可食部假种皮（果肉）包裹的是圆形或扁圆形种子，种子外皮颜色暗黑至红棕，圆而有光泽，横径10～16厘米，内有种仁，质坚脆，色淡黄褐，由两片肥大的子叶及带黄色的小胚组成，种子与果实贴着处为种脐，种脐淡黄白色。
龙眼除了具有正常发育的坚硬种子外，还有种子萎缩、中空无子叶的焦核品种和子叶退化及种皮软化的白核品种。
