天地初始，盘古开天，女娲造人，三界各有其序。上界玄天境乃神明居所，初元神明居大荒山神位，又有五方天帝镇守其地。中界后土境乃盘古躯干所化，万般灵物由此而生，又有女娲所造人类为万物之灵。下界幽冥境由地底黑暗物质所滋养的恶鬼幽冥族统治，以居葬天地府的阿幽冥王为首，十殿阎罗分治幽冥十域。三方制衡，势均力敌。
然而一切混乱皆由昆仑神山降临后土境而引起。
鸿蒙开化之初，中州大陆昆仑之巅的鸿钧上人创立道教，并收徒三人，各授以道门绝技，三徒皆修成混元大罗金仙万劫不坏之体，分别发展出道教的人道、阐教和截教三个分支。此三徒正是人道教主太上老君、阐教教主元始天尊和截教的通天教主。
三教主秉承师父鸿钧上人教诲，广收门徒将道教流传于世。只因入道门中即可修仙，使人跳出三界之外，不在五行之中，免除生死轮回之苦，使得入道修行之人多不胜数！但修仙之道并非苦心修炼便可达成。修行路上，均要经历百年一小劫，一千年一大劫的劫数。修行之人均无法避开劫数，只能根据自身道行的深浅去经历劫数。
值九星连珠交替之时，恰逢修仙一千年仙劫，于是三教主共议封神榜，以观众仙道行浅深。然劫数难逃，封神一役，致使道门内部阐教和截教不和，修仙众人俱遭屠戮，更引来西方教派参与纷争，后因鸿钧上人亲自出面调停，终得以平息。
然而劫难并未结束，被鸿钧上人带回紫霄宫受到训教的通天教主因受到仙法禁制，被迫在昆仑之颠修行思过。
时光如梭，转眼已过千年，师尊鸿钧上人早已外出云游，不知所踪。而通天似乎也已经习惯了这种被禁锢的生活，除了每日必做的修真炼气，静诵《黄庭》，更多的时间，他总是在断崖边静静坐着。也许只有这个时刻，他才能真真实实地感觉到自己的存在，千年苦修使他的功力倍增，同时也让他饱受了孤单和寂寞…
空旷的断崖边，一个人影伫立，良久，一动不动。山风劲袭，人尤如与山浑然一体，仍是一动不动，坚毅的面容毫无表情，只有明亮的双眸在黑夜印衬下寒光闪现，眺望着远方。
远处，悬崖山顶，一块顽石好象动了一动，又动了一动，仿佛有了呼吸。慢慢地，顽石周围竟然忽隐忽现出现玄黄色的光芒，最终幻化为一个人形的光团，缓缓飘向下界的幽冥阿鼻地狱。
此时，人影的苍白面容上浮现出奇怪的笑意，令人不寒而栗，他是通天。
受九星连珠影响而堕入魔道的通天教主偷袭并吞噬阿幽冥王，暗中掌控幽冥境，侵蚀人界。
人界正处于蛮荒时代，部族林立，战事连绵，人们不仅要面对恶劣的自然环境、凶猛的上古荒兽，还要面对部族之间为争夺领地、不同的阵营为各自的“信仰”而发起的大小战争。在幽冥族的暗中操控下，炎黄两帝为天下而战于阪泉，又有玄天境神将蚩尤入后土境九世轮回，终沦为魔神，举旗逆天。
神魔开始降临，第一次神魔大战由此引发，后土境人间遭此影响战乱不断，生灵涂炭。
与此同时掌管天地间最重要的五种物质“金；木；水；火；土”五位元素神为了争夺下界的“信仰”公开决裂。
天地混沌亿万年，造物神盘古自解全身，煌煌神躯化为日月星辰，神灵万物。由盘古精魄所化，高踞神界的诸神与下界生灵之间通过一种神秘的先天联系传递着能量，这种能量传递的方式被称之为“信仰”，众神把这种连他们自己也无法参透的联系称之为“信仰”。得到越多信仰的神祗，神力也便愈发强大，长期得不到信仰的神祗，神力会渐渐衰弱，而失去信仰的诸神将面临天人五衰的大限。
为了获得下界更多的信仰，以拥有更为强大的神力，众神开始在各自擅长的领域向下界展示神威。同时，他们有时也会亲自挑选了一些聪慧的生灵与之分享他们的神识，让他们洞悉天地造化的无上神旨，这些人又被称之为“修行者”。作为回报，“修行者”是众神最为坚定的追随者与下界信徒的召集人。
极少数“修行者”，可以参透生死玄关，直达天界。他们之间的力量相差很大，有传言说最为强大的修行者，神力已经直逼较弱的神祗。为了以示与先天诸神的分野，后天升入天界的“修行者”又被称之为“仙”。
随着下界众生的繁衍，诸神对“信仰”的争夺也越来越激烈。一部分失势的神祗甚至被逐出天界，遁入无尽虚空，既不被天界所认同，又为人间绝大部分信徒所抛弃，斥之为“堕神”，又被称之为“魔神”。
相传无尽虚空是连造物神盘古都未曾涉及的领域，那儿隐伏着巨大而危险的异时空怪兽。即便如此，仍然有一些“修行者”不顾一切跟随他们的主神，一同坠入无尽虚空，并分享了“魔神”慷慨赐予的先天之力，是为“魔”。
“仙”与“魔”，迥然相异的命运，注定了他们之间终世对抗的宿命。
水神“共工”率部与火神“祝融”在不周山下决战。水神原本正好克制火神，但土神“后土”暗助祝融，用土力克制水力，水神“共工”九战九败，一怒之下撞破不周山天柱，洪水喷涌而出，横扫人界的万物，史称“血海之劫”。
毁天灭地的血海之劫令下界生灵濒临灭绝，诸神自身也陷入永久失去信仰的险境。女娲欲炼石补天，不料却被幽冥族偷走五彩精魄，不得已倾众神之力，在神界与人界之间开创了一个全新的境地保护生灵，“仙界”由此诞生。
下界凡是具有灵力的生物在最后一刻都被接引到“仙界”，包括人类中的“修行者”。余下的生灵被永久遗弃在破败的人界，独自面对即将来临的灭顶之灾。
人类的应变能力与坚忍大大超出了诸神的想象：在西方，人们抢在洪水灭顶之前建造了巨大的方舟；在东方，那些黄色皮肤的族群运用更具智慧的‘疏导法’来将洪水引入海洋。终于，这些天地的弃儿，全凭一已之力苦苦捱到洪水的退去，重新开始繁衍生息……
而诸神创世后元气大伤，被迫遁入宇宙海深处的“神寂之地”休养生息。失去诸神指引的新生世界，众生为了争夺宝贵的“灵石”而陷入更大的纷乱之中…
杀戮，死亡充斥着仙界，使本来就不稳定的空间出现错乱，空灵纯洁的灵力渐渐被负面因子污染，修行之士即将面临灭绝！危机时刻修行者们不得已重返人界，他们被人称为仙人，他们为人界带来了力量，智慧，创造。然而欲望、阴谋、杀戮是无处不在的，拥有了力量的人类要比神族和魔族复杂得多，也可怕得多。为争夺领地，修行资源，人类开始了彼此间的争斗厮杀，奋战不休的征战岁月。