鼻中隔穿孔多是鼻中隔手术损伤的结果。鼻中隔黏膜下切除时，损伤中隔双侧对应部分的软组织，这是鼻中隔穿孔最常见的原因。鼻中隔电灼术操作不当，也可造成穿孔。鼻中隔穿孔虽不会引起严重后果，但其症状却经常困扰患者。
下述情况和疾病可能发生鼻中隔穿孔：
（1）外伤。经常挖鼻，鼻外伤所致的鼻中隔脓肿，鼻中隔手术损伤鼻中隔两侧黏膜，腐蚀性和刺激性物质，如铬酸、矽尘、砷、升汞、水泥、石灰等长期刺激鼻中隔黏膜引起的溃疡，反复使用腐蚀性药物烧灼鼻中隔两侧黏膜。
（2）鼻的特殊性传染病。如结核、狼疮、麻风引起的穿孔多在鼻中隔软骨部，梅毒性穿孔多位于鼻中隔骨部，且发鞍鼻。
（3）急性传染病。如白喉、天花、伤寒和猩红热等。
（4）其他如鼻腔癌、异物和结石等。
鼻中隔穿孔应尽可能查明病因，积极对因治疗。在病因控制、鼻内炎症消失的情况下，对有功能障碍及出现临床症状者行穿孔修补术。
鼻中隔穿孔多为鼻部手术后出现的并发症，因此要注意手术预防。