进行合作决策时，企业所感觉的风险分布情况会直接影响合作方式的选择。
在战略联盟中存在的“企业专有技术扩散风险”实际上是关系风险的一种表现形式，有些企业进入合作关系，并不是为了实现共同利益，而是为了获取合作伙伴的技术或核心知识。一般而言，采用股权联盟的方式能够较有效地控制与机会主义行业有关的风险，也就是说当企业感觉到关系风险高于绩效风险时，往往会选择能够有效控制关系风险的管理方式与治理结构（例如股权联盟）来保证合作目标的实现。因为股权联盟可以更加有效地控制合作中的人、财、物及信息的流动，对企业待业的影响也更大。此外，股权联盟所建立的明确的产权结构使合作各方的利害关系较为清晰明确，从而可以通过产权安排来对机会主义行为进行有效的约束与规避。
在绩效风险高于关系风险的情况下，企业则常常会选择非股权联盟来分担与规避风险，因为非股权联盟更具有弹性和灵活性，企业在合作关系建立上的成本也相对较低。在髙绩效风险的情况下，企业采用非股权联盟的方式可以有效地避免投资损失。而一项合作需要企业投入的投资越高，企业所感觉到的绩效风险也就越大。
当关系风险相对较低时，企业不必在合作上投入太高的成本，特别是不需要在合作关系的治理结构上大费心血。以下两情况会导致合作关系中的关系风险较低。是交易活动的内容简单，信息的不完全性和不对称性相对较弱，企业合作中出现机会主义待业的可能性较低，这是一种“低信用”状态下低风险的合作。另一种情况是企业之间彼此信任，相信对方会采取完全合作的态度与行为，相信对方会重视合作网络的共同利益，不采取机会主义行为。这种高信用能够降低关系风险。因为作为一种主观感觉，风险是合作成员所感知到的不确定性。关系风险就是合作伙伴对彼此是否完全合作没有把握的一种主观体验。在合作伙伴彼此信任的情况下，关系风险相对而言将较低。在关系风险较低的情况下，合作可以采取非股权的方式来治理与管理。正因为如此，在高度信任的企业之间，容易产生以非正式关系为基础的网络化的、虚拟的合作方式。
当关系风险高于绩效风险时，企业宜采用股权联盟的合作管理方式；而在绩效风险髙于关系风险的情况下，企业应采用非股权联盟的合作治理结构。我们可以将此向两极做一延伸：即当关系风险很高，而绩效风险很低时，企业宜选择内部一体化的方式来管理合作行为，如采用合并或收购的方式。而当绩效风险极高，关系风险又相对较低的时候，特别是在合作活动中，企业基本不具备机会主义行为发生的客观条件时，企业应采用外部市场交易的方式来处理合作行为。