依据动物检疫的目的任务，动物检疫对象的重点有四个方面：一是人畜共患疫病；二是危害性大且目前预防控制困难的动物疫病；三是急性烈性动物疫病，四是我国尚未发现的动物疫病。
一、检疫对象的分类
国家农业部于1999年公布的全国动物检疫对象共分为三类，计116种，其中传染病95种，寄生虫病21种。一类疫病是指对人畜危害严重，需要采取紧急、严厉的强制预防、控制、扑灭等措施的动物疫病；二类疫病是指可造成重大经济损失，需要采取严格控制、扑灭等措施，防止扩散的动物疫病，包括多种动物共患及人畜共患疫病；三类疫病指常见多发，可能造成重大经济损失，需要控制和净化的动物疫病。
二、检疫对象名录
（一）一类动物疫病（计14种）
包括口蹄疫、猪水疱病、猪瘟、非洲猪瘟、非洲马瘟、牛瘟、牛传染性胸膜肺炎、牛海绵状脑病、痒病、蓝舌病、小反刍兽疫、绵羊痘和山羊痘、禽流行性感冒（高致病性禽流感）、鸡新城疫。
（二）二类动物疫病（计61种）
多种动物共患病（9种）：狂犬病、伪狂犬病、炭疽、魏氏梭菌病、副结核病、布氏杆菌病、弓形虫病、棘球蚴病、钩端螺旋体病。
猪疫病（10种）：猪丹毒、猪囊尾蚴、猪流行性乙型脑炎、猪支原体肺炎、猪传染性萎缩性鼻炎、猪繁殖与呼吸综合征、猪细小病毒病、猪肺疫、猪链球菌病、猪旋毛虫病。
牛疫病（8种）：牛传染性鼻气管炎、牛恶性卡他热、牛白血病、牛出血性败血病、牛结核病、牛焦虫病、牛锥虫病、日本血吸虫病。
羊疫病（2种）：山羊关节炎-脑炎、梅迪-维斯纳病。
马疫病（5种）：马传染性贫血、马流行性淋巴管炎、马鼻疽、巴贝斯焦虫病、伊氏锥虫病。
禽疫病（14种）：鸡传染性喉气管炎、鸡传染性支气管炎、鸡传染性法氏囊病、鸡马立克氏病、鸡产蛋下降综合征、禽白血病、禽痘、鸭瘟、鸭病毒性肝炎、小鹅瘟、禽霍乱、鸡白痢、鸡败血支原体感染、鸡球虫病。
兔疫病（4种）：兔病毒性出血病、兔黏液瘤病、野兔热、兔球虫病。
水生动物疫病（3种）：病毒性出血性败血病、鲤鱼病毒血症、对虾杆状病毒病。
蜜蜂疫病（6种）：美洲幼虫腐臭病、欧洲幼虫腐臭病、蜜蜂孢子虫病、蜜蜂螨病、大蜂螨病、白垩病。
（三）三类动物疫病（计41种）
多种动物共患疫病（6种）：黑腿病、李氏杆菌病、类鼻疽、放线菌病、肝片吸虫病、丝虫病。
牛疫病（5种）：牛流行热、牛病毒性腹泻/黏膜病、牛生殖器弯曲杆菌病、毛滴虫病、牛皮蝇蛆病。
绵羊和山羊疫病（8种）：肺腺瘤病、绵羊地方性流产、传染性脓疱皮炎、腐蹄病、传染性眼炎、羊肠毒血症、干酪性淋巴结炎、绵羊疥癣。
马疫病（5种）：马流行性感冒、马腺疫、马鼻腔肺炎、溃疡性淋巴管炎、马媾疫。
猪疫病（3种）：猪传染性胃肠炎、猪副伤寒、猪密螺旋体痢疾。
禽疫病（5种）：鸡病毒性关节炎、禽传染性脑脊髓炎、传染性鼻炎、禽结核病、禽伤寒。
鱼疫病（2种）：鱼传染性造血器官坏死、鱼鳃霉病。
其他动物疫病（7种）：水貂阿留申病、水貂病毒性肠炎、鹿茸真菌病、蚕多角体病、蚕白僵病、犬瘟热、利什曼病。
动物检疫对象不是一成不变的，而是根据动物疫病的消长规律、流行情况的变化，由国家农业部适时进行调整。