进行生态养殖泥鳅，生产过程应坚持“全面预防、积极治疗”的方针，强调“以防为主、防重于治、防治结合”的原则。所以，在泥鳅养殖生产中应熟悉泥鳅营养需求和养殖生态生理学等知识，进行科学养殖；熟悉病害发生的原因及常见病状，做到预先防范，在生产的不同阶段，适当使用药物进行防治，这样可有效降低或防止在水体交换、亲本和种苗流通等过程中病害的扩散，使初发病害得到及时治疗和控制。
许多药物犹如“双刃剑”，一方面具有有利作用；另一方面则有不利影响。如对养殖对象本身的毒害，可能产生二重感染、产生抗药性、对环境产生污染、通过水产动物积累对人体产生有害作用等。所以进行生态养殖生产应尽量减少用药，逐步以生物制剂替代化学药物，以生态养殖防病替代使用药物，进行良种选育和提高免疫力等。
养殖过程中认真执行水产品中渔药残留限量要求、渔用配合饲料安全限量要求，并关心无公害水产品养殖技术和要求及其国内外有关药物使用的规定和允许残留标准，不断发展和提高养殖防病技术。目前起码应做到以下几点：
（1）药物使用应严格遵照国务院、农业部有关规定，严禁使用未经取得生产许可证、批准文号、生产执行标准的渔药。
（2）在水产动物病害防治中，推广使用高效、低毒、低残留渔药，尽量使用生物渔药、生物制品。
（3）病害发生时应对症用药，防止滥用渔药与盲目增大用药量或增加用药次数、延长用药时间。
（4）食用泥鳅上市前，应有一定时间的休药期。
（5）水产饲料中药物的添加应符合规定，不得选用国家规定禁止使用的药物或添加剂，也不得在饲料中长期添加抗菌药物。