苹果树腐烂病是一种弱寄生菌所致的侵染性病害，是削弱树势、死枝、死树、毁灭果园的重要病害。加强栽培管理，提高树体营养水平，提高抗病能力是预防该病的根本措施。在此基础上及时刮治病斑，药剂杀灭病菌。菌毒清原为防治鸡瘟的杀菌消毒剂，有效成分为二辛基氨乙基甘氨酸醋酸盐，对人畜低毒，对多种作物的真菌病害和病毒病害有较好的防治效果。主要通过破坏病菌的细胞膜，抑制呼吸作用，凝固蛋白质，使酶变性而起抑菌和杀菌作用。产品为5％水剂。
菌毒清用于病疤刮除后消毒，可有效地防止复发。在春季发病高峰时，结合刮老翘皮，用梭形立茬法刮除直观容易看到的病疤，并将病疤周围干死皮刮除，露出白皮。一般至少刮除3次。果树落花后容易出现病疤，应检查刮除1次。
夏、秋季出现表面溃疡后用刮片法刮除。晚秋初冬表面溃疡向深层扩展时，再仔细刮除1次。刮除病疤及表面溃疡后，用5％菌毒清50倍液，每平方米用稀释液100毫升，均匀涂抹病疤及刮面外2～3厘米的树皮1～2次。也可以不刮除病疤，先用刀将病疤周围深划一长椭圆圈，在病疤中部交叉深划数刀，深度达到木质部，然后用毛刷将稀释药液均匀涂抹在病疤上，使其充分渗透和扩散于患处，大约7～15天病疤即干裂、翘起并脱落，形成新生愈合组织。该药促进愈合效果好，能有效地阻止腐烂病的复发。