我国除南方地区终年水温不低于15℃外，一般地区，一年中泥鳅的饲养期为7～10个月，其余时间为越冬期。当水温降至10℃左右时，泥鳅就会进入冬眠期。
在我国大部分地区，冬季泥鳅一般钻入泥土中15厘米深处越冬。由于其体表可分泌黏液，使体表及周围保持湿润，即使1个月不下雨也不会死亡。泥鳅在越冬前与许多需要越冬的水生动物一样，必须积蓄营养和能量准备越冬。因此应加强越冬前饲养管理，多投喂一些营养丰富的饲料，让泥鳅吃饱吃好，以利越冬。泥鳅越冬育肥的饲料配比应为动物性和植物性饲料各占50%。随着水温的下降，泥鳅的摄食量开始下降，这时投饲量应逐渐减少。当水温降至15℃时，只需日投喂泥鳅体重的1%的饲料。当水温降至13℃以下时，则可停止投饲。当水温继续下降至5℃时，泥鳅就潜入淤泥深处越冬。
泥鳅越冬除了要有足够的营养和能量及良好的体质外，还要有良好的越冬环境。
（1）选好越冬场所。要选择背风向阳，保水性能好，池底淤泥厚的池塘作为越冬池。为便于越冬，越冬池蓄水要比一般池塘深，要保证越冬池有充足良好的水源条件。越冬前要对越冬池、食场等进行清整消毒处理，防止有毒有害物质危害泥鳅越冬。
（2）适当施肥。越冬池消毒清理后，泥鳅入池前，先施用适量有机肥料，可用经无公害处理的猪、牛、家禽等粪便撒铺于池底，增加淤泥层的厚度，发酵增温，为泥鳅越冬提供较为理想的“温床”，以利于保温越冬。
（3）选好鳅种。选择规格大、体质健壮、无病无伤的鳅种作为来年繁殖用的亲本。这样的泥鳅抗寒、抗病能力较强，有利于提高越冬成活率。越冬池泥鳅的放养密度一般可比常规饲养期高2～3倍。
（4）采取防寒措施。加强越冬期间的注、排水管理。越冬期间的水温应保持在2℃～10℃之间。池水水位应比平时略高，一般水深应控制在1.5～2米。加注新水时应尽可能用地下水，或在池塘或水田中开挖深度在30厘米以上的坑、溜，使底层温度有一定的保障。若在坑、溜上加盖稻草，保温效果更好。如果是农家庭院用小坑凼使泥鳅自然越冬，可将越冬泥鳅适当集中，上面加铺畜禽粪便保温，效果更好。
除了给泥鳅提供良好的过冬环境外，还可采用越冬箱进行越冬。其方法是：制做木质越冬箱，规格为（90～100）厘米×（25～35）厘米×（20～25）厘米，箱内装细软泥土18～20厘米，每箱可放养6～8千克泥鳅。土和泥鳅要分层装箱。装箱时，要先放3～4厘米厚的细土，再放2千克左右泥鳅，如此装3～5层，最后装满细软泥土，钉好箱盖。箱盖上要事先打6～8个小孔，以便通气。箱盖钉牢后，选择背风向阳的越冬池，将越冬箱沉入1米以下的水中，以利于泥鳅安全越冬。