髋关节先天性发育不良
纯种金毛寻回猎犬的常见的问题。大部分的金毛寻回猎犬都被此病困扰着，轻微者必须忍受关节炎的痛苦，严重者必须开刀。因此国外繁殖金毛寻回猎犬者，都必须提出由兽医检验后发出的证明，证明狗父母股关节的“得分”，得分越好，表示股关节发育越好。
培育者也会选择得分高者当做种犬，以避免此种严重的遗传性疾病。最近国外有一些机构也会要求培育者提出肘关节的检验证明，因为此种肘关节的遗传性疾病也日渐受到关注。
股关节发育不全症受后天的影响很大，两个月大的小狗很难检验出来。营养过剩（钙质），发育太快（骨胳负荷太大），成长期股关节受伤（不当运动）等等，都会加深病情。因此在小狗四到九个月大的快速成长期，必须特别注意及控制其运动及营养的摄取。
血友病
有血友病的狗有时并无明显症状，但是有此病的母狗怀孕时容易有严重出血致死的问题。此病的病征有些很轻微，有些则是一有小伤口就血流不止。简单的血液检验就可以检验出是否有血友病，有此病的狗同样禁止繁殖。
眼睛的问题
常见的遗传性眼睛疾病有白内障、眼睑内翻或外翻、倒生睫毛等。眼睑内翻或外翻、倒生睫毛等都可以用简单的手术治好。有些白内障在幼犬时期就会影响到视力，有些白内障会持续恶化导致失明。有遗传性眼睛疾病的狗在国外是被禁止繁殖的。
遗传性心脏病
金毛寻回猎犬常见的遗传性疾病。国外规定所有种犬必须接受检查。若检查发现心脏有杂音，则必须接受进一步的检查或治疗。未通过检查者禁止繁殖。
甲状腺机能不足
症状包括肥胖、昏睡、毛皮病变、不规则或无发情期、无繁殖力等等。血液检验可以很简单地检查出甲状腺机能不足症。每天喂食甲状腺剂可以改善或完全去除症状，并可延长狗的寿命。但甲状腺剂的喂食量应依照兽医指示，以免造成负作用。