由于企业组织形式不同，国家已经制定和颁布的相应法律、行政法规和国务院有关部门的规章，例如《公司法》《乡村集体所有制企业条例》《私营企业暂行条例》《农民股份合作企业暂行规定》等等，对不同企业形式和所有制形式，都分别规定了不同的设立企业的具体条件和具体程序，例如在公司的发起人或企业出资人数，最低注册资本金额，公司章程内容，出资的方式，设立的审批程序等方面，各有不同的要求和规定。此外，还考虑到国家准备制定合伙企业法、独资企业法以及股份合作企业法等法律，在这类法律中也会对设立的具体条件和具体程序作出相应的规定。鉴于以上的考虑，在乡镇企业法中不宜并且也不必要按照乡镇企业实际采用的各种企业形式加以具体规定，一方面造成同其他相关法律内容的重复，另一方面对合伙企业、股份合作制企业的具体规范，还需要进一步加以研究，有些问题马上在本法中确定下来也有一定困难。所以，乡镇企业法不去规定企业组织形式方面的规范，即不把其规定为企业组织法和市场主体法，而侧重规定鼓励扶持政策和企业行为规范的内容。
不论乡镇企业采取哪一种企业组织形式，都必须办理企业登记注册，领取企业营业执照。对此，国务院先后颁布了《企业法人登记管理条例》《公司登记管理条例》及《企业名称登记管理规定》等行政法规，乡镇企业法中即使不作有关企业登记程序的规定，发起设立乡镇企业的集体经济组织或者农民，在举办企业时，也都需要向工商行政管理机关申报企业注册，只有依法登记并领取了企业营业执照，该企业法人地位或者非法人的经济实体地位才合法确定和存在。因此，《乡镇企业法》第1款中直接规定乡镇企业向乡镇企业行政管理部门报请确定乡镇企业资格的前提，是已经依法办理了企业的设立登记手续。为了加强对乡镇企业资格的认定，凡是符合《乡镇企业法》第2条和第9条有关乡镇企业界定条件的，都应当按照管理权限的分工，向有管辖权的企业所在地的某一级乡镇企业行政管理部门登记备案。在进行这一登记备案时，乡镇企业行政管理部门应当同当地工商行政管理机关加强相互间的工作配合，本着方便、准确、高效的原则，既不马马虎虎，把本来不具备本法规定的乡镇企业条件的企业都划为乡镇企业，也不搞重复审查，而增加新设的乡镇企业的负担。对此，乡镇企业行政管理部门需要按照本条规定的原则，制定一些有关申报备案的具体管理办法，以规范备案工作。
在乡镇企业存续过程中或者停业、终止阶段，为了对发生重要事项变更或者关闭、解散等法定情形的企业确定其是否仍具有乡镇企业的资格，特要求乡镇企业在其改变企业名称、企业住所以及企业分立、合并、停业、终止时，在依法办理了相关的企业登记事项后，把变化了的情况向乡镇企业行政管理部门报请备案。
乡镇企业的登记事项发生重大变更或者因故停业、终止，按照工商登记管理的有关规定，必须在规定的期限内向工商行政管理机关办理相关的登记手续，例如：企业名称变更，企业法定地址（即企业住所）变更、企业分立（可以分为新设分立和派生分立）时采用派生分立的方式、企业合并（可以分为新设合并和吸收合并）时采用吸收合并的方式，都使企业的原登记项目发生变化，因此需要办理变更登记手续；又如：企业分立时采用新设分立的方式，或者企业合并时采用新设合并的方式，都相应地产生新的企业，因此需要就分立或合并的新设企业办理设立登记手续。再如：企业因故停业或者解散终止，企业不复存在了，那么就需要办理注销登记手续。
除了按上述所列要求办理相关的工商登记手续外，还必须将变化了的情况向乡镇企业行政管理部门备案。这一规定是为了使乡镇企业行政管理部门能够随时掌握原登记备案的乡镇企业的真实情况。这是因为，乡镇企业重大事项的变更，可能会造成乡镇企业资格的丧失，而乡镇企业关闭、解散，则标志该企业消失，不再享受对乡镇企业的优惠待遇，也不再承担法律规定的乡镇企业的义务。总之，依法如实地办理备案手续，是做好乡镇企业资格认定工作和提高乡镇企业行政管理水平的客观要求。各级乡镇企业行政管理部门要依法行政，对符合条件的乡镇企业要及时办理备案手续。对分立、合并、停业、终止等发生变更的乡镇企业也要及时核准备案，建立起规范完善的乡镇企业确认制度。
（第十二节）对乡镇企业的税收优惠
国家对符合下列条件之一的中小型乡镇企业，根据不同情况实行一定期限的税收优惠：①集体所有制乡镇企业开办初期经营确有困难的；②设立在少数民族地区、边远地区和贫困地区的；③从事粮食、饲料、肉类的加工、贮存、运销经营的；④国家产业政策规定。
（第十三节）《关于加强乡镇企业劳动保护工作的规定》
为保障乡镇企业职工的安全健康，防止职业危害，促进生产建设的发展，根据国家有关劳动保护法规的规定，特制定本规定。
本规定适用于一切乡镇企业（包括乡、镇、村办的企业，农民联营的合作企业，其他形式的合作企业和个体企业）。乡镇矿山企业的劳动保护，按照国务院有关规定执行。乡镇企业劳动保护工作，在各级人民政府的领导下，由企业主管部门管理，劳动部门负责监察和业务指导。乡镇企业必须认真贯彻执行国家和地方的劳动保护法规，贯彻“安全第一，预防为主”的方针，采取有效的技术措施和组织措施，防止伤亡事故和职业病。
乡镇企业的领导者对劳动保护工作应全面负责，执行“管生产必须管安全”的原则。企业实行的各种经营承包责任制，必须有劳动保护的内容。乡镇企业主管部门应建立安全管理机构或配备专职安全管理干部，管理乡镇企业的劳动保护工作。乡镇企业应根据生产需要，配备专职或兼职的安全管理人员。企业的车间、班组应有兼职安全员，协助行政领导做好劳动保护工作。
安全管理机构要贯彻执行劳动保护法规，组织研究改善劳动条件的措施，制订劳动保护管理办法、安全生产责任制和安全操作规程，组织安全生产检查，做好伤亡事故的统计、分析和报告工作。
乡镇企业安全管理人员应经常进行现场检查，督促企业及有关部门消除事故隐患，制止违章指挥和违章作业。遇有危及职工生命安全的险情时，有权先停止作业，再报告领导处理。
职工必须应严格遵守劳动保护法规和安全生产的各项规定。职工有权拒绝违章指挥；险情特别严重时，有权停止作业，采取紧急防范措施；对漠视职工安全健康的领导者，有权批评、检举、控告。
有易燃、易爆和尘毒危害作业的新建、乡镇企业，由建设单位提出申请书（包括产品种类、生产规模、生产工艺、初步设计、安全卫生设施和企业负责人等），经县主管部门、劳动部门和公安部门审批。安全卫生工程设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产。
乡镇企业劳动场所应符合以下要求：劳动场所布局合理，要有足够的采光、照明。在坑、壕、池、走台、升降口等处，应有安全设施和明显的安全标志。生产、试验、运输、贮存和使用易燃易爆物品，应符合国家法规和标准的要求，并设置防爆、防火的安全设施和有应急的措施。使用易挥发性有毒害物品和产生粉尘的劳动场所，应有良好的通风和防护设施。
各种设备的安全装置应齐全、有效，并建立检查、维修、保养制度。各种冲压、锯、刨等设备的危险部位及各种机械设备传动、转动装置的外露部分，必须有安全防护装置。电气设备和线路、锅炉、压力容器、起重机械、运输工具、物料输送设备，必须符合国家有关安全规定。报废的锅炉、压力容器严禁作承压设备使用。尘毒危害严重的乡镇企业，要结合技术改造，限期改善劳动条件。确实无法解决的，企业主管部门要采取关、停、并、转措施。乡镇企业在承接尘毒危害严重的产品加工或作业时，必须具备有效的安全卫生工程防护措施，保障职工的安全健康。没有取得锅炉、压力容器生产许可证的乡镇企业，不准制造锅炉、压力容器。锅炉安装，大型和三类压力容器的组装单位应经劳动部门批准。乡镇企业应筹集安全技术措施资金，用于安全卫生工程设施和改善劳动条件，并保证专款专用。乡镇企业必须为职工配备符合国家标准的防护用品用具，并教育工人正确使用。
乡镇企业及其主管部门和劳动部门应有计划、有组织地进行安全卫生教育与技术培训。乡镇企业主管部门和劳动部门应对企业的负责人进行安全技术教育和培训。乡镇企业必须经常对职工进行安全教育。对新进厂人员，应进行厂、车间、班组三级安全教育；职工变换工种时，必须进行相应的安全技术知识教育，经考核合格者，方准上岗位操作。对电气、起重、锅炉、焊接等特种作业的工人，必须进行专业训练，并经县以上（含县）劳动部门（或委托其主管部门）考核合格发证后，方准独立操作。
严禁乡镇企业招用未满16周岁的少年、儿童。对不满18周岁的未成年工和在妊娠、哺乳期的女职工，不得安排其从事有毒有害作业和繁重的体力劳动。
乡镇企业发生职工伤亡事故，要按国务院《工人职员伤亡事故报告规程》的规定执行。锅炉压力容器发生事故时，要按劳动人事部《锅炉压力容器事故报告办法》的规定执行。乡镇企业违反劳动保护法规时，要限期整改。逾期不改或造成重大伤亡事故的，劳动部门要给予处罚，直至提交工商管理部门吊销营业执照；触犯刑律的，移交司法部门依法惩处。
各省、自治区、直辖市、劳动部门和乡镇企业管理部门可根据本规定，制定具体实施办法。本规定由劳动人事部和农牧渔业部共同负责解释。