是，康熙是一个仁德的君主，他不愿用“杀”来除掉像苏克萨哈这样忠心的顾命大臣。他沉思了一下，说道：“你们先退下吧，朕再想想。”
三个大臣慢慢退下。走到门口，索额图冷冷地瞅了一眼明珠。因为明珠的话让他感到不舒服。这两个人，在以后的日子里，成了对头。表面上和平相处，辅佐君王；暗地里却针锋相对，互相攻击。
康熙在深思熟虑后，第二天，派大学士熊赐履去向苏克萨哈查问辞职原因，并加以慰问。
鳌拜耳目众多，立刻知道了这件事，一番密议后，鳌拜立刻进宫求见康熙。康熙在上书房接见了他。
鳌拜请完安后，站起身，说道：“皇上，苏克萨哈有异心，他的奏章大逆不道，非处极刑不可。”
康熙“嗯”了一声，不作回答。
螯拜又说：“皇上刚刚亲政，苏克萨哈便要去守寝陵，这不是蔑视皇上吗？”
康熙仍然“嗯”了一声，不作回答。
鳌拜见康熙不表态，一股火上来了，又说：“皇上年纪太小，对朝廷大事还不太明白，苏克萨哈不顾先帝遗训，违背祖训，皇上刚刚亲政，应该尽快树立威信，使大臣们心里畏惧。”
康熙说：“苏克萨哈虽然不对，不过他是辅政大臣，跟你一样，都是先帝很看重的人。如果我刚亲政就杀了大臣，只怕先帝在天之灵，会不高兴。”
鳌拜哈哈大笑，说：“皇上，你说这几句可是小孩子话了，先帝命苏克萨哈辅政，是吩咐他好好侍奉皇上，可是他辜负先帝，可不是皇上对不起他。哈哈，哈哈！”鳌拜说完就放肆地大笑起来。
康熙说：“鳌少保，有什么好笑的？”
鳌拜一怔，赶忙说：“是，是，不，不是。”脸色十分尴尬。
康熙沉默了一会儿，过了半天才说：“如果因为你所说，杀掉苏克萨哈，天下百姓会说，原来先帝没有眼光，选这样的人做辅政大臣，会说先帝没有见识。”
鳌拜满不在乎地说：“天下百姓爱怎么想，就让他们胡思乱想好了，他们肯定不敢说出来，有谁敢说先帝的错，看他有几个脑袋？”
康熙说：“古语说得好，‘堵百姓的嘴，像堵洪水，总有一天会泛滥’，不许百姓说出心里话，终究不好。”
鳌拜说：“奴才当年跟太宗皇帝和先帝爷打仗，从关外打到关内，立下无数汗马功劳，汉字不识一个，一样取得了天下。”停了一下，他又说：“汉人书生的话，最不能听，如果汉人这些读书人的话对，那么汉人的江山，又怎会落到咱们满人手里？所以奴才还是奉劝皇上，少读那些汉人的书为好。”
康熙说：“鳌少保为国，的确立了大功，否则先帝也不会这样重用鳌少保了。”
鳌拜说：“奴才只知道赤胆忠心，为皇上办事。打从太宗皇帝起，到世祖皇帝，就讲究赏罚分明。这苏克萨哈是个大大的奸臣，非处以重刑不可。”
康熙心想，你才是一个大大的奸臣呢。他说：“你一定要杀苏克萨哈，到底自己有什么想法？”鳌拜说：“我有什么想法？难道皇上以为奴才有什么私心？”越说声音越大，语气也越来越凌厉，顿了一顿，又厉声说：“奴才为的是咱们大清的天下，皇上这样看奴才，奴才真不明白皇上是什么意思！”
康熙见他凶相毕露，满脸横肉，双眉立了起来，凶神恶煞般地走向自己，双手握紧了拳头。他忍不住“啊”的惊呼了一声，从椅子上跳了起来。他立刻出了一身冷汗，知道刚才太鲁莽了。康熙亲政不久，知道此时不能和鳌拜撕破脸，便说：“鳌少保，这件事交给你和康亲王杰书、大学士熊赐履一同办理吧。”
鳌拜听到康熙的话有点缓和，便说：“多谢皇上，臣等必查处苏克萨哈。”
这次对话后，鳌拜心里更加气愤，心想一个小孩子还敢和我辩理。这时鳌拜早就心怀不满，想借这个机会打压年幼的康熙皇帝，以便将来他能够更加独揽大权。
回到自己的王府后，鳌拜与他的同党班布尔善等密谋。后来又在遏必隆家的马圈内密谋，罗列苏克萨哈内心奸诈、不愿归政康熙皇帝等二十四条罪状，要将苏克萨哈与其子查克旦凌迟处死。
第二天早朝。康熙刚上殿，就看见鳌拜带了一帮大臣，并排长跪在地。康熙心中已明白是怎么回事，他暗暗稳定了一下情绪，装作若无其事的样子坐在御椅上，淡淡一笑：“众卿请平身说话，有什么要奏啊？”
康亲王杰书抬头看见康熙犀利的目光，畏缩地避开，跪下低头奏道：“苏克萨哈请守寝陵一案，奴才等已拟过，奏请皇上降旨。”康熙瞥了一眼鳌拜，看见鳌拜一本正经地站着，嘴角上挂着一丝笑意。
他立刻明白，鳌拜竟然压制杰书等大臣，由杰书出面扳倒苏克萨哈。康熙定了一下神，摆手说道：“你们打算怎么发落苏克萨哈？”
“是……”杰书亲王叩头道，“奴才等思之再三，苏克萨哈身为辅政大臣，背叛先帝，藐视皇上，心怀异心……”
“慢！”康熙大声地说，“这么大的罪，该怎么处置呢？”康亲王杰书见康熙脸上变色，非常惊恐，只好硬着头皮奏道：“欺……欺蔑皇上，共24项罪名，应……凌……凌迟处死，全家抄斩……”
一时间，偌大的金銮殿像古墓一样沉寂，只有殿角一尊镀金的西洋自鸣钟在机械地咔咔啼响着。
里外跪着的大臣们面面相觑，索额图、明珠、熊赐履等大臣，怀着极度紧张的心情，小心地窥听殿内的动静。
康熙两手抓着椅背，捏出了汗水，他迫使自己没有拍案大骂，只是稍微口吃地问：“苏……苏克萨哈请守先帝陵，不过言语激烈了一点，怎么扯到谋反上头了？”
杰书在底下连连叩头，只说“这……”却无法回答。
只见这时鳌拜将马蹄袖轻快地一甩，撩袍跪下，昂头说道：“苏克萨哈辜负先帝托付之恩，不尊当今皇上，与谋反无异，奴才认为，这个处分很对。”
话还没有说完，只听“啪”的一声，康熙一掌击在龙案上，眼睛像要冒出火来：“不尊圣上，眼前何尝没有，朕看苏克萨哈倒是还有规矩！”
鳌拜也火了，心想：今日就是说黑了日头，也得杀掉苏克萨哈，不然就一跟头栽到底了。他从地上一跃而起，翻起马蹄袖，挥舞着拳头说：“难道皇上说我欺君？”一边说，一边气势汹汹地逼近御座。
康熙不禁倒抽了一口冷气，值差的随身侍卫也惊出了一身冷汗，抢前一步挡在鳌拜与康熙之间。
侍卫中有曾是鳌拜手下的，都互相使了一个眼色，按兵不动，静观事态发展。
康熙稳了稳神儿。他本想借此机会诛斩鳌拜，但见侍卫心不齐，鳌拜侍卫又在宫外候着，如果真动起手来，成败难料。看看鳌拜，仍是一脸凶相，心里叹息一声：只好先退一步了。
康熙心里一冷静，说话也流畅了：“不必如此急嘛，苏克萨哈即使有罪，也不至于凌迟处死呀。”
这一刻，鳌拜也迅速对形势做了估量，眼前就在这里动手，杀康熙的把握是很小的。他掂量了一会儿，答道：“按清律，苏克萨哈是凌迟之罪，不过既然皇上怜悯，那就免了，改为斩刑！”
康熙听鳌拜的话意有了缓和，暗暗舒了一口气，自己的安全问题不大了。后退一步，丢卒保车吧。想到这里，他便板着脸沉吟不语。
索额图立刻明白了康熙的心意，于是叩头说：“皇上仁慈，依臣愚见，就处以绞刑吧。”
鳌拜一听索额图说这话，心里有底了，就赶忙迎合上去说：“皇上圣明，凌迟处死太重了，就改为绞刑吧。”还没有等康熙表态，他就拿起朱笔，在奏文上批示，还边说：“我替皇上代笔了。”
康熙见鳌拜对自己这样无礼，气得脸色发青，但想到这样做的结果，也有利自己，所以也就没有阻止他。
最后鳌拜将苏克萨哈处以绞刑，其子查克旦及其他涉及的人犯，一律照原议处置。
从此，鳌拜愈益嚣张。平时，起坐班行，鳌拜原居遏必隆之左，遏必隆则居鳌拜之右，两人位列照旧。遏必隆对此不免心惊胆战。
一天，上朝时，遏必隆特意后退数步，低头哈腰地向鳌拜忍让说：“我怎好上座！”鳌拜闻言，不禁傲然奸笑，随即昂首上前而坐。
鳌拜的党羽于列名启奏时，索性将鳌拜放在遏必隆前面。趋炎附势的人也愈来愈多。
有人上奏，一再肉麻地吹捧“鳌拜为圣人”，鳌拜的爵位也一加再加。
康熙六年八月，授鳌拜一等公，原所有二等公命其子那摩佛袭替。康熙七年正月，加鳌拜太师。
鳌拜居功自傲越来越不把皇帝放在眼里，这就注定了年幼的康熙皇帝要有所行动了。