1999年4月27日经农业部部常务会议通过，中华人民共和国农业部令第20号发布，自1999年7月23日起施行。2002年7月27日，农业部令第18号修订。2004年7月1日， 农业部令第38号修订。
（第一章）总则
第一条为了保证《农药管理条例》（以下简称《条例》）的贯彻实施，加强对农药登记、经营和使用的监督管理，促进农药工业技术进步，保证农业生产的稳定发展，保护生态环境，保障人畜安全，根据《条例》的有关规定，制定本实施办法。
第二条农业部负责全国农药登记、使用和监督管理工作，负责制定或参与制定农药安全使用、农药产品质量及农药残留的国家或行业标准。
省、自治区、直辖市人民政府农业行政主管部门协助农业部做好本行政区域内的农药登记，负责本行政区域内农药研制者和生产者申请农药田间试验和临时登记资料的初审，并负责本行政区域内的农药监督管理工作。
县和设区的市、自治州人民政府农业行政主管部门负责本行政区域内的农药监督管理工作。
第三条农业部农药检定所负责全国的农药具体登记工作。省、自治区、直辖市人民政府农业行政主管部门所属的农药检定机构协助做好本行政区域内的农药具体登记工作。
第四条各级农业行政主管部门必要时可以依法委托符合法定条件的机构实施农药监督管理工作。受委托单位不得从事农药经营活动。
（第二章）农药登记
第五条对农药登记试验单位实行认证制度。
农业部负责组织对农药登记药效试验单位、农药登记残留试验单位、农药登记毒理学试验单位和农药登记环境影响试验单位的认证，并发放认证证书。
经认证的农药登记试验单位应当接受省级以上农业行政主管部门的监督管理。
第六条农业部制定并发布《农药登记资料要求》。
农药研制者和生产者申请农药田间试验和农药登记，应当按照《农药登记资料要求》提供有关资料。
第七条新农药应申请田间试验、临时登记和正式登记。
（一）田间试验
农药研制者在我国进行田间试验，应当经其所在地省级农业行政主管部门所属的农药检定机构初审后，向农业部提出申请，由农业部农药检定所对申请资料进行审查。经审查批准后，农药研制者持农药田间试验批准证书与取得认证资格的农药登记药效试验单位签订试验合同，试验应当按照《农药田间药效试验准则》实施。
省级农业行政主管部门所属的农药检定机构对田间试验的初审，应当在农药研制者交齐资料之日起一个月内完成。
境外及港、澳、台农药研制者的田间试验申请，申请资料由农业部农药检定所审查。
农业部农药检定所应当自农药研制者交齐资料之日起三个月内组织完成田间试验资料审查。
（二） 临时登记
田间试验后，需要进行示范试验（面积超过10hm2）、试销以及在特殊情况下需要使用的农药，其生产者须申请原药和制剂临时登记。其申请登记资料应当经所在地省级农业行政主管部门所属的农药检定机构初审后，向农业部提出临时登记申请，由农业部农药检定所对申请资料进行综合评价，经农药临时登记评审委员会评审，符合条件的，由农业部发给原药和制剂农药临时登记证。
省级农业行政主管部门所属的农药检定机构对临时登记资料的初审，应当在农药生产者交齐资料之日起一个月内完成。
境外及港、澳、台农药生产者向农业部提出临时登记申请的，申请资料由农药检定所审查。
农业部组织成立农药临时登记评审委员会，每届任期三年。农药临时登记评审委员会一至二个月召开一次全体会议。农药临时登记评审委员会的日常工作由农业部农药检定所承担。
农业部农药检定所应当自农药生产者交齐资料之日起三个月内组织完成临时登记评审。
农药临时登记证有效期为一年，可以续展，累积有效期不得超过四年。
（三） 正式登记
经过示范试验、试销可以作为正式商品流通的农药，其生产者须向农业部提出原药和制剂正式登记申请，由农业部农药检定所对申请资料进行审查，经国务院农业、化工、卫生、环境保护部门和全国供销合作总社审查并签署意见后，由农药登记评审委员会进行综合评价，符合条件的，由农业部发给原药和制剂农药登记证。
农药生产者申请农药正式登记，应当提供两个以上不同自然条件地区的示范试验结果。示范试验由省级农业、林业行政主管部门所属的技术推广部门承担。
农业部组织成立农药登记评审委员会，下设农业、毒理、环保、工业等专业组。农药登记评审委员会每届任期三年，每年召开一次全体会议和一至二次主任委员会议。农药登记评审委员会的日常工作由农业部农药检定所承担。
农业部农药检定所应当自农药生产者交齐资料之日起一年内组织完成正式登记评审。
农药登记证有效期为五年，可以续展。
第八条经正式登记和临时登记的农药，在登记有效期限内，同一厂家或者不同厂家改变剂型、含量（配比）或者使用范围、使用方法的，农药生产者应当申请田间试验、变更登记。
田间试验、变更登记的申请和审批程序同本《实施办法》第七条第（一）、第（二）项。
变更登记包括临时登记变更和正式登记变更，分别发放农药临时登记证和农药登记证。
第九条生产其他厂家已经登记的相同农药的，农药生产者应当申请田间试验、变更登记，其申请和审批程序同本《实施办法》第七条第（一）、第（二）项。
对获得首次登记的，含新化合物的农药登记申请人提交的数据，按照《农药管理条例》第十条的规定予以保护。
申请登记的农药产品质量和首家登记产品无明显差异的，在首家取得正式登记之日起6年内，经首家登记厂家同意，农药生产者可使用其原药资料和部分制剂资料；在首家取得正式登记之日起6年后，农药生产者可免交原药资料和部分制剂资料。
第十条生产者分装农药应当申请办理农药分装登记，分装农药的原包装农药必须是在我国已经登记过的。农药分装登记的申请，应当经农药生产者所在地省级农业行政主管部门所属的农药检定机构初审后，向农业部提出，由农药检定所对申请资料进行审查。经审查批准后，由农业部发给农药临时登记证，登记证有效期为一年，可随原包装厂家产品登记有效期续展。
农业部农药检定所应当自农药生产者交齐资料之日起三个月内组织完成分装登记评审。
第十一条经审查合格的农药登记申请，农业部应当在评审结束后10日内决定是否颁发农药临时登记证或农药正式登记证。
第十二条农药登记证、农药临时登记证和农药田间试验批准证书使用“中华人民共和国农业部农药审批专用章”。
第十三条农药生产者申请办理农药登记时可以申请使用农药商品名称。农药商品名称的命名应当规范，不得描述性过强，不得有误导作用。农药商品名称经农业部批准后由申请人专用。
第十四条农药临时登记证、农药登记证需续展的，应当在登记证有效期满前一个月提出续展登记申请。登记证有效期满后提出申请的，应当重新办理登记手续。
第十五条取得农药登记证或农药临时登记证的农药生产厂家因故关闭的，应当在企业关闭后一个月内向农业部农药检定所交回农药登记证或农药临时登记证。逾期不交的，由农业部宣布撤销登记。
第十六条如遇紧急需要，对某些未经登记的农药、某些已禁用或限用的农药，农业部可以与有关部门协商批准在一定范围、一定期限内使用和临时进口。
第十七条农药登记部门及其工作人员有责任为申请者提供的资料和样品保守技术秘密。
第十八条农业部定期发布农药登记公告。
第十九条农药生产者应当指定专业部门或人员负责农药登记工作。省级以上农业行政主管部门所属的农药检定机构应当对申请登记人员进行相应的业务指导。
第二十条进行农药登记试验（药效、残留、毒性、环境）应当提供有代表性的样品，并支付试验费。试验样品须经法定质量检测机构检测确认样品有效成分及其含量与标明值相符，方可进行试验。
（第三章）农药经营
第二十一条供销合作社的农业生产资料经营单位，植物保护站，土壤肥料站，农业、林业技术推广机构，森林病虫害防治机构，农药生产企业，以及国务院规定的其他单位可以经营农药。