鸵鸟的意外伤亡经常发生，这是因为鸵鸟被追赶或受惊吓时，全速奔跑碰撞到栏杆和其他障碍物即可能受伤。运输不当也会造成鸵鸟受伤，外伤常伴随着肝脏和皮下出血，甚至死亡。
皮肤损伤一般能较快较易愈合，但假若受伤部位较大需要清洗、消毒和缝合。甚至食管的破裂在进行简单缝合之后都会愈合。
但鸵鸟的骨折实际上是不可能复位和固定的，因为鸵鸟的体重和力量都较大。10月龄鸵鸟有自然骨折现象，主要原因是饲料中缺钙。现在大部分骨折的鸟均被送到屠宰场屠宰。
六、胃积食
病因：这种综合征是由许多因素引起的，如：梗塞、异物、毒性肌胃糜烂、巨细菌及真菌引起的胃炎等等。
以前因为反复使用硫酸铜作为鸵鸟的驱虫药而引起胃积食。异物穿孔也能引起胃积食。在所有这些因素引起胃炎后，肌胃即停止收缩，所以，食物不能从前胃进入肠道；肌胃黏膜破损变粗糙，坚硬的内表角质层变软并发展成褶内肥大。这种情况通常称为继发性溃疡，切开肌胃内膜时发现里面呈棕黑色或棕色，并有出血点。
症状：当鸵鸟表现出不停地活动，饮食正常，仔细观察，鸟不停地啄食饲料，但食入量很少。听诊发现胃收缩音持续无力。鸵鸟生长停滞。因为继续饥饿，最终体质虚弱，不能站立，只能躺卧，但其眼神灵活。这一阶段，它们的免疫系统受到严重抑制，并常继发感染其他疾病，尤其革兰氏阴性细菌的感染。
剖检：死的鸵鸟都很消瘦，最典型的特征是心脏周围冠状脂肪消失。心包积水、腹水，并发现死亡鸟可见前胃充盈。
诊断：剖检诊断包括肌胃内膜的镜检（染色涂片及病理组织学检查）及细菌、真菌的组织培养。这些都是胃积食诊断的必要手段。在治疗前，给鸵鸟服用营养液，可以缓和或制止饥饿的发生。
七、梗塞
梗塞的发生是当鸵鸟吃了没有切断的或切割长度大于2厘米的草，或者吃了坚硬的藤草等。粗纤维在前胃中卷成团并卡结，不能被排入肌胃磨碎。整个病程中，鸵鸟始终保持食欲，直至极度虚弱站不起来为止。在此阶段鉴别诊断包括：肉毒中毒、营养性肌肉营养不良，肌病、蠕虫性胃炎和肌胃溃疡。在其左侧的腹部可以触摸到其膨胀的前胃，诊断可以通过x光确诊或可通过胃镜检查。
对能够采食且不是特别虚弱的鸵鸟，可在其腹部做两个胃切口，或在头颈部切开食道，以便能将工作臂伸入前胃。
下面是关于前胃切开术的具体操作步骤。给鸵鸟注射麻醉剂之后，将其尾部着地斜身侧卧于右侧，左腿外展。于腹中线左侧约30厘米×5厘米处，拔去羽毛，将皮肤消毒并盖上医用药物纱布。
在绷带中间切开，距腓肠骨后缘约15厘米，在可触摸到的前胃上面，向后切12～15厘米（平行腹中线），然后切开皮肤及腹直肌。进入腹腔以后，用手指将包在前胃上的腹腔气囊剥离。假若后部气囊不小心被切开，而露出了肠，那么气囊切口会闭合，皮肤及肌肉切口会向前扩展。
用缝合的方法或用镊子将前胃固定于皮肤切口处。切口周围的组织用生理盐水浸湿的棉球保护。然后用吸尖刺穿前胃。液体排完之后，将切口扩展到8～10厘米长。胃内容物假若是石子或沙子可用大勺子将其清除，假若是纤维状物质可用大镊子清除。
前胃内及切口处的绿色液体用灭菌生理盐水冲洗，手术切口用1号肠衣缝合线分两层缝合。除去脏污的纱布，周围反转缝合之后，气囊表面的碎片应洗尽吸干。
腹直肌用1号肠衣线单项连续缝合，皮肤切口用0号缝合线单向连续缝合。手术切口缝合后，应在铺有垫草的房间内让鸵鸟从麻醉状态中清醒过来，再转到栏舍内，手术后8小时饲喂饲料和水，并应在24～48小时内恢复正常。假若鸵鸟较温顺，皮肤的缝合线可在10～14天后拆去，否则应推迟拆线。
砂粒嵌塞：这是第二种嵌塞形式，是因为摄食了土壤和垫草中砂粒引起的。这些砂粒也可能进入盲肠影响其功能。普遍认为食砂是鸵鸟一种应激反应行为。放置一个穿衣的假人于雏鸟场内可以增加鸟的安全感，并有助于其防止这种异嗜行为的发生。
八、吞食异物
鸵鸟常食入有刺植物、树枝、钉子或金属碎片，导致阻塞或刺穿前胃或肌胃壁，引起胸膜炎、腹膜炎。stordy（1908）在内罗必于一个鸵鸟的胃内发现了111粒子弹和2粒弹头，这只鸟最初被认为死于肠道寄生虫病。在伦敦动物园一只鸵鸟死于因食入马口铁开启器造成的胃穿孔，而另一只鸵鸟吞食了3条手帕，3付手套，09144米绳子，2个完整的电线套环及几片碎片，一只1016厘米钉子，4只半便士硬币，2个1／4便士硬币，一个法郎，一个马达式阀门，一部分磁电机扳手，一根领针，一支铅笔，一个画锤，一只报警钟钥匙，一只手表转把，一节链条，一个木制电影转轮，一个螺钉及其他金属。曾有一只鸵鸟在吞食25米电线后死亡。
在一个特殊的病例中，
一根长刺首先穿透了一只雏鸟的肌胃壁，并继续穿过体壁和皮肤，最终从背部穿出。饲养于一工厂附近的一只美洲鸵，其胃内已有950克金属碎片，后因食入一块布而窒息死亡。这种异嗜行为很可能是应激引起的，其主要原因有：草场过度放牧、鸟群放牧不足、能量摄入不足、饲料中缺乏粗纤维及鸵鸟未被训示采食。如早期诊断，可以采用治疗嵌塞的方法将异物取出。为防止这种异嗜行为发生，应将所有有关异物全部清理出养殖围栏。
九、泄殖腔及阴茎外脱
泄殖腔外脱主要发生于雏鸟，很可能与便秘、肠炎、泄殖腔炎、黏液囊炎及交配不当有关。发现泄殖腔外脱应立即进行复位，否则外脱部分会因长时间不能复位而水肿，并可能坏死有人建议首先应用含蓖麻油和檀香油胶粘，第二天再给予含鸦片粉（16克）和精制磷酸钙粉（19克）的药剂进行治疗。外科治疗主要是切除坏死组织和人工复位，再作适当缝合以防止再次外脱。
阴茎外脱：在繁殖季节，成年雄鸟的阴茎因长时间露出体外而易于碰伤。如将公鸟迁出繁殖群体可能会使其自然复位。
肠套叠和卵黄囊扭曲在孵化过程中也时而可见。青年鸟肠套叠是因为食入异物发炎而引发的，大肠扭曲可能是因饲料突然改变而引起的。
十、循环紊乱
主动脉破裂在育肥鸟和成年鸟中都能发生，这可能是由于缺乏锻炼和过量饲喂造成的，这些因素也可引起动脉血栓和心肌梗死。鸵鸟、鸸鹋等也有动脉硬化的报道，这可能是营养不良、应激、缺乏锻炼，或者这些因素共同作用的结果。
一只鸵鸟曾发生视力降低，行走摇摆，经检查是由部分心脏机能障碍所引起的。
十一、捕获性肌病
当鸵鸟被狗追赶，被抓或被强制作其他剧烈活动而使得肌肉过度疲劳时，均会发生捕获性肌病。此时鸟群喜卧，并表现出类似于胃积食症状，其病理变化类似于肌肉营养不良，但心肌例外。但捕获性肌病常与长时间蹲卧于地上影响了血液循环而导致腿部肌肉类似坏死性变化的症状相混淆。有突然的重体力锻炼继往史是捕获性肌病的一个重要诊断依据。捕获性肌病又称劳累性横纹肌病在鸸鹋（又称美洲鸵鸟）中也有发生。
十二、先天性畸形
头、颈、翼及内脏的先天性畸形随时可见。如下喙变短是父母代饲料中缺锰引起的。孵化期间反复出现的过分潮湿会引起胚胎全身水肿和肌肉坏死。
眼角发育不全在临床上表现为上下眼睑不能闭合，使得巩膜易干燥，应多次使用护黏液以防止其恶化。当病鸟稍大一些时，可从眼角加以缝合。
十三、孵化率低
一定不要与无精蛋相混淆，这可通过打开未孵化蛋的方法来检查。
早期胚胎死亡大部分是由温度过高或种蛋的储藏不当引起的。胚胎错位可能由过度转动引起的。有人曾用种蛋倒置孵化的方法成功地孵出了错位的鸸鹋和食火鸡。
胚胎发育不良在许多鸟群中均有发生，其原因尚不清楚，有待进一步研究。
不育可能是由雄鸟衰老、雄鸟不育或交配不当引起。当怀疑是不育时，应收集其公鸟的精液，检查精子的数量、活力和形态。