耕地占用税以纳税人实际占用的耕地面积为计税依据，按照规定的适用税额标准一次性征收。但有些占用耕地用途可以减免或免征，具体有：
军事设施用地；铁路、机场用地；学校、医院用地；农田水利设施用地；农村居民搬迁，原宅基地恢复耕种，并且新建住宅用地不超过原宅基地的；安置水库移民、灾民、难民建用地；农村居民新建住宅用地；农村革命烈士家属、革命残疾军人、鳏寡孤独和革命老根据地、少数民族地区、边远贫困山区生活困难的农户，在规定用地标准以内新建住宅，纳税确有困难的；民政部门举办的安置残疾人员就业的福利工厂；公路建设用地。