17世纪前，帕夏尚能有效地行使各项大权，抑制马穆鲁克势力的膨胀，但由于帕夏从土耳其派来，不懂当地语言，也不了解地方情况，实权渐渐旁落到马穆鲁克手中。到17世纪中叶，帕夏和土耳其近卫军的权力日益缩小，马穆鲁克的势力逐渐上升，成为事实上的统治者。其中开罗行政长官的权力最大，甚至可以任意囚禁和废黜帕夏，没收他们的财产。在土耳其直接统治埃及的280年间，更换过100多个帕夏；在18世纪，被废黜的帕夏就达50多个。马穆鲁克集团还多次次违抗奥斯曼土耳其素丹的命令，拒不纳贡。
在马穆鲁克封建主的压榨下，埃及的农业生产遭到严重破坏：农田荒芜，河渠淤塞，肥沃的尼罗河三角洲平原近三分之一的农田变成荒漠，产量不及罗马人统治时期的四分之一。粮食匮乏，饥荒不时发生，瘟疫不断侵袭，人口急速下降，由法蒂玛王朝统治时期的600万锐减到250万。
在1619年的一次鼠疫中，据说死亡33万多人；有史书记载开罗商店大半关门，只有卖尸布的商店，白天黑夜都开门营业。
1769年，土耳其素丹对俄罗斯作战，命令阿里贝在埃及集结军队。阿里贝逐土耳其帕夏，宣布独立。其婿艾卜勒·宰海卜于1770年7月占领麦加，1771年率三万多人进攻叙利亚，占领大马士革等城市，然后同土耳其政府秘密谈判，转而平定埃及。1773年阿里贝死。艾卜勒·宰海卜成为埃及地方首长兼帕夏。
奥斯曼土耳其出于同欧洲争夺地中海霸权斗争的考虑，力图遏制西方殖民势力渗入埃及，因而竭力阻挠红海贸易的恢复和发展。17世纪末，土耳其借口伊斯兰圣地麦加和麦地那滨临红海，严禁西方船只穿越吉达港以北驶往埃及。与此同时，土耳其对埃及的进出口贸易也严加限制。
这种闭关政策，给埃及社会经济造成了极大的危害。由于闭关政策的实施，地中海东部的世界性贸易往来基本消失，埃及和整个中东地区成了一个同世界贸易主流无缘的萧条地区。正是在这个时候，欧洲诸国完成了或正在完成资本的原始积累，资本主义以汹涌澎湃之势向前发展。
闭关政策还直接加速了埃及手工业的衰落，在这一时期，中世纪很多有名的手工业中心荡然无存，像提尼斯、舍坦这样以生产上等金银丝织品而著称的城市已不复存在。工商业的凋敝使沿海城市始终发展不起来，直到18世纪末，开罗的居民还不到50，000人，亚历山大城只有15，000人。
闭关政策的危害还表现在文化方面。这一时期正是欧洲各种资产阶级思潮兴起之时，由于埃及处于与世隔绝状态，各种新思想无法传播进来，这使埃及进一步向伊斯兰一体化发展，宗教地位愈加巩固。
闭关政策到18世纪有所改变。随着奥斯曼帝国的衰弱和欧洲资产阶级的兴起和壮大，欧洲国家开始迫使土耳其打开向欧洲关闭的禁区。埃及正处在欧亚非三大洲的交接处，是从欧洲通往印度的交通要道。1774年，英国驻印度总督指示加尔各答商人重新打开印度到苏伊士的商路。1775年，英国东印度公司与埃及缔结一项条约，规定苏伊士港向来自印度的英国商人开放。1785年，埃及又与法国签订了类似的条约。
征服埃及是法国统治者自十字军东征以来一直梦寐以求的伟业。路易十四盘算过此事，1672年，莱布尼茨向路易十四建议进攻埃及，他说：“在那里您将得到通向伟大印度的商路”。路易十五的外交大臣什瓦泽尔也做过这样的梦。然而，这项计划却涉及到一个十分棘手的外交问题。这是因为自1536年以来，法国一直与土耳其苏丹结盟，而后者又是埃及名义上的君主。
1197年8月16日，拿破仑上书督政府说：“我们正确评价夺取埃及的必要性以便有效地摧垮英国的日子已为期不远了。”他建议派机敏的塔列朗作为特使赴君士坦丁堡，劝说土耳其苏丹容许法国人以土耳其的名义，从其实际的统治者马穆鲁克的手中收复埃及。拿破仑把征服的矛头对准埃及时，心中还有进一步的目标，那就是摧毁英国在印度日益增长的势力，从而补偿法国在西印度所丧失的殖民地。他想以埃及为垫脚石东进，如他所希望的那样，与土耳其结盟，然后再与印度南部的迈索蒂普苏丹联合起来，把英国从印度赶出去。
1797年8月16日，拿破仑曾写信给巴黎说：“不久的将来我们会感到，要真正打垮英国，就必须占领埃及。”
1798年3月5日，拿破仑被督政府任命为埃及远征军总司令，总司令立即展开了繁忙的准备工作：巡视海岸和海军、组织远征兵团、研究世界政治局势的一切动态以及英国纳尔逊舰队活动的一切消息，拿破仑几乎是一个个地选拔远征埃及的士兵。4月12日，督政府发布了远征埃及的命令。5月19日，远征军从土伦启航，它由300余艘运输船组成，装载了25，000步兵、3000名骑兵、3000名炮兵和工兵。布律埃斯中将指挥的13艘大型战舰和六艘快速帆船负责护航。拿破仑乘坐的是布律埃斯的旗舰“东方号”。航行途中，来自科西嘉、热那亚和契维塔韦基亚等地的船队也先后加入进来。7月1日，法国战舰抵达亚历山大港，12天后，占领该城。7月13日夜间，拿破仑率军沿尼罗河左岸向南进发，同时由卑雷指挥的一支法国舰队也沿河上驶。拂晓时分，法军抵达肖布腊克希，在这里遇上了马穆鲁克骑兵团。在法军强大火力的逼迫下，马穆鲁克骑兵不得不退向开罗。
战斗结束后，拿破仑立即发动追击。尽管天气酷热，法军还是兼程挺进。7月20日黄昏，他们到达了尼罗河的分叉点，这里距开罗仅15公里，排列整齐、雄伟壮观的金字塔就在眼前。正当大家面对金字塔赞叹不已时，拿破仑登上了一个山坡，他发现马穆鲁克兵早已在尼罗河两岸严阵以待。
经过这两个小时的苦战，马穆鲁克兵吓得魂飞魄散，他们称拿破仑为“炮火之王”、“上帝之鞭”，从此，拿破仑的威名传遍东方。通往开罗的障碍被扫除了，法军很快进驻了开罗，吓呆了的居民在沉默中迎接了征服者。接着，拿破仑派军消灭了马穆鲁克军团的残余，征服了上埃及。
法军还未进入开罗，拿破仑就声称他要从马穆鲁克的暴政下“解放”埃及人。为确立自己的统治，他首先着手改革旧的行政机构，建立新的行政机关。他委派阿卜杜拉·谢尔戈维为首的九名伊斯兰长老组成开罗行政会议，协助法国人统治开罗；把全埃及划分为16个军区，每个军区任命一名将军为军事长官，建立地方行政会议管理民政事务；10月初召开全埃国务会议，由各区各派9名代表参加。
拿破仑宣布没收所有已死或逃亡在外的马穆鲁克的土地，取消他们征收的赋税，把农民担负的各种税额合并为一种单一税。从此，埃及农村中的包税制开始消亡。
为了供应法军的需要，拿破仑建立了面包房、土啤酒场、制硝厂、弹药厂、军服厂、铸造厂、机械制造厂和造船厂。这些工厂不但生产军需用品，而且生产民用产品，制造水压机等机械和科研仪器。有上百名法国科学家随军来到埃及。8月23日在拿破仑的主持下，建立了埃及研究院，下设数学部、物理部、政治经济部和文学艺术部，附设图书馆、印刷所和实验室，由著名学者蒙热任院长。研究院开展了多方面的研究工作，罗塞达刻石的发现为创立埃及学奠定了基础。
拿破仑把法国革命中的一些改革措施，生搬硬套到历史条件和社会发展水平迥异的埃及来，往往收效甚微，甚至推行不下去。同时，拿破仑是一个侵略者，他遭到了热爱民族独立的埃及人民的仇视。拿破仑为对付埃及人民的反抗，采用屠杀政策。7月30日，他命令部下：“你们必须严厉对付居民，我每天至少杀三个人，将人头挂在开罗大街上，这是叫他们服从的唯一办法。”
当8月1日纳尔逊消灭法国舰队、割断法军与本土的联系之后，拿破仑便加紧向埃及人民勒索。法军要各大城市的商人交纳巨款，如开罗50万法郎，亚历山大港30万法郎。法军规定埃及人民供应法军全部军粮，并交纳实物税；行东要领取执照，必须交纳执照税；10月20日又下令“向私人财产、诉讼和诸如浴室、酒店、铺子、咖啡馆、磨坊、油坊、香油坊和住房等一类的建筑物征收新的捐税”。
新税令的颁布是第一次开罗反法大起义的导火线。次日凌晨，愤怒的开罗人民走上街头，云集爱资哈尔清真寺，强烈抗议占领军当局这项掠夺性政策。法军开罗卫戍司令迪比得到群众集会消息后立即率部前往镇压。他不分青红皂白，悍然下令部队开枪，结果激起哗变，游行示威演变为武装起义。战斗中，起义群众击毙迪比，队伍不断壮大，一度控制开罗的大部分街区。
但是起义队伍是从游行群众临时发展来的，组织松散，缺乏坚强的领导和斗争方法，没有能够与城外响应的农民取得联系，乘势扩大战果，给了法军喘息机会。
惊慌失措的拿破仑从外地紧急调来大批军队进行反扑，炮轰爱资哈尔清真寺，弹尽援绝的起义队伍最终淹没在血泊中。拿破仑把开罗人民起义镇压下去以后，立即进行野蛮的报复，一天之内就杀害了4000多人。
1800年3月初，不甘屈服的埃及人民掀起第二次开罗起义，进攻法军总部和其他阵地，一度占领整个城市。起义军在城内建起弹药厂和枪炮厂，准备坚持长期作战。4月中旬，法军大批援兵赶到开罗。大敌当前，起义队伍中的长老开始动摇，主张向法军妥协。中下层起义群众严词斥责长老派的背叛行径，拒绝投降，坚持战斗。法军总司令克莱贝尔下令进攻，最后竟纵火焚烧开罗，开罗第二次起义在一片火海中失败了。但是埃及人民继续在其他地区展开游击战，迫使法军退守到主要城镇。
英国唯恐法国的势力伸向东方，夺取印度，根据与土耳其政府的协定，于1801年3月派军在埃及登陆，“帮助”土耳其军队反攻埃及。法军受到内外夹攻，节节溃败，先是撤离开罗，困守亚历山大，9月又从亚历山大撤退回国。