沼肥由发酵液和残渣两部分组成，可分开施用。
（1）沼液。
其一，沼液浸种。沼液中不仅含有氮、磷、钾、铜、铁、锌等营养元素，而且含有铵根离子、有机酸等抗性物质，对病菌有明显的抑制作用，利用沼液浸种，抗病壮苗效果显著，一般增产5％～10％。浸种方法是：把种子晒好，装入透气性好的编织袋内，用绳子一端系住袋口，置入沼气池的沼液内，另一端固定在池边。小麦、玉米、棉花种子一般浸泡12小时左右，甘薯、马铃薯一般浸泡4～6小时，瓜类和豆类浸泡2～4小时，取出清水冲净后播种。
其二，叶面喷施。叶面喷施沼液既可补充营养，促进生长平衡，增强光合作用，又可抑制病虫害的发生，在粮食、棉花、果树、蔬菜上均可施用，尤其是在果树、蔬菜上施用，保花保果效果好，能显著提高成果率。施用方法是：取正常产气1个月以上的沼气池内的沼液，澄清并用纱布过滤，1份沼液加1～2份清水，一般亩用混合液为40千克。喷施时，以叶背面为主，以利吸收，每隔7～10天喷施一次。
（2）沼渣。施用沼渣除提供养分外，还有明显的培肥改土效果，可作基肥或追肥施用，一般亩用量为1 200～1 600千克。沼渣作追肥，应深施覆土，深施6～10厘米时效果最好。