最初的时候，一切都还很顺利，但随着一切定型，稳定发展起来之后，外星人与人类智者之间的分歧变得越来越明显。
这一切的导火线，其实缘于智者对自己生命及能力延续的渴望，他请求外星人帮助自己达成这个愿望。对人类这个异族生命也很感兴趣的外星人再次接受了他的请求，开始对所谓的生命、精神力及智慧进行研究。
最初的时候，他拿人类与野兽想结合来研究这两个生物之间的区别，因此，就有了半兽人这个新种族出来。智者很不喜欢这个种族，出于对生命的尊重，并没有表现出异意，但外星人还是感觉到了他内心的真实感受。再后来，外星人又用自己的基因与人类最优秀的基因相结合后，研究出了另一个新种族，半神族。半神族几乎结合了所有优点于一身，他既有智者的精神力，又拥有人类审美观点中最最优异的外形，可惜的是，他们不能胎生，过于优秀的东西，必定要牺牲部分才会得到，这个世界并不存在完美。
智者对第一个半神族不太满意，在他看来，用机器制造出来的生命，使在难以让他接受，可是外星人却很偏爱这个种族。而且在这个时候，两人对于理想国的理念开始有了冲突，智者不希望人类再因为先进的文明而自相残杀，在他看来，唯有发展心灵文明，才能避免这样的事情发生。外星人当然希望自己的文明可以得到进一步的发展，但智者却没愿意给他这样的环境，这使得他开始产生了思乡之情。在这个不具备任何条件的世界，他根本不可能回去，出于延续愿望的心理，外星人把这个回去的愿望编入半神族的基因中，这样，每一个半神族从出生那一刻起，就知道自己的存在，就与自己拥有着一个共同的愿望，回家。
在智者的催促下，外星人没有能停止关于延续生命的研究，直到后来，第一个克隆人的出世。亚特兰蒂斯的第一任国王其实就是第一个克隆人，这个无论外形还是智慧都与自己几乎完全一样的克隆人得到了智者的喜爱，他把他当成了自己生命的延续。为了让这个最优秀的生命能量可以继续延续下去，智者将大陆上最好的一切都留给了他，并且，为了害怕在自己死后，外星人会控制大陆，就设计将他囚禁在了这里，他以为，随着时间的推移，人们会渐渐将这另一个创世者遗忘。
从某种意义上来说，他的确是办到了，大部分种族都没记得有这个人的存在，关于他的任何记忆都被时间封存了起来。但是，半神族并没有遗忘他的存在，每一个被机器培育出来的半神族都被灌输了某些记忆，比如外星人是他们的创造者，他们称之为父亲。又比如，关于回家的梦想。