亚里士多德明确地把第一哲学的对象归结为“是者”，这标志着哲学思维的一大突破，亚里士多德之前的哲学缺乏统一的研究对象。他在前人所研究的众多对象中，选择了“是者”作为其他研究对象的聚集点。他的选择的理论基础一是对“是”动词极为普遍的用法的逻辑分析，二是前人对“是者”的哲学意义所做的深入探讨。亚里士多德成功地把形式逻辑和哲学史结合起来。用“是者”概括了诸如“本原”、“存在”、“本质”、“一与多”、“不变与变”、“善”、“真理”等等研究对象。哲学自从围绕着这样一个统一的对象之后，便可展开多层次、全方位的系统性研究。在此意义上，说形而上学使哲学成为科学并不是夸张之辞。
系词“是”的逻辑功能
亚里士多德的形而上学的秘密在逻辑学。要理解“是者”的哲学意义，我们首先必须了解，在亚里士多德创立的逻辑体系中，系词“是”具有何等重要的逻辑功能。概括地说，“是”的逻辑功能有下列三个：
（1）判断的联结词
直称判断是最简单、最基本的判断，其形式是“s是P”。s是主词P是谓词，需要系词“是”的联结才能成为判断。
（2）指称主词自身
“s是”在希腊文中是一个完整的句子，表示主词s是自身。现代西文也有这样的用法，如在英语里，说“Sis”的意思是“There isS”。在这样的用法里，“是”的用法不是联结主词和谓词；即使S没有任何谓词，“是”也可以指称S自身。
（3）表示被定义的概念与定义的等同
定义的形式是“s是Df”。定义与判断不同，判断的谓词表述主词，被表述的词与表述词的位置不能互换，如判断“花是红的”的意思不能反过来说“红的是花”。但被定义的词与定义的位置却可以互换而意义不变，如“人是有理性的动物”与“有理性的动物是人”的意义是等值的。这是因为，“是”在这里表示的是等同关系。
“是者”的实体意义
与系词“是”的上述三种逻辑功能相对应，“是者”的哲学意义也有三种。简单地说，“是者”的哲学意义是“实体”，而“实体”的每一种意义都可以通过对系词“是”的逻辑功能的分析而得到。
（1）实体与属性
亚里士多德说：“我们可以在很多意义上说一件东西是，但一切是者都与一个中心点有关系，这个中心点是确定的东西，它毫无歧义地被说成为实体。”从概念的意义上说，“是者”既不是单义词，也不是歧义词；它所表示的众多意义都与一个中心意义相关，这个意义就是“实体”。
为什么说“是者”的中心意义是实体呢？亚里士多德紧紧抓住系词“是”联结判断的主词和谓词的用法，揭示实体的意义。按照他的逻辑区分，主词和谓词分属两类逻辑范畴：主词所属的范畴是“实体”，谓词所属的范畴是属性。他把范畴数量归纳为十个：除“实体”之外，其他九个分别是实体的“数量”、“性质”、“关系”、“位置”、“时间”、“姿势”、“状态”、“活动”和“受动”。只有实体可以充当主词，其他九个范畴都是用来表述主词的谓词。比如说。“一个人（实体）是五尺高的（数量）”，“他是有能力的（性质）”，“他是父亲（关系）”，“他昨天是在学校（位置和时间）”，“他是戴帽的（状态）”，“他是站着的（活动）”。“他是被撞着的（受动）”。亚里士多德说：
只是由于实体这个范畴，其他任何范畴才能“是”；实体必定是首要的，即，非限定意义上的、无条件的“是者”。
实体与属性类范畴的主次关系可以从“S是P”的判断形式看出。s和P有先后之别s在先，P在后。这一逻辑区别的哲学意义是：实体是先是的东西，属性是后是的东西。亚里士多德说：“实体在定义上、认识顺序上、时间上都在先。”“定义上优先”指实体是本质，而属性是偶性，“是者”的定义首先必须包括关于实体的定义；“认识顺序上优先”指认识“是者”的认识过程首先是指出它是某一个东西，然后进一步认识这个东西有什么属性；“时间上优先”指“是者”表示的存在首先是实体，其次才是依赖于实体而存在的属性。
亚里士多德说：
某些东西，我们说它们是，是因为它们是实体，另一些东西则因为它们是实体的属性，还有一些东西则因为它们是趋于实体的过程、实体的毁灭、缺乏、性质，或者是实体的产生。生成，或者是实体的相关者，或者是所有这些东西以及实体自身的否定。正因为这个道理，我们说，即使非是者也是什么都不是的东西。
在这里，亚里士多德说明了多种多样的属性都因围绕着实体这个中心而有意义。就实体和属性的关系而言，实体是独立存在，不依赖其他东西而存在；属性必须依附于实体才能存在，因此，属性虽然也是一个东西，但却是依附于另一个“是者”，任何属性都是实体的属性。在此意义上，“是者”的中心意义是实体。
（2）第一实体与第二实体
判断的主词再可被分为两种：第一，有些主词只能作为主词来使用；第二，有些主词也可以用作谓词。试比较“人是会死的”和“苏格拉底是人”，“人”是第一个判断的主词和第二个判断的谓词；而“苏格拉底”却只能作为主词。这两类主词实际上是通名和专名的区别：通名指示种和属，专名指示个别事物。亚里士多德在《范畴篇》中明确地说：
实体在最真实、最原初和最确切的意义上说，是既不表述，也不依存于一个主体的东西，例如，个别的人或马。在第二性意义上所说的实体，指的是涵盖第一实体的属，以及涵盖属的种。例如，个别的人被涵盖于“人”这个属之中，而“人”又被“动物”这个种所涵盖，因此，“人”和“动物”被称作第二实体。
这段话肯定了个体事物是第一实体，而种和属是第二实体。
作为主词的专名的逻辑形式是“S是自身”。这样的判断没有谓词，系词“是”的作用是指称主词，好比指着一个事物，说它就是“这一个”（tode fi/that it is）。所有专名的意义都是“这一个”。亚里士多德在《形而上学》中说，“这一个”是第一实体。值得注意的是，希腊文中并没有“存在”这个概念。亚里士多德用“这一个”表示“是者”指称的个别事物的存在。
（3）第一实体与定义
除了《范畴篇》和《形而上学》中关于个别事物是第一实体的论断之外，《形而上学》的z、H两卷又提出了形式或本质是第一实体的讨论。希腊文中没有“本质”这一概念，亚里士多德用来表示本质的术语是“其所是”（tiestin/what it is），也可意译为“本质”（essense）。亚里士多德说：
定义是其所是的表达，其所是在完全的、首要的和无条件的意义上被归诸实体。
“s是Df”是定义的逻辑形式，其中的“是”，表达出主词与定义之间的等同关系。如果被定义的主词是一个实体，那么定义表达的本质就是实体本身。就是说，第一实体是本质，正如亚里士多德所声称的那样：“形式和本质是第一实体。”
两种关于第一实体的理论
我们看到，亚里士多德在不同的场合谈到第一实体的不同意义。他有时说第一实体是个别事物，有时说第一实体是形式。这两种说法是否矛盾呢？首先应该肯定的是，这里没有逻辑矛盾。按照我们的分析，这两种说法有不同的逻辑根据，分别与“s是自身”和“s是Df”这两种逻辑形式相对应。既然这两种逻辑形式不是矛盾的，而是并行不悖的，我们也不能说由此而产生的两种关于第一实体的理论是逻辑矛盾。
但不容否定的是，这里确有矛盾。我们应该理解，本质（“其所是”）、定义和形式对于亚里士多德是同义词，如他所说：“本质和形式是等同的”；并且，他所说的“形式”与柏拉图所说的“理念”或“型相”在希腊文中是同一个词eidos，表示普遍性。这样就产生了一个问题：如果第一实体是“这一个”，那么它就是个别事物；如果第一实体是“其所是”，那么它就是普遍的形式；第一实体到底是个别的还是普遍的？
再者，“这一个”所指称的不是任何属性，而是事物的存在，而“其所是”表示的不是个别的存在，而是本质属性。这样又会产生这样一个问题：第一实体到底是事物的存在还是本质呢？
亚里士多德看到了他的第一实体的理论有矛盾或不一致之处。他试图调和实体的个别性和普遍性、存在和本质之间的对立，探讨所谓的实体的个别化原则的问题。他试图把本质个别化，把个别化的本质作为第一实体。但是，在亚里士多德的体系中，本质是不能被个别化的；因为本质由定义表达，而根据他的逻辑后义的一般形式是“种+属差”，任何定义必然是普遍的，而不能是关于个别事物的定义。如果一定要为个别事物下定义的话，那也只能是现代意义上的直指定义，即指着一事物，说它是“这一个”。这样一来，又回到了第一实体是个别事物的立场，仍无法与第一实体是本质的立场相调和。
亚里士多德的实体理论对后世有着难以估量的巨大影响。由于他的第一实体的理论一开始就包含着矛盾，后世的形而上学始终存在着普遍主义与个体主义、本质主义与存在主义之间的不同倾向，中世纪的实在论与唯名论的争论也与之有关。
神学
亚里士多德关于神的概念有三层意思：第一，不动的推动者或第一推动者；第二，纯形式或纯活动；第三，纯思想或思想的思想。关于第三点，他论辩说，神既然不包含任何质料和潜在，便不可能有任何形体，只能是纯粹的思想。但纯思想不能有任何外在对象，否则它将追求一个外在的目的。因此，神是一个思想实体，永恒地思想自身，神的活动是思想活动。至于神对自身的思想活动何以能够成为引起物理实体运动的推动力，这是一个谜。
“神”实际上是形而上学的最高原则和首要原因的代名词，是为了解释可感的物理实体的合理性而做出的理论设定。亚里士多德之所以称之为神，是为了强调最高实体依然是个别实体。他所谓的神不是有人格、创世的神，不是对之顶礼膜拜的宗教对象。对他来说，对神的崇拜是纯思辨活动，是智慧和幸福的顶点。研究神学是哲学的最高境界，不包括实用或实践的动机与利益。他还明确地说，人与神之间无友谊可言，因为神不会报答人对他的爱，人也不能用爱的情感去对待神。总的来说，亚里士多德关于神的观念继承了希腊哲学的理神论传统，没有陷入神人同形同性论的案臼。然而，另一方面，他把形而上学归结为神学，把最高的哲学原则或最高实体冠以“神”的名称，在物理领域之外设立了一个超自然的神圣领域，为形而上学与各种宗教（基督教、伊斯兰教、犹太教）的神学的同盟开辟了道路。
（第四节）灵魂学说
亚里士多德把灵魂当作一种特殊的运动的原则，即有生命的事物运动的原因。在此意义上，对灵魂的研究属于自然哲学。另一方面，他的灵魂学说始终贯穿着形而上学的基本原则，灵魂被当作一种特殊的形式，对它的研究属于实体学说。另外，他的灵魂学说包含着认识论。这样，他把自然哲学、形而上学和认识论熔铸在灵魂学说之中。
灵魂的性质
《论灵魂》批判地吸收了前人的思想。亚里士多德说，调和前人关于灵魂的思想是为了“得益于他们好的意见，避免他们的错误”。他批评了两种倾向：第一种是倾向于把灵魂当作独立的运动实体的柏拉图观点，第二种是把灵魂和身体看成两个分离的实体的二元论观点。关于第一种倾向，他说，灵魂必须有一个宿主，灵魂的活动是宿主的活动；因此，感情和知觉等活动不仅仅是灵魂自身的活动，正如我们不能说编织和建筑只是灵魂的活动一样。正确的说法应该是，人以他的灵魂感受、学习和理解。关于第二种观点，他说，如果灵魂和身体是两个独立实体，那么很难解释两者在本性上的适合，正如木匠不能以笛子为工具一样，灵魂不能以任何一种形体为工具，灵魂与身体之间的内在、必然的联系不能被归结为实体之间的外在关系。
按照亚里士多德的实体观，事物在宇宙中被排列为由低到高的等级，有生命的事物比无生命的事物更高级。灵魂只存在于有生命的事物之中，无生命的事物没有灵魂。这种看法在某种程度上克服了古代流行的“万物有灵论”。他给灵魂下的定义是：“潜在地具有生命的自然形体的形式”，“所谓生命，指靠自身摄取营养和生长（以及相应的朽灭）”。
亚里士多德强调，灵魂是生命的现实性原则。按照他的定义，生命是靠自身摄取营养和生灭变化的运动过程。和一切运动过程一样，生命有潜能和现实两个方面，潜能即身体的潜在能力，灵魂使身体的潜能转变为现实的生命活动。更确切地说，灵魂在身体内部推动生命活动，是身体生灭和运动的原因。这种原因是自因和内因，与从外部推动无生命的事物做位移运动的推动力不同。
灵魂的功能和类别
一切有生命的实体都有灵魂。有生命的实体分植物、动物和人三大类，灵魂也相应地分成植物灵魂、动物灵魂和人类灵魂。植物灵魂的功能是消化繁殖，这是生命活动最普遍的特征。动物灵魂除了具有植物灵魂的功能之外，还执行着感觉、欲望和位移的功能。感性活动是动物的最普遍的特征，因此，动物灵魂也被称作感性灵魂。人类灵魂除了具有植物灵魂和动物灵魂的功能之外，还有理性思维的特殊功能，因此又被称作理性灵魂。
不难看出，植物灵魂、动物灵魂和人类灵魂在逻辑上按照种和属的顺序排列，在事实上则被排列为由低到高的等级。植物灵魂是灵魂的最普遍的种，包含在一切灵魂的定义之中。动物灵魂是植物灵魂的属，它的定义由植物灵魂（种）和感性功能（属差）构成。人类灵魂是动物灵魂的属，它的定义由动物灵魂（种）和理性功能（属差）构成。因此，亚里士多德做了一个著名定义：人是有理性的动物。