文艺复兴时期，医学家们进一步创立了有关人体性质和疗病方法的新理论。意大利文艺复兴时期的巨匠达·芬奇提出人体运动是骨骼和肌肉作用的结果。他以牛心为材料，指出心脏分左右心房和左右心室，并正确记述了房室间有尖瓣、心室与动脉间有半月瓣。他抛弃了盖伦关于血管起始于肝脏的观点，认为一切血管均起始于心脏。他比较了动物与人体的结构，指出其中的同源现象，对进化思想也有一定贡献。
尼德兰外科医生安德烈·维萨里创立了科学解剖学，著有《人体构造》一书，在研究人的骨骼、血管、内脏、大脑等方面都取得了突出成就，为后来发现血液循环打下了基础。
西班牙医生米凯尔·塞尔维特和英国医生威廉·哈维发现了血液循环现象。塞尔维特著有《基督教的复兴》，提出了心肺之间血液小循环的学说；而哈维以解剖学为基础，发现了人体的血液循环系统，并第一个把血液循环的机械原因归于心脏有节律的持续搏动，著有《心血运动论》等。在血液循环学说的基础上，关于消化、吸收、营养、新陈代谢功能等现象都得到了研究，生理学从此成为一门独立的科学。
生物学的进步
文艺复兴时期，生物学方面有了很大进步。哈维首先把物理学的概念和数学方法引入生物学中，并坚持用观察和实验代替主观的推测，他因此被公认为近代实验生物学的创始人。
文艺复兴之后，地理探险和海外贸易迅速发展起来。17至18世纪，随着动植物标本的大量采集和积累，分类学得到很大的发展。从以草药、草本植物为主转向研究所有植物，从种类记述到建立分类系统，从分别对动植物进行分类发展到建立动植物统一的分类范畴和命名方法。
同时，分类方法从亚里士多德以逻辑区分的向下分类法发展为以经验为主的向上分类法。对物种的认识也从长期占主导地位的物种不变观点，逐步过渡到生物进化的思想。17世纪显微镜的发明，揭示了动植物的微细结构与微生物世界，促进了组织学、细胞学、微生物学的发展。
宗教改革运动
16世纪，欧洲掀起了一场以宗教改革为主体的大规模社会政治运动。其起因在于，中世纪后期的欧洲，罗马教廷越来越腐败，常常不择手段地聚敛钱财，侵占大量土地，并出售赎罪券，与世俗政权联系密切又彼此争斗，激起了社会各阶层的不满。1517年，德国维登堡大学神学教授马丁·路德发表《九十五条论纲》抨击罗马教廷出售赎罪券的行为，矛头直指罗马教皇，拉开了宗教改革的序幕。此后，宗教改革运动迅速在欧洲展开。在德国，出现了一批支持路德主张的封建主和市民教会；在瑞士，出现了以加尔文、茨温利为首的激进改革派；在英国，开始了自上而下的宗教改革。宗教改革沉重打击了封建制度和天主教教会，促进了民族意识的觉醒和民族语言文化的发展，为后来的资产阶级革命扫清了道路，在政治、经济和社会各方面产生了深远的影响。
腐败的天主教会
天主教会是封建制度的维护者。随着权势和财富的增长，其腐败程度也逐渐加深，最终变成了一个腐朽的国际性官僚机构，引起了社会各阶层的极大愤慨。16世纪初，德国宗教改革运动的时机已经成熟。1517年，路德公开反对教廷贩卖赎罪券，点燃了宗教改革运动的导火线。
宗教裁判
宗教裁判所是13至19世纪天主教会侦察和审判异端的机构，它是教会为维护独断信仰、整肃和迫害异端而设立的。教会有权判定什么是异端邪说，借以钳制人民的思想。判断是非真理的标准操纵于教会之手，助长了教会在思想文化领域垄断和专制的气焰。宗教裁判所严刑逼供、制造冤狱的恐怖手段，造成了人与人之间互相猜疑，使得诬陷诽谤和告密成风。它煽起教徒对妇女的偏见和民族（血统）歧视，在天主教和整个欧洲历史上留下了难以磨灭的罪恶。
“异端”分子的挑战
天主教的神字思想常常遇到来自反对天主教正统教义的所谓“异端”分子的攻击。首先发起挑战的是城市市民，而后是新兴的资产阶级，他们先后成为群众反对封建神学体系和教会的先锋。市民的挑战突出表现为12至13世纪法国南部的阿尔比派“异端”、14世纪英国的威克里夫运动和15世纪捷克的胡司运动。
教会民族化的开始
14世纪中叶，英国颁布了教职选举规章制度和《王权侵害罪法》；1516年，法国国王弗朗西斯一世同教皇缔结《波伦亚协定》，取得了任命主教、修道院长的权力；西班牙国王斐迪南于1482年通过同教皇签订协定，取得了高级教职的任命权……这些措施的实质，都是西欧国家为了预防外来势力的干涉而同罗马教廷进行的斗争，其目地都是为了建立独立的民族教会。
对教会的不满
中世纪西欧的天主教会是一个庞大的经济实体，它拥有大量地产，是最大的封建剥削者。它向农民收取高额的封建地租，还向广大届民征收“什一税”和赦罪费、法庭诉讼费等苛捐杂税。天主教会还利用权势和宗教迷信肆意敲诈勒索广大人民，例如出卖赎罪券。教会内部贿赂成风，教皇的选举与贿赂、争权夺利紧密相连。以教皇为首的高级教士越富有，生活就越奢侈腐化。教皇作恶多端，各级教士竞相效尤，甚至有过之而无不及。教会的欺诈和无耻的掠夺，使广大劳动群众负担加重，人们对天主教会的不满情绪与日俱增。城市市民也不满教会的统治，这不仅因为教会是封建制度的强大支柱，而且因为天主教的许多清规戒律对工商业的发展不利。世俗君主和贵族则觊觎教会的财产，也蠢蠢欲动。
宗教改革前夕的德国
随着生产力的提高和商品经济的发展，德国开始出现资本主义生产关系，产生了最初的资产阶级。但在政治上，整个德意志却没有形成集中统一的中央政权，分裂割据的局面依然如故，这严重阻碍了经济的进一步发展，新兴的资产阶级迫切需要改变国家四分五裂的局面。
相对落后的经济
15世纪末至16世纪初，虽然德国封建生产方式仍占统治地位，但社会经济已有了很大发展。
工业方面，冶金、造纸、印刷、武器制造、棉麻纺织业等都很发达。
商业，特别是中介性贸易相当繁荣。工商业的繁荣，促进了农业的发展。但是，德意志的经济发展远远落后于意大利和英国等欧洲其他围家。
资本主义萌芽
德国工商业的繁荣促进了农业的发展。一些农村经过改良土壤、深耕细作，农作物品种增多，产量提高。有些农民从事小商品生产，与商业市场之间的联系日益密切。
但封建压迫依然严重，农民中两极分化渐趋明显，大量无地或少地的破产农民为生活所迫而成为雇佣工人。在矿冶和纺织等部门，分散型和少数集中型的资本主义手工工场日益增多，印刷和建筑业中已出现了有10至20名雇工的工场。16世纪初，德国还出现了一些大银行家。
随着生产力的提高和商品货币经济的发展，德国开始出现资本主义生产，产生了最初的资产阶级。
政治分裂
16世纪初，德国皇帝权力微弱，无力实行中央集权统治。在德国，除七大选侯外，还有十几个大诸侯、两百多个小诸侯、上千个帝国骑士。诸侯同德皇争权，又在其领地内推行集权统治，各有各的政权、军队、法律和货币，彼此独立。整个德国境内关卡林立，关税互不统一。诸侯、骑士和城市贵族往往根据利益结成联盟，时聚时散，内乱不已。德国经济上的分裂性影响了政治的发展，长期的封建混战和政治分裂，反过来又严重阻碍了经济的进一步发展。
社会矛盾重重
15世纪末至16世比初，德国的阶级和社会矛盾极其尖锐复杂。主要矛盾是，以广大农民为主体、包括城市平民和正在形成中的资产阶级在内的人民群众同封建主阶级之间的矛盾，集中表现为反抗最大的封建主——天主教会的斗争。
马丁·路德的宗教改革
16世纪初，德国宗教改革运动的斗争条件已经成熟。德国尖锐复杂的阶级、民族矛盾集中在教会问题上，一触即发。1517年，路德公开反对教廷贩卖赎罪券，点燃了宗教改革运动的导火线。
马丁·路德的青年时代
马丁·路德（1483～1546年），16世纪欧洲宗教改革的倡导者，基督教新教路德宗教创始人。
路德的童年是在贫困中度过的，家境好转后，路德受到正规教育。
1505年他在莱比锡大学获得硕士学位，同年进入奥古斯丁修道院当隐修士。教廷的日益腐败使路德深感失望，于是，他萌生了改革宗教的愿望。他反对教阶制和繁杂的礼拜仪式，提倡建立廉俭教会。路德初期的宗教观点体现了市民阶级要求建立自己的教会的主张。
宗教改革的开始
1517年，罗马教皇利奥十世以修缮罗马圣彼得大教堂为名，派教皇“特使”多米尼加修士特策尔到德国贩卖赎罪券，引起了路德的极大愤怒。于是，路德在维登堡教堂的正门公开贴出《九十五条论纲》，即《关于赎罪券的功效》，痛斥了特策尔之流的卑劣行径，要求公开辩论赎罪券的功效问题。由于《九十五条论纲》道出了德国人民不满罗马教延和教会统治的共同心声，它的发表成为“席卷一切等级并震撼整个帝国的运动的信号”，此后，德国宗教改革运动在各地迅猛展开。路德由于得到广大群众的支持，一度表现坚决，宗教改革观点也逐渐深入到德国各阶层人们心中。
《九十五条论纲》
1517年，路德提出《九十五条论纲》，要求公开辩论赎罪券的功效问题。《九十五条论纲》的每一句话都是对教廷谬误言论的有力抨击。比如第一条说，当上帝和耶稣基督说“忏悔”时，意思是，信徒的整个一生都应该忏悔，而不是补赎；第三十六条补充说，每一位诚心忏悔的基督教徒即使没有赎罪券，也能完全减免他的罪过和惩罚。路德在这里运用“因信称义”
论，揭开了以教皇为首的神职人员的虚伪神权本质，搬掉了人与上帝之间的教会阻隔，说明了上帝面前人人平等的道理。他公然指出，教皇出卖赎罪券是犯了错误和违背基督教教义的。此文一出，远近传诵，赎罪券的销售大受影响，教皇为之震怒。同时，改革运动也一发不可收拾。路德的《九十五条论纲》，系由以亚尔伯特之名向诸委办所颁布的训令和劝售赎罪券者所说的话语构成，所以内容极不联贯。路德在第三十至三十七条、第四十二至五十二条中，表达了他最重要的积极观点；在第九十二至九十五条中，说明了他提出抗议的动机。
三大论著
1520年8至10月间，路德先后发表了《致德意志民族的基督教贵族书》、《教会的巴比伦之囚》和《论基督徒的自由》三本小册子，它们被称为德国宗教改革的“三大论著”，是德国温和派宗教改革运动的纲领。三本之中以第一本最为重要，它是路德宗教改革的政治纲领。路德号召德国贵族联合起来，“反对教皇，解放德国”。
给教皇的三封信
1518年5月末，路德在给教皇的第一封信里自称是教皇“顺命的儿子”，尊教皇为“仁慈的父亲”、“基督的使者”。1519年3月，在第二封信里，他仍把自己说成是教皇“卑微的臣民”，但却表示不能昧着良心收回自己的主张。在1520年的第三封信中，他大胆揭露道：
“罗马教会以前是诸教会中最圣洁的教会，如今却成了贼窝，最不洁者的穴窟，寡廉鲜耻的妓院，罪恶、死亡、阴世的国都。”从路德写给教皇的三封信里可以明显看出路德对教皇态度的转变。
鼓吹“合法地前进”
随着宗教改革运动的深入发展，参加反教会斗争的社会各阶层之间的分歧日趋明显。广大农民和城市平民要求变革现行的社会制度；一部分激进者主张废除私有制、消灭压迫，甚至酝酿发动武装起义。1512年12月，路德发表文章告诫全体基督徒，严防暴乱和煽动，并鼓吹“应该约束自己，切勿乱说、乱想、乱动”，要“合法地前进”。
由此看出，此时的路德实际上已经“抛弃运动中的下层人民，倒向市民、贵族和诸侯一边去了”。
“带铁锤的闵采尔”
闵采尔（1490～1525年），16世纪宗教改革运动的激进派领袖、德国农民战争的组织者和杰出领导人、空想社会主义的先驱之一。出身于小手工业者家庭的闵采尔，1506年入莱比锡大学攻读神学，获博士学位。1517年开始追随路德，后来因不满路德的保守态度而与之分道扬镳。1521年11月，他写了《布拉格通告》，主张取消压迫和剥削的社会制度，实现人人平等。
之后，他开始对教会的“圣礼”进行改革，反对罗马教廷。他直接抨击基督教的主要论点，主张通过暴力推翻封建主的统治，建立“没有阶级差别，没有私有财产，没有社会成员受压迫的国家政权”。他把领导人民摆脱剥削压迫作为首要任务，领导了萨克森和图林根的农民起义。1525年5月，起义军失败，闵采尔被俘就义。
路德派新教的确立
路德将福音的基本观念归纳为“十四条”，这是路德派新教教义的重要根据。路德后期宗教改革活动的特点是，加强系统的教理建设和创建、整顿路德教的教会。
1555年9月25日，德皇颁布了与诸侯签订的《奥格斯堡宗教和约》，规定“教随国定”原则。新、旧教同权平等，路德教的合法地位从此得到确认。
德国农民战争
1524至1525年，德国爆发了声势浩大、波澜壮阔的农民战争。它波及德国大部分地区，全国三分之二的农民加入战争，在德国和西欧历史上写下了光辉一页。
士瓦本农民揭竿而起
1524年夏，士瓦本南部的农民拒绝为贵族服劳役并发动起义，揭开了大规模农民战争的第一页。附近的农民群起响应，推举汉斯·米勒为首领。起义军开赴莱茵河北岸的瓦尔茨胡特城，在这里建立了斗争据点，先后提出了自己的斗争纲领《书简》、《十二条款》。不过，由于农民军没有统一领导，纪律松弛，士气不振，远不是诸侯军队的对手。1525年4月底，各支农民军分别被击溃。
法兰克尼亚的农民战争
1525年3月末，法兰克尼亚地区爆发起义，这次起义在德国农民战争中规模最大，斗争最激烈。其中最出色的农民起义领袖是盖尔，他所领导的支队被称为“黑军”。1525年5月，各地农民军代表在法兰克尼亚集会，在出身贵族、代表形成中的资产阶级利益的文德尔·希普勒的提议下，他们共同制定并提出了著名的《海尔布琅纲领》，要求在德国建立一个中央集权制的政府，改革教阶制，没收教会土地分给骑士等。6月，法兰克尼亚的农民起义被逐一瓦解。
其他地区的农民战争