由于上述战事失利，湖北总督曾国藩被剥去官员的徽章。李鸿章被严厉地要求把数位失职官员的名字报告给皇帝，因为他们使得叛军成功逃离。至于李鸿章本人，朝廷特意委托他督办直接对抗捻军的行动，大半年过去了，但是没有任何的进展，他被认为严重滥用了皇帝对他的信任。因此他被命令对目前的耻辱进行赎罪，通过对部队的积极调用为自己重新赢回声誉，并且带领他们前往山东，去和其他部队一起扑灭那里存在的反叛之火。
紧接着那儿出现了关于抢渡京杭大运河的比赛，李鸿章成功地第一个到达河对岸，并在1867年逐步逼近捻军，这样就阻止了捻军的逃跑，至少不会跑出省的边界。与此同时，他在骑兵上的缺陷对他来说仍然是一个劣势，不管是在追击中还是在实战中。一系列的交战接踵而至，在此之后，用来自《京报》的话说（虽然这并不是一个十分可靠的资料，尤其是对于叛军来说）：
捻军，在晚上被分割在了不同的地方，被包围了，而且很多他们宿营的房子都被毁坏了。他们迅速聚集到了一起，准备作战。这时清军各分队集合与叛军开始混战。“子弹像雨点一样”，直到敌人向东撤退。清军借着火炬的光继续追他们，并在黎明的时候又一次追上了他们，他们完全溃不成军。被杀或被俘的大约在3000到4000人数，清军缴获了很多的武器、马匹等等。四十个叛军的主要领导者被杀。剩余的捻军部队向东北方向撤离。那些被捻军所掌控的乡下人民，安静地返回了他们的家园，这时他们突然发现他们已经是自由身了，这群人大约有一万人。
然而，在1868年4月我们发现一个外国记者在天津这么写到：“在过去的六天内，无数死去的人们，男人、女人、孩童赤身裸体地顺流而下地漂浮着……在这里和大沽之间的几个地区，往往能看到尸体旁边饱餐的狗。”同样的一幕也发生在1900年，那时候肥胖的狗又成为一大特点，特别是相对于普通民众的瘦弱来说。而且这个记者再次提到：
昨天晚上，我们了解到李鸿章一个两万人的军队已经在当天早些时候到达了天津。和这支军队一起行动的有两支被李鸿章雇佣的洋枪队，他们拥有炮兵。以下的信息是关于捻军的：
我们知道捻军大概拥有有8万人。只要清军不设置阻碍，他们可以去中国任何地方，在中国为所欲为；由于李鸿章的部队无法与其他清军部队合作，打败叛军只能是纸上谈兵；现在清军可以让中国处于安宁状态这一说法变得毫无现实意义。
由于当时中国的很多起义都是被不同的人所领导，这就造成了这些起义的不同特点，李鸿章也只能根据这些叛乱特点去实施不同的镇压策略。
这一时期，陕甘回民起义的爆发让清政府最高决策者最不安，因此李鸿章直接带着他的部队开始去镇压直接威胁到山西安全的西北回民起义。这些回民好像和河南的捻军组成了一个联盟，直接将起义的战火从陕甘地区引到了到了直隶，与此同时，河南的捻军从南方进入了北方地区。他们和清军之间发生了数次交战，但是目前为止清军还是没法战胜他们。
天津的外国居民自发组织起来进行自卫行动，以防止紧急情况的发生。当一些好心的朋友试图去提醒克劳德·麦克唐纳爵士天津目前的危险情况时，得到的是却是这样的回复：“眼前似乎并没有威胁”。但是在1870年，发生了可怕的天津教案，并且在1900年中国人杀了在直隶省、山西省以及山东省能够发现的所有外国人。
我们了解完李鸿章镇压捻军的军事行动后再让我们见识一下李鸿章所经历的朝廷政治斗争。李鸿章曾表示很反感自己目前的处境，以至于他打算北方的平叛战争一旦结束，就立刻弃官回家颐养天年。这是因为当他和曾国藩正忙于镇压他们国家的叛军时，他们自己的政敌却毫无顾忌地在北京阴谋弹劾他们。有流言说，鞑靼骑兵（译者注：蒙古骑兵）已经被召集过来帮助平叛北方的捻军起义，一个鞑靼的将军（此处指蒙古亲王僧格林沁）被任命为清军的首领，主要负责镇压捻军行动。还说李鸿章和曾国藩将被撤职，并把他们送回到各自的总督职位上去。流言的内容最后被证实大部分是真实的，但贬谪这两个重臣的打算没有被实施出来。尽管现在看来当时李鸿章肯定是愤怒至极，可清政府的决策者似乎还是没把他的愤怒当回事。最后，他在名义上被降了三级。
实际上，当时李鸿章只愿意把代表自己辖区权利的印章交给自己的恩人曾国藩。而后者在同一时间在北京拒绝接受直接出兵捻军老巢的建议，原因是他不愿冒险。李鸿章对此感到不满，于是他做了一件匪夷所思的事情。新年刚过，他冷静地踏上了去孔庙朝圣的道路。当时据说有人看到叛军扎营，铺天盖地的奏折请愿希望他保护都城及皇陵。李鸿章当时受命需前往河北，但他坚绝不离开山东。现在也没有确切的记录解释促使他进行这次朝圣的原因。是在全副武装的叛军前胆怯了？是没有勇气面对隐藏的敌人了？还是笃信宗教使然？但我认为有一件事我们可能确定，这可以算是一种手段。年轻时中国官员就学习了如何在等待中获取更大的机会。
果不其然，9月5日，李鸿章就重新获得了之前被剥夺的荣耀。秋季，曾国藩愿意做好准备成为直隶总督，而李鸿章也启程去北京接受慈禧太后召见，之后继续做湖南及湖北的总督。去武昌上任前，他也计划在安徽陪家人几个月。尽管我们很少听说他的家人，也许按国外想法，李鸿章对儿子有些严厉，但他是慈父，也是慈祥的祖父。他也总被人形容是贴心的丈夫，也十分孝敬自己的母亲，这一点毋庸置疑。这次行程可能就是为她安排的。
太平天国运动时期，人人自危，需要一些有趣的事让人们舒缓情绪，因此在进入李鸿章事业的下一阶段前，我们在此简要讲述一段蒲安臣的轶事：——蒲安臣在他从美国公使的职务上退休之前，也打算辞去他在中国总理衙门的总理职务，并回到家乡重新开始那里的政治生活。当他和同僚正在讨论中国事务的时候，恭亲王发表了他的礼貌性评论：“您如果回到西方，为什么不代表我们的观点，将我们对国内正发生的事情，以及我们希望本可以做的事表达出来呢？”蒲安臣回复道：“如果我要访问欧洲任何一个国家的话，我想我乐意做这件事。”
不管恭亲王的话只是一个礼貌的演说，还是说恭亲王其实话里有话，蒲安臣据说不久就收到了一纸任命，让他担任中国全权使节，出访欧洲和美国。并且他接受了这一职位。两个满清官员——一个是满族，另一个是汉族，两个确实有能力的人，和他一起出访，左协理是英国使馆翻译柏卓安，右协理是海关税务司法籍职员德善。
蒲安臣，美国驻华公使，代表中国出访不同的欧洲国家，但是有些人可能认为他会在一定程度上误解中国政府的立场和主张。一个更戏剧的情节是，护送他们的是四个英国使馆护卫，他们在北京到天津的路上被一帮叛军劫持，英国护卫舰“鸽子号”的中尉邓普禄和二十个水手、一小部分的骑兵迅速前往救援他们，美国单桅帆船“亚士维拉号”在消息到达的一刻立即离开了天津。但是没有任何人看到了或听到了关于围攻叛军的消息。
中国人在许多事情上的通常做法都是在事务中雇佣一个中间人，不管是安排一场婚礼还是一个商业交易，一个和中国人打交道的经验很丰富的人，他说英国大臣和其他高层一看到亲王，就直接找这些中国高官谈事情，提些要求，有时甚至还很坚持，这种方式从头到尾都是错的。这些人通常不能理解翻译人员，如果他们能够理解，他们就也许不会在这个刺激性的时候提出任何疑问了。即使他们提出了，答案也只是代表他们的个人观点，而不是他们衙门的观点。他认为每个重要的事务都需经过下属中间人进行深入交流，除非所有事基本尘埃落定，只需批准，否则不能询问亲王任何事。
罗伯特·赫德深谙此道，他除非受邀否则从来没有亲自去拜访过谁。
1868年，据说中国在蒲安臣和罗伯特·赫德的帮助下也试图改变这一中国式官场办事习惯。赫德现在掌管中国海关，当时中国海关由雷先生建立，赫德将其发展壮大。关于这两件事，1868年《华北通报》头条新闻上的一则警告留下了很珍贵的信息。如果当时认真关注了这则警告，远东所有事情的发展可能会完全不同：——怀着世界上最好的意图，他（赫德先生）不能对外国人的利益产生不好的影响，他回答问题仅仅是出于无奈。虽然没有证据表明，清政府对于战争爆发的恐惧将会推动他们继续沿用老一套的借口和辩词。如果施加压力的话，清政府会立即向赫德寻求建议，因为他是循序渐进理论的支持者。对于赫德，外国人会提出关键性的问题，“他们（指清政府）既不遵守何来害怕？如果他们拒绝修建铁路、拒绝轮船驶入内河水道，拒绝和外国商人进行贸易，外国人会坚持使用武力吗？”答案自然是否定的。外国人毫无疑问会生气。赫德先生必须告诉清政府，并且有力明确地表明外国人的观点，并向清政府说明外国人不会仅仅因为通商事务的争议就轻易和他们开战。
英国是受此不利条件影响最大的国家，因为赫德作为一个英国人，知道英国的政策比其他国家的多是理所当然的，而且他说起来更可信。许多英国大臣心中笃信在中英贸易中英国人比中国政府所获利要多得多。
怎么可能和对手玩牌时，他总是紧紧盯着你的手，你悄悄告诉他自己手中没有王牌？罗伯特·赫德这些年一直在中国任海关总税务司长，显然他的工作成就让英国政府很满意，这就体现了他的大智慧和适应能力。蒲安臣的故事很快就告一段落，现在人们只记得他的公共宣言：“中国已经准备邀请美国传教士到（中国的）每一个山头、每一个山谷，树立闪耀的十字架。”这句话很好，在那时给美国带来了很大的愉悦感，但有些人就对发言提出有了苛刻的评价。对发言者在此不做赘述。只需说蒲安臣成功地让克拉兰敦勋爵“放弃外事部收到的消息，这些消息都是潜伏在中国的间谍收集的，这些间谍满怀忠心，肩负公共职责，只上报真实的消息，另外雇佣代理人分析事情，并听取他们的论断。”
李鸿章一抵达北京一定能听到所有关于蒲安臣使团的消息，假想的袭击，失踪的攻击者，以及“闪亮的十字架”的说法。由于李鸿章十分喜欢开玩笑并且刚刚恢复他所有的荣誉并被升官，我们可以看到他满意地大笑。