根据我国多年来沼气池建设的实践经验，沼气池的结构要符合圆、小、浅三个要素。
（1）圆。圆是指沼气池为圆筒形，这种结构受力性能好，省材料、省人工，施工简便，料液在发酵间能充分混合，避免死角；此外，由于圆形沼气池的内壁没有直角，有利于解决池子的密封问题。
（2）小。小是指沼气池的容积要小。因为沼气池并非越大就产气越多。如果发酵原料不足，管理措施跟不上，池子修得太大，反而会造成不必要的浪费。因此，国标GB／T47502002图集推荐了四种容积的沼气池，即4、6、8、10立方米。
（3）浅。浅是指沼气池的深度要浅。由于沼气池底部发酵原料多，菌种多，是产气的主要部位。浅的圆池底增大了厌氧微生物与发酵原料的接触面积，所以产气率较高。其次，浅池池底压力相对较小，有利于厌氧微生物的活动及沼气的扩散。因此，修建沼气池时，适当降低其深度，既便于维修管理，提高产气量，又能减轻出料的劳动强度。