眼下，乡村自治的研究出现某些实质性的转机，一些有心人不再斤斤于村民选举及其程序，而把目光投到了乡村治理结构的转型上。不过，美中不足的是，大家所设计的方案基本上还是在原有的基层行政框架上打转，只是自治的重心落点有差异而已。其实，现在全国一盘棋式的基层县、乡镇、村的三级架构，本身就是近代以来国家政权极度扩张，最终实现动员性体制的结果，与自治的路径正好相反，是一种半军事化的基层结构。很难设想，如果不是为了动员的需要，在中国这样一个地区差异如此大的国度，各地农村生活状态、风俗文化、居住习惯、生产方式乃至地形地貌千差万别，却整齐划一地采用三级架构。实际上，中国农村的基层架构，一直到新中国成立，从来没有统一过。县以下既有我们常见的保、甲、乡镇，也有什么庄、都、图、社、约、堡、寨等名目。
实际上，历史留给乡村自治的是这样一种面目的基层政权，首先它们带有很浓的传统色彩，基本上属于任务导向的，也就是说，它只关心税收和秩序的问题，且行政效率低下，而结构相对臃肿（主要指县级政权，虽然正式官员不多，但书吏往往会有膨胀，至于衙役常常超过限额数倍乃至十数倍）。而且，我们知道，传统政权关心的重心在秩序的稳定，而且自知其效率的低下，所以一般不介入经济活动参与经营。但是，我们现在的基层政权，不仅承担着传统政府类似的事务，而且还要负有领导当地经济发展的职责。结果，一方面“排脑袋”式的“首长工程”在乡镇甚至村庄遍地开花，造成大多数乡镇陷入了足以令它们破产的债务危机。而且，政府机构自身福利过分地依赖“创收”，本身已经使政府行为趋向牟利化。各种“富民工程”之所以毫无效益地一个接一个地推开，跟干部们借此牟利的强烈动机有关，不折腾点事出来，就不好捞钱，就像《红楼梦》里的贾府一样，只有大兴土木建园子，各色人等有了差事，才有机会，尽管“庙”要破产，但里面的方丈和某些和尚却因此而富了起来。
个中的逻辑也很简单，既然鼓励政府自己创收，那么就没有理由阻止官员为自己牟利。另一方面，刚刚从行政体系中剥离出来的半行政机构，诸如电力、电信、保险等等部门，理直气壮地走向牟利化，垄断性和强制性地向农民榨取高额利润，它们的行为往往又和基层政府行为搅在一起，强化了本来就已经政府行为的牟利趋向。也就是说，我们现在的基层政府，已经成为具有传统特色的牟利机构。
其次，我们的基层结构，仍然带有过去动员体制的色彩。不仅治理架构是划一的半军事化的残余，而且基本的政治运作方式也还是“运动”，只不过，过去运动是喊口号整人，现在运动是喊口号整钱。
不言而喻，在这样一种基层政权的架构里，留给民间的空间实在是太小了。目前进行的村民选举，即使都能按民主程序进行，也能选出符合村民意愿的村民委员会，实际上仍然难以实现自治。一方面，以任务导向的政府在面对各种上面下来的刚性任务，必须刚性地执行，根本不允许村级架构有任何的讨价还价的余地。另一方面，政府和半政府部门的盈利需要也必须满足，否则它们就无法生存。不用说，在这两条刚性的管道面前，村委会连谈判的可能都没有多少，更何况自治。况且，我们现在的行政村并非自然形成的结构，村委会也不是村民自愿结成的组织。我在调查中发现，凡是在农民自发组成的乡社组织中，农民中产生的负责人往往都很有责任感，较少腐败行为。而村干部则不然，即使参加村民委员会竞选的村民，抱有借此牟利动机的也不在少数（显然，这符合农民传统的思维，当官为了发财）。由于政府组织和非政府组织的性质不同，厕身其间的农民对它们的期待也不同。
因此，乡村自治比较适宜的出路，在我看来只能是乡镇政权的退出，取消乡镇一级的行政架构，各地农村按照自己的情况，因地制宜地实现自治。如果村已经形成了自治能力，村民委员会和党组织已经成为具有经营和对外谈判能力的村民组织核心，那么不妨依旧架构自治。已经被大公司吞噬的村庄，可以按公司模式自治，而更多的村庄，则可以利用村社的自组织结构，形成各种面目各种形式的村社联合体。这种联合体，实际上就是秦晖先生所说的“小共同体”。村社联合体形成之后，由联合体出面与国家政权（县级）和外面的公共事业的大公司达成契约，在税收、司法、计划生育以及各种有偿的公共产品的供给方面实行团体负责制，避免国家政权与单个的农民交易这种尴尬的局面。这种县以下的乡村共同体，可以根据各地的具体情况形成各种规模。随着给予农民“国民待遇”，大量农民进入中心城市，那么很多村庄可以合并，剩下的小的可以比村还小，大的可以相当大，甚至在有些地方，只要条件成熟，都可以组成一个农民的城市，只要它具备了相应的经济含量和人口，到了那时，农民也就转化为市民了。农民的自治市，也许可以为中国的城市化提供一条新路，显然，它与我们前阶段人为的至上而下的小城镇建设是有本质不同的。
对于这种方案，最大的问题也许就是在农村中原有的组织资源遭到严重破坏的今天，农村还能否产生自发的乡社组织，会不会导致黑恶势力抬头，导致农村社会恶化？对于第一个疑问，我认为答案是明确的，尽管现在农村的自组织资源已经遭到了摧毁性的破坏，已经不存在原来意义上的乡绅，从前的宗族、祭祀、娱乐和互助性的村社组织基本上都被取缔了。但是，这并不意味着农民就不能组织起来了，实际上，现在学者所观察到的农民“原子化”的现象，并不是农民自己乐意的结果，我们长期的政治高压和空洞化的道德诉求无疑要对此负责任。其实，对于农民而言，组织化（不是那种动员体制的组织）是他们的一种基本的需求，在解放前，农村中实际存在着各种各样的乡社团体，不仅有各种松散的花会、香会、社火会，还有各种名目的社以及武术和自卫团体，更有各种宗教和半宗教团体，它们的存在，实际上是反映了农民的某种生存需要，而且，这些组织绝大多数并不是乡绅主导的。今天，随着改革的进程，我们看到，农村中民间的组织又有死灰复燃的迹象，现在农村的民间组织大体上有三种，一是原有乡社团体，如花会、香会和庙会、宗族团体等等的再次复兴，其中有的组织凝聚力相当强，已经开始为成员提供某些公共产品。二是新兴的农村非政府组织，即NGO，农民自己组织的生产经营组织。三是各种宗教组织，有民间宗教也有基督教团体，其中有合法与半合法的，也有所谓的天主教地下教会组织和非法的宗教组织。一般来说，国家对于这三种组织，除了现代性的NGO还能限制性地予以认可之外，其他的两种，基本上取遏制态度，至少是不乐意为它们民政登记。
至于后一个问题，毫无疑问，凡是政府认定的非法组织，政府都可以取缔，对于组织中出现的黑恶势力的苗头，当然也必须予以打击，但是，社会秩序的维护不能还沿袭过去组织控制的思路，应该切实走上法制化的轨道。其实，不仅仅对那些非法组织，就算是对社会无害的民间组织，也要依法管理，只是用不着事事都操控在自己手里。更不要将所有的宗教组织都视为洪水猛兽，其实就算是基督教（包括天主教）组织，也并不具备与政府对抗的意识，甚至连这种意图都没有，这些组织的发展，客观地说，对社会治理只有好处。
在农村外部的力量，包括关心三农问题的学人们，最需要做的，就是帮助农民恢复组织能力，提高他们的管理水平，输入外部的信息，建立相应的管道。也就是说，我们最应该做的是帮助乡村重建，再一次做当年米氏父子、晏阳初和梁漱溟做过的事情。
当然，最关键的是在当前的农村中，依然存在着自组织的积极性和自组织的能力，过去的乡绅虽然不可能重现，但乡村中却不缺乏能人，尤其不缺乏组织民间组织的人。只要农村的环境足够宽松，乡村的民间组织自然而然地就会发展起来，而那些出外打工者中的精英，包括一部分大城市难以消化的大中专学生，至少有一部分会转回来发展，形成新的“乡绅”。