沼肥用于种菜，可以增加肥效，减少农药和化肥的使用量，与未施用沼肥的菜地对比，可增产30％左右，且生产的蔬菜品质较高，深受消费者喜爱。
沼渣作基肥时，每亩地用1 500～3 000千克，最好拌匀泥土后使用，条播、穴播均可；作追肥施用时，将沼渣投入作物根旁穴内，然后覆土。沼液一般用作追肥，在蔬菜生长期，可以随时浇施或根外喷施。每亩地用500～3 000千克，注意炎夏中午不宜施肥，以免灼伤蔬菜叶及根系，同时避免肥分挥发。
沼液作根外追肥喷施时，宜先澄清或过滤浮渣，用清液喷施，用量以喷至叶面布满细微雾点而不流淌为宜，雨天和夏季中午不宜喷施。