由于李鸿章众所周知的亲洋倾向，很多顽固派把他当成了“肉中刺”。这些顽固派几乎毫无疑问地控制了北京政府，他们也应该对1898年的戊戌变法负责。通过这场政变，慈禧太后开始重掌朝政，年轻的光绪皇帝也因此被囚禁在宫中。那些当权的顽固派期望劝诱李鸿章离开北京。
1899年末，慈禧召见李鸿章，问他想在京城外做什么官，并表示他想做什么都行。
李鸿章在12月12日，凌晨两点写道：“秘密面见老佛爷之后，我返回了家中，内心十分忐忑不安。因为太后想让我去南方，她暗示那里有许多事情需要我去处理。我不敢完全无保留地告诉她，这一切都只是他们的花招，因为我可以一一历数北京这些‘好朋友’的罪状，正是这些人极其渴望我离开京城，以防我给他们带来严重的扰乱。非常严重的扰乱！事实上，如果真的发生了这样的事情，那也是他们自作自受。大家都明白，这次是顺了他们的意，但完全违背了我的意愿。”
“我现在是一个年迈的老人，将近七十七岁了，或许他们认为我的头脑已经变得十分糊涂，看不清这些事件的真正趋势。朝廷知道，总理衙门知道，所有了解我生活的人都知道，在这个时候我并不贪恋权力。
没有人能比太后更了解这一点，但她却假装认为把我派去南方是对我的进一步嘉奖。”
“但是我不会继续对这个恶劣的计策表示抗议，如果我继续探索这个计策符合逻辑的结尾，只能得到一个结论：即使大清王朝不被完全推翻，国家也会遭到灾难性的破坏，朝廷也会因此蒙羞。我要最后一次呼吁一下荣禄、袁世凯，甚至是那个冲动鲁莽、喜欢惹是生非的端郡王。如果这次呼吁达不到我渴望的效果，我会再次弯下老迈的双膝，在太后老佛爷面前跪下，恳请她为了自己，也为了她的人民，将义和团势力逐出宫廷。但我担心端郡王已经说服了太后，并且她确信所有的外国人都会被赶进海里。如果这些伟大的人物能够见识到我看见的那些陆军和海军，以及欧洲和美洲的巨大力量，他们就不会再像孩子一样做梦了！”
这位老总督并未在日记中说出，他是否向紫禁城内的那些强权人物做了最后的呼吁，来避免他预见到的复杂局面。官方史料也没有相关记载表明他曾就此事上奏过朝廷。然而，李鸿章的日记中包含了一些非常简短的文字，提到了他即将离开京城南下，在最后一篇中，他写道：
“我即将被调离大祸临头的京城，我向许多朋友道别，好像有什么东西在告诉我，我再也见不到他们了。既然太后让我自己选择，我选择了当两广总督。”
“1900年，3月2日。广州，我的旧居。——老朋友伍廷芳写来了一封感情真挚的信，这样的信我已经有多年未见了。他的信中充满了智慧和高尚的爱国精神。我将这封信抄写了很多份，会尽快寄给北方的那些领袖人物，希望他们能明白并遵从伍博士的话语。我们杰出的公使对美国政府的想法以及美国主张的大致趋势是了解的，端郡王和其他人最好还是听从他的劝告。”
“3月17日。——樊国梁主教写信给我，他在信中说京城中所有开明的朋友都认为我选择离开是一个错误。我同意他们的看法，但这个错误只是我的生命在遭到胁迫的情况下所犯的很多错误之一。”
“3月26日。——我很后悔1895年与日本签订和平条约时，没有同意将山东省和其他租借地一起割让给他们。因为这样的话，大清就可以摆脱这片充满骚乱的土地，这里狂热的义和团就像谷物船里的老鼠一样肆掠泛滥。就是在这里，毓贤作为满族的一员，把刀剑交到了义和团的手中，使他们的内心变得更加凶残。要按我说，就这个巡抚到目前为止所扮演的卑鄙可耻的角色，应该立即将其脑袋砍下来，荣禄也是这样想的。我很了解这位愚昧无知和残暴卑鄙的巡抚，他连给我抬轿子都不配。”
“3月27日。——所有来自北方地区的报告都表明，义和团四处涌现，烧杀抢掠。保定府、天津和许多小郡县都遭到威胁，就连北京现在也是岌岌可危。我已经无能为力了。从现在起，我也要尽量多写多睡。自从我到达这里已度过了许多不眠之夜。我已经老了，现在离我长眠地下的时间也不会太远了。”
“3月29日。——荣禄给我发来一份电报，上面说老佛爷已经完全赞成了义和团运动，但她不会把任何政府军队移交给他们。我只相信这份电报的前半部分。”
“4月5日。袁世凯这样的人也听从义和团暴徒们的蛊惑，任凭他们为非作歹。据我所知，他现在就是这样做的。”
“但是他似乎已经被时势的喧嚣冲昏了头脑。他应该知道，这些外国人，即使只是德国人，只要他们有想法，就完全能够摧毁整个大清国。他没有回复我的信件，那我也不必劳神费心再给他写信了。荣禄则与袁世凯不同，他一直都会回复我的信件，虽然从来都是词不达意。我想他已经意识到，端郡王已经完全控制了太后，他担心自己将会失宠。”
“4月5日。——现在是当局开始未雨绸缪，在大火肆虐之前削减燃料的关键时刻。”
“4月7日。——我给康格少校写了一封信，让他向美国政府发出警告，告知他们动乱即将到来，然后让他带着家人离开北京。他是最受我敬佩的优秀外交官。”
“4月16日。——除了家人和乡邻之外，可能太后就是我在这个世界上最好的朋友。我这样说是因为来自各方的报道都表明，那些所谓的义和团在四处犯罪，反对洋人，屠杀他们的人民，抢夺他们的财产。如果我现在在北京，绝对不会坐视不管，这就意味着端郡王会想尽办法除掉我。不过，将我的生命缩短一两年也并无大碍，只是这会让我的夫人提前两年变成寡妇。但是不管结果如何，我将会在最后这些日子里证明自己是忠心爱国的，就像我三四十年前那样与企图推翻大清帝国的太平军展开艰苦、漫长、令人沮丧的战斗。但大清更大的敌人并不是长毛党，而是那些油嘴滑舌、身着华服的宠臣们，此时此刻他们正身处宫殿之内，沉浸在太后老佛爷的笑容和信任之中。”
“我在北京的时候没有用这样的方式书写，也没有说过这样的话，但我向所有有权利听到这些话的人清楚地说明过：如果忘记我的忠告（它已经被忽视了），那过不了几个月，它就会被再次提起，到时候人们的心中可能就会充满苦涩和懊悔。可是，我现在必须让自己停下来，不再管这件事情。我像一个发高烧的病人，手不停发抖；我困倦的眼睛就像干尸的眼睛，呆滞无神，因为我每天的睡眠时间都不足两个小时。我的家人都说我以前从未像现在一样，同时扮演着暴君和蠢蛋。是的，我二者都是。但是，今后我会尽力从各个方面提升自己。但我唯一的期望和恳求是，将义和团的那些暴徒打下十八层地狱。”
“6月10日。——北方传来的消息让我不高兴。电报中说义和团已经开始在北京毁坏外国人的房产。我想那些我租给外国公司的几处个人房产可能也不能幸免。不过，我完全不在乎这个。唯一让我感到惋惜的是，京城里很多的英国、德国和日本商铺会被毁。”
“6月14日。——那些残暴的恶棍还杀害了日本公使馆的一位重要官员。这必将会导致大清与日本之间开战。派别人去当议和大臣吧，我已经受够了给别人道歉，然后站在那里被别人肆意的谴责和侮辱。”
“6月15日。——端郡王想必已经掌管了北京的事务，他正在引导朝廷走向必然的毁灭。他应该羞愧地把自己的脑袋藏起来，他的脑袋里装着的只是充满仇恨的烂泥，没有丝毫真正的智慧。如果我现在在北京，我一定会强烈谴责他，说他是大清历史上最恶劣的敌人。我这样说肯定会让自己脑袋不保，但向这个傲慢无知的端郡王说出真相带来的满足感，即使是付出掉脑袋的代价也是值得的。”
“午夜。——我的夫人说这些国家的动乱快要把我弄疯了。她这样说是不对的，她经常说错话。如果没有任何事情搅扰我，我才会变疯。半个世纪以来我正常的精神状态就是忧虑不安。也许义和团让我有了可以为之操心的事情，这样就能让我的头脑保持在正常的状态。”
“6月22日。——我收到一封电报说义和团残暴地杀死了德国公使！
这些民族败类到底在想什么？义和团说他们的领袖是玉皇大帝，还向他献祭，但我希望玉皇大帝能扭断他们变态的脖子！”
“现在大清不仅会和日本交战，还要和德国兵戎相见。的确，义和团太过分了，他们把朝廷牵扯了进来，大清朝廷将被迫因此对列强负责。整个基督教世界会联合起来与我们对抗，并像农夫抓住围栏里的肥鹅一样，一把抓住大清的脖子。”
“我发出的所有警告都徒劳无功。我所有的话全都白说了，大清注定难逃此劫。我看清了所有事情的趋势，但在我最绝望的时候，我无法预见列强们的外交官在他们的使馆内是否安全。端郡王会说这些暴行不是清朝军队所为，据我接到的消息，事实的确如此。但在外国人的眼中，这绝对不可能为大清政府解除罪责。此刻日本人肯定在欢呼雀跃，因为他们公使馆的重要官员被义和团杀死了。他们等待这个借口很久了，自从与大清交战时应得的成果被抢走之后，他们的内心就一直燃烧着懊恼和失望。杀死了德国的公使，单是道个歉是绝对不够的。死了两个传教士，就可以把我们的胶州从我们手中夺走，现在是克林德男爵死在我们这里，他们又会找我们要什么呢？想到这件蠢事带来的后果我都不寒而栗！”
“我不认识那个被杀的日本官员，但克林德男爵是在北京最后与我道别的人之一。当时他很愉快地和我谈起了四年前我们在德国的会面，当时我是他的祖国的尊贵客人。而现在我的同胞在京城的大街上杀死了他！现在那些德国人会怎样评价大清的呢？那个我曾引以为豪并竭尽全力代表过的大清。整个基督教世界会比以往任何时候都会坚决地认为我们是由野蛮人组成的一个巨大群体，我们不遵守处理国际事务的基本准则，也就不配得到国际社会的基本礼让。”
“我生病了。”
“6月23日。——我不顾身体的病痛，向端郡王、荣禄和袁世凯发去了加急电报，告诉他们，如果他们想让大清不被列强瓜分，就必须要组织朝廷的所有兵力对抗义和团暴徒。我还给庆亲王发去一封很长的电报。虽然，自甲午战争之后他并不欣赏我，但他是一个顽强、理智的爱国忠臣。
而且他肯定也明白大清很可能会跌入可怕的深渊。”
“6月24。——我接到了来自京城的消息，其中有一封发给媒体的电报，上面说义和团已经完全控制了北京，但庆亲王拒绝带领他的军队加入义和团。如果他能带领他的满族军队对抗义和团，他就可以挽救现在的局势。我生病了，身体十分虚弱。”