在美国的胡适听到雷震被捕，一方面对台北驻美“大使”沈昌焕表示：“此事曾经过长期慎重考虑，政府深知在今日国际形势下必发生于我不利之反响，但事非得已，不能不如此办”。他拍电报给陈诚，表明他不能不说话，因为事情已在国外发生了很不好的影响，如果四人中有一人自认“匪谍”，则此案更应移交司法机关审判，否则全世界无人相信军事法庭的审判结果。不久，他又给陈雪萍写信，内称：
沈部长来电说政府深知此案的不良影响。我说，政府决不会“深知”，总统没有出过国，副总统也没有出过国，警备司令部的发言人也没有出过国，他们不会“深知”此案会发生的反响，所以，我不能不做这笨事：向政府陈说，我举出Henry Luce对游建文说的话：“我是中华民国的好朋友，但我是杂志发行人、编辑人，我是一个报人，不能不替报人说话，不能不为言论自由说话”。
陈诚和陈雪萍将胡适的意思向蒋介石作了汇报，未引起任何反应。
美国上下也对蒋介石同声谴责。如斯卡拉皮诺在《纽约时报》著文质问美国政府：
我们的大量经济及技术援助维持着这一政府当权时，我们必须继续装做我们不能有所作为吗？……我们必须制定新的对台政策，其中包括一项原则：所有台湾公民必须有意见决定他们的未来及参加政府工作，否则，……历史将再度指摘我们庇护一个衰微的独裁政体。
面对此起彼伏的抗议之声，蒋介石终于发话了。9月13日，美国西海岸记者访问蒋介石，当被问及雷震被捕的原因时，蒋说，雷震发行的《自由中国》“刊登的文章，对共匪是有利的”，“已有匪谍在该刊幕后活动”，与雷震同时被捕的刘子英是“匪谍”，雷震明明知道而“仍予隐匿”。蒋介石还表示：“这件事与雷震等筹组反对党的事无关，任何人可以自由地在台湾从事政治活动，但是绝对不可参加颠覆活动。”蒋介石这种栽赃于人和欲盖弥彰的做法只能引起人们的一片嘘唏之声。
10月3日，台湾“警备总司令部”军事法庭仅用一天的时间就匆匆审完了《自由中国》案。8日，公布审判结束：雷震因“明知为匪谍而不告密检举”、“连续以文字为有利于叛徒之宣传”而被判处有期徒刑10年；傅正为有期徒刑3年，马之骕为有期徒刑5年，刘子英有期徒刑12年。而对组织新党则完全不提。他们被扣上一顶“红帽子”，将永无翻身之日。
国民党对《自由中国》案的判决，在岛内外掀起了轩然大波。美国《华盛顿邮报》对此发表评论说：“在台湾的中华民国政府之作为，似乎常可以差不多算做自由主义的模范，任何那样的印象，已经被《自由中国》杂志发行人雷震因叛乱而判10年的徒刑所严重戳破了。”
美国著名中国问题专家费正清投书《纽约时报》，指出：“我们广大的援助背后，竟没有政治自由的意念吗？我们冒了战争的危险保障台湾，只不过是为了支持一个宁愿使用不必要的警察国家方法，而不愿意健全的政治进步的独裁政权吗？”
雷震被判以后，10月底胡适从美国回到台北。在机场，他受到《中央日报》、《联合报》、《公论报》等记者的包围，众口一词询问《自由中国》案。胡适口气缓和地回答了一些问题，主要内容有：首先，他认为此案不宜由军事法庭审判，而应由法院审理；其次，他相信雷震的人品，他可以作为品格证人出庭作证，雷震被判10年未免太重，这样有损“国家”的声望。雷震已成为自由中国言论自由的象征，换来的是10年坐监，这是很不公平的；再次，谈到反对党，他主张“和和平平组新党，从从容容去获得政府的谅解”，不走极端，叫在野党，不叫反对党，“反对”两个字听起来比较刺激；最后，他反复强调“别的话可以不登，但我不是营救雷震，我营救的乃是国家，这句话是不能不登的。”
《自由中国》案中，胡适虽没遭到暴力，但逮捕雷震等人，则是杀鸡给猴看，无异于给了胡适一记耳光。而胡适的内心则是矛盾的，他既不满当局，而面对木已成舟的现实，又不敢太多刺激当局，在关键时刻，这个软骨头，既怕沾上“匪谍”之名，又怕引起蒋介石误会。
11月18日，胡适被蒋介石召见，关于此案，他们做了如下谈话。
胡适说：“我本和岳军（张群）先生说过，我见总统，不谈雷震。但现在谈到国防形势，我不能不指出，这三个月来，政府在这件事上的措施实实在在国外发生了很不好的反应。”
蒋介石说：“我对雷震能十分容忍，如果他的背后没有匪谍，我决不会办他。我们的政府是一个反共救国的政府，雷震背后有匪谍，政府不能不办他。我也晓得这个案子会在国外发生不利的反应，但一个国家有他的自由，有他的主权，我们不能不依照法律。”
胡适沉痛地说：“雷震与匪谍的关系，是法庭的问题。这样大的案子，被告律师只有一天半的时间查卷和调查事实资料，开庭只八个钟头就宣告终结。这种审判全世界无人肯信。这是什么审判？我在国外，实在见不得人，实在抬不起头来。”
蒋介石面露不悦，说：“胡先生同我向来是感情很好的。但是这一两年来，胡先生好像只相信雷儆寰（雷震），不相信我的政府！”
胡适吓得赶紧搭话：“总统的话太重了，我当不起。我要向总统重述我在民国三十八年四月二十一日很郑重说的那句话，我愿意用我的道义力量支持蒋先生的政府。我在十一年前说的这句话我至今没有改变。当时我也说过，我的道义的支持也许不值得什么，但我说的话是诚心的。因为我若不支持这个政府，还有什么政府可以支持？如果这个政府垮了，我们到哪儿去？这番话，我屡次对雷儆寰说过。”
胡适，这位所谓大名鼎鼎的学术权威，直言不讳的谦谦君子，原想借重于自己与蒋介石的私人关系为雷震求情，结果碰了一鼻子灰，反害得自己重表忠心，这位新文化运动的主将竟在蒋介石面前卑躬屈膝，实在可叹！
（蒋介石与“中央研究院”院士及来宾合影。左三坐者为胡适）
对蒋介石来说，胡适并不具有威胁性，容忍他，可利用他的“自由民主”形象以堵美国人的嘴，对政权有益无害。
而胡适所终生追求的自由民主达到如此程度，他对雷震有种“吾虽不杀伯仁，伯仁由我而死”的愧憾，其心境是悲哀和凄凉的。对此，有人评论说：
“近几年来，胡先生固然是个人自由主义的象征，但他也日益成为一个所谓‘自由民主’的可悲人物！他的声誉，也正渐渐地为点缀这点可怜的所谓‘自由民主’，糟踏得不成样子了！君不见许多怀抱自由民主理想的青年人，在他们的谈话中，充分流露出他们‘对胡适的失望’。”
《自由中国》创刊11年，共出260期，因雷震追求“自由中国”锒铛入狱，刊物随之停办，而“中国民主党”也胎死腹中。
对蒋氏父子来说，谁要对其专权说个“不”字，等待他的便是吴国桢、孙立人、雷震的下场。在一片“蒋总统万岁”声中，蒋介石开始试着让儿子蒋经国“主政”。
三、“伟大的父亲”
（蒋介石与蒋经国于在庐山瀑布前合影
对蒋经国来说，他的父亲就是领袖、严师和慈父，没有谁比他更“伟大”的了。确实，父亲不仅在精神上对他关怀备至，颇多传授，而且在政治对他寄予无限希望，帮他打败政敌，为他接班登基铺路开道。对于飘摇在汪洋中的这一点点江山，蒋介石当然“肥水不流外人田”，他要把这点“家业”留给儿子。）
1.门生让太子
蒋经国染指国民党党、政、军以后，清除了异己，慢慢培植起了自己的力量，离最高之位还有一步之遥。因为，这时陈诚还占据着“副总统”、“副总裁”兼“行政院长”的要职。蒋经国只好暂时养精蓄锐，以待时机。
对蒋介石这样的独夫民贼来说，他为何能容忍陈诚如此位高权重？
原来，陈诚作为蒋介石的同乡，自黄埔军校创办起就追随蒋介石，既属于黄埔系，又属于江浙派，和蒋介石亲上加亲。四十多年来他出生入死，成为蒋介石最重要和最可靠的亲信。在国民党仓皇逃台之初，蒋介石从众多的助手中挑选出三位可以作为一线决策的人物。这三位就是原任国防部参谋总长、东北剿共总指挥的陈诚，原任中央银行总裁的俞鸿钧和原任台湾银行董事长、台湾省财政厅长的严家淦。在三人中，蒋介石最宠爱的是陈诚，然后是俞鸿钧，其次是严家淦。尤其是陈诚，蒋介石早已暗中把他选为自己向儿子交班的过渡人物。
国民党政权迁台后，在蒋介石的一手操纵下，陈诚官运亨通。先任台湾省主席，1950年3月他出任“行政院长”。1954年5月20日，在“国民大会”一届二次会议上，陈诚当选为“副总统”。1957年10月，在国民党“八全会”上成为“副总裁”。1958年7月，他在担任“副总裁”、“副总统”之时又兼任“行政院长”。陈诚在台湾的地位，真可谓一人之下万人之上，大有成为“法统”的准接班人之势。
陈诚红透半边天，难道说他没有一点政治野心？难道他不窥视着蒋介石之位？
当然，不能说他没有这份心思，只是“有贼心无贼胆”，种种因素制约着他与蒋经国一决雌雄。首先，他是一位不折不扣的军人，在权力角斗场上，他不善于玩弄“政治魔术”；其次，他对蒋介石忠心不二，很少培植私人班底充当其政治资本，他缺乏一个有力的政治性团体作支持；第三，他早已洞悉蒋介石的肺腑，摸透了蒋介石已决心把这片宝岛江山传给嫡嗣的打算。蒋介石决不会允许他人觊觎，纵有野心，也只得收敛；第四，陈诚患严重胃病，身体每况愈下，早不堪繁剧，他甘愿在与蒋经国政治角逐中，退避三舍，以保命为第一要务。因此，纵使陈诚有“政治强人”之称，但也仅此而已，永远成不了“九鼎之尊”，充其量他不过是蒋家小朝廷的一名“高级传达”。所以，陈诚对蒋经国的接班构不成实质性的威胁。
对此，蒋经国的亲信孙家麒后来在《我所认识的蒋经国》中谈到：
这位先生（陈诚）真是名符其实的军人头脑，对于波谲云诡的政治斗争经验，还太缺乏。他不晓得太子先生几年之间，在上下其手的搬运魔术下，所有的力量，都已无形中先后入了太子掌握，早非吴下阿蒙，而已后来居上。
而陈诚自任台湾省主席始，一直主持台湾事务，做了大量具体而有效的工作，舆论对他也赞不绝口，虽然他不敢居功自傲，不敢对蒋介石的地位发起挑战，但却严重地影响了蒋介石对儿子的权力移交。此外，陈诚的思想也有游离蒋氏父子的时候。如，他在1960年公开表示支持反对党，从而客观上推动了雷震等人组建“中国民主党”；对于蒋经国建立“青年救国团”，陈诚以吸取历史教训为名，对此颇有微词；对于蒋介石的第三次连任，陈诚对《自由中国》也暗示过支持。同时，外界已谣传陈诚与蒋经国之间的种种矛盾，就连陈诚本人也隐隐地感到了这点，他在同卜少夫谈话时宣称：
你大概也听到外面说我和经国冲突的谏言，这完全是匪谍在挑拨离间，散布谣言。稍有常识的人都能分辩绝无可能。从当前处境及奋斗目标来说，团结就是力量，静则安定台湾，动则反攻大陆，都需要集中举国意志，团结一切力量。从总统爱护提携培养我来说，我一定要做一个最忠实的干部，感恩图报，鞠躬尽瘁；在总统领导之下，完成复国大业，凡有损这神圣任务的，绝对不容许发生。
从经国个人的才具和努力来说，这十几年，他的辛勤建树值得夸耀，无论军中政治工作，无论退役官兵辅导工作，无论青年运动，他都做得有声有色，清清楚楚地摆在眼前，我只有尽量帮助他，使他有更多的机会，也是使他负更重的责任，让他发挥更大的才能，俾国家得到最高最大的利益。我和他还有什么可争可夺的。
陈诚还叮咛卜少夫说：“你回到香港去，如遇到此种谈论，可以说明此乃子虚乌有。”
事实上，陈诚与蒋经国间确实存在摩擦，在关于“青年救国会”及一些人事安排等问题上，陈诚多次指责蒋经国。蒋经国虽以老子为靠山可以不理睬陈诚，但受到这种无端指责也颇为烦恼，他于1963年11月2日写下了《在每一分钟的时光中》以表心中痛苦。蒋经国说：“读了英国作家葛礼赛的一首诗——《如果》——以后，内心深受感动，月夜静坐思维，似有所悟，因师其意，写成此篇，以为自勉箴言。”兹抄录一段以示蒋经国心态：
如果有许多人，
都在怀疑你，
就让他们去怀疑吧，
同时，更要相信你自己。
不可因为来不及等待而感到不耐烦，
亦不可因为受别人的诬蔑而愤激；
如果困恼的心已到了崩裂的边缘，
你还是耐心地等待。
万一被人无缘无故地嫉忌，
切莫因此而畏却；
更要小心翼翼地理头工作，
勿使锋芒外露。
把这首诗与蒋、陈矛盾联系起来就更容易理解了。
陈诚与蒋氏父子的裂痕日深，他深知胳膊拧不过大腿，识时务者为俊杰。1963年11月，在国民党九届一中全会后，颇懂蒋介石之意的陈诚坚辞所兼的“行政院长”一职，他声称：
近半年来，本人健康不佳，时感疲乏，迭向总统请辞，这绝非逃避责任，而是恐怕有疏忽职守，但屡次均蒙恳切慰留，给假休养，九月初适逢葛乐礼风灾发生，深感救灾善后，责任重大，故提前销假。近两月来，健康尚未恢复，医嘱仍需休养，因又请求辞职。
对于陈诚辞职，外界议论很多，健康是其中一个原因，恐怕又不是全部原因。美籍作家江南称陈诚“上焉者，处处要请示蒋先生；下焉者，要向蒋经国低头”，“陈军人本质，一向发号施令，且以果断闻名，处此尴尬境遇，内心苦闷，盖可想及。”香港《联合评论》1964年4月22日载文，认为陈诚是被迫辞职，其中分析道：
众所周知，陈诚是蒋介石最亲信的人，他在政治上的地位，可以说，也是蒋一手扶植的。可是，自蒋经国的势力逐渐扩张后，陈诚的地位就开始动摇了。尤其是三任总统非法连任以后，蒋介石对陈诚也颇疑意。
（陈诚与家人合影）
1963年12月，国民党中常会讨论“行政院”改组问题时，蒋介石提出了换人方案，同意陈诚的请辞：
行政院兼院长陈诚同志，主持政务，卓著勋劳，惟以久任繁剧，体力渐感不胜，曾迭次申请辞职，均经恳切慰留，最近以健康关系，再度恳辞，为期陈诚同志能获较为充分的休养机会，俾能迅速恢复健康，爰拟勉徇所请，准予辞去行政院长兼职，并提名严家淦同志，继任行政院长。
陈诚自离开“行政院”后，病情加重，于1965年3月5日，以国民党副总裁、“中华民国副总统”的身份在台北逝世。至此，蒋经国“登基”之路上也没了最后一个障碍。
蒋介石和陈诚共事多年，除政治上陈诚对蒋忠心耿耿外，蒋、陈间还有一层密切的私人关系：陈诚的夫人谭祥是国民党元老谭延闿的女儿，1927年蒋介石和宋美龄结婚时，谭延闿是介绍人之一，而1932年陈诚与谭祥成亲时，又是宋美龄做的媒。