（1）沼液浸种能促进种子发芽，提高种子的发芽率。以多种品系的水稻和小麦的浸种对比为例，清水浸种的发芽率为87.9％，沼液浸种的发芽率为94.5％，沼液浸种比清水浸种的发芽率提高了6.6％。
（2）促进芽生长，提高成秧率。沼液浸种能促进芽和根的生长，根须数量多。经过沼液浸种，种子出苗早、芽壮而齐；播种后苗根系发达、粗白根多、成秧率高；栽插后秧苗返青快。其中，对成秧率的提高尤其明显，可比清水浸种提高16.7％。
（3）提高秧苗质量。沼液浸种比清水浸种的秧苗质量提高较多，表现为秧苗生长旺盛、苗高、茎粗，分蘖早、分蘗多，白根多而壮，叶色深绿等。
（4）提高作物的抗病、抗虫、抗寒、抗逆作用。通过沼液浸种，能增强秧苗的抗病、抗虫、抗寒、抗逆能力，明显减少烂种死苗所造成的损失。沼液浸种育苗，可使甘薯黑斑病的平均发病率由3.1％下降到1.2％。据田间调查，沼液浸种的早杂V49无论秧田或大田，基本上没有恶苗病发生；而清水浸种的恶苗病发生比较严重，发病率高达13％。
（5）增加产量。沼液浸种出芽率高，成秧数量多，移栽后无烂种或烂秧率低，增加作物的有效穗和千粒重。沼液浸小麦种子，比清水浸种每公顷可增收1 168.95千克，增产19.93％，比直接干播每公顷增收809.1千克，增产12.88％。水稻用沼液浸种比清水漫种增产7.1％，比药剂浸种增产5.1％。