与制粉车间的脉冲粉不同，配粉系统的脉冲粉处理是一个比较特殊的问题。常规的制粉车间的脉冲粉，一般可以进专用筛或就近进中后路的心、渣、尾筛理系统进行处理。配粉系统由于与制粉系统的工作时间经常不同步，通常采用的办法是将脉冲粉就近输送到面粉打包仓内。这个办法也存在一定的问题，即当打包仓内长时间不进面粉时，将脉冲粉输送到仓内，会造成在打包时某些面粉袋内大多是脉冲粉，这样用户在制做食品时就会受到很大影响，给工厂的质量管理也会造成一定困难。解决的办法有两个：
（1）在制粉车间生产或打包仓进粉的情况下，将脉冲粉分别输送到进粉的面粉散存仓、配粉仓或打包仓内，这样脉冲粉和大量的粉流混合后不会影响面粉的正常品质。
（2）在制粉车间不生产或打包仓不进粉的情况下，在面粉检查筛上方或某个打包仓上方增加一个底部带有震动喂料器的小型脉冲粉暂存仓，容积1~2吨即可，这样在制粉车间生产时或打包仓进粉时将库存的脉冲粉逐渐地按比例输送到面粉检查筛或打包仓内，通过混合而后进行筛理或打包。