由于中国古代历朝大都实行错误的海洋政策，使中国的海上力量极度萎缩，海军建设日渐落伍，清军水师倚之御敌的仅有窳劣不堪远航的旧式木质帆缆小船，很难在海上与强敌交锋。鉴于中西海上力量的悬殊差距，广东前线的清军将领关天培不得不放弃虚应故事式的出海巡逻行动，把精力放在经营虎门海口要塞上。他在控扼珠江人海口的虎门两岸修筑多座炮台，配以原始前装火炮，设置拦江木排和铁链，以分段逐次防堵的战法拦阻敌舰内驶。但虎门炮台仅以正面墙垛掩蔽火炮和兵丁，火炮配置上又单纯追求远程炮（即使如此，两岸炮台的火炮射程仍无法相交于主航道，留下一段炮火空白区，听任敌舰行驶），缺少用于炮台自身防护的近程火炮，火炮多设于正面，炮台侧后缺少沟壕和其他工事。所以外国侵略者可以把战舰驶到距离炮台很近的炮火盲区摧毁炮台，又可以派登陆小船运载步兵上岸，从侧后攻击炮台。正如一个外国人在观察虎门诸炮台后所评论的那样：虎门“炮台都是裸露式的.没有一个能抵挡得住一只大炮舰的火力，或可以抵挡在岸上与舰炮配合的突击队的袭击。突击队总是从他们炮火不能及的侧后或后方找到最佳据点来袭击它们”（《鸦片战争资料选译》第70页）。鸦片战争后期，清军将领在炮台附近加修了沙袋炮台和隐蔽炮台，以解决后路空虚的老问题，但实际效果并不理想。在浙江海口，清军直到第“次定海失陷后，才在新任两江总督裕谦等人主持下，根据定海城三面环山、一面临海的特点，重点在县城以南的濒海地区修筑炮城和以制高点为支撑，以土城相连的海防工事。在镇海夹甬江两岸筑多座炮台，在江上密钉木桩，部署火攻船（其中有新发明的车轮船），与岸上炮台相辅相依。其海防工程在式样和质量上已接近虎门要塞的水平，某些方面甚至还超过了虎门要塞。但英军在较短时间内就攻陷虎门、定海和镇海的事实，说明当时清军海防思想仍然是极为落后的。这主要表现在：其一，清军将帅普遍抱着“陆战谋胜”的错误想法，忽视海陆协防的重要性，误以为英军善海战而不善陆战，“彼之所恃只在船坚炮利，若赴大洋与之交锋，总应相度机宜。须得确有把握，方无虚发。一至岸上，则该夷无它技能，且其浑身裹缠，腰腿僵硬，一仆不能复起。不独一兵可以手刃数夷，即乡村平民亦尽足以制其死命”，因此清军可以利用崇山峻岭的复杂地形轻易战胜侵略者。抱着这一认识，清军把备战财力和物力都集中在修炮台、造大炮上面。对此，林则徐等有识之士持强烈反对态度。他们认为“舍水而专陆”的海防方针必然导致清军在战略上的被动，“逆船倏南倏北，来去自如，我则枝枝节节而防之，濒海大小口门不啻累万，防之可胜防乎？果能亟筹船炮，速募水军，得敢死之士而用之，彼北亦北，彼南亦南，其费虽若甚繁，实比陆路分屯，远途征调所省为多。若誓不与之水上交锋，是彼进可战，而退不必守，诚有得无失者矣？”其二，实行分兵把口，而非重点设防。清前期历史上海防的首要目标是对付海盗的袭扰和防止走私，从而形成了分兵把口的海防兵力布局。但在鸦片战争中，清军所遇到的是富有近代战争经验的英国军队，此时将有限的兵力分布于漫长的海岸线上，而不是正确判断敌人的主攻方向，“守其所必攻”，则不免处处空虚，总是以劣势兵力对敌，每一地的兵力都形不成很强的战斗力。其三，只重视正面一线防御，忽略侧后防御。比如在定海和镇海，清军都摆出了典型的正面一线筑了工事，派了部分兵力守卫，却没有筑炮台，安大炮。位于镇海阵地侧后的大片海岸滩涂，清军也几乎没有设防，指望以这一天然障碍阻挡英军进攻。事实上，英军在第二次入侵定海和进攻镇海时，都是从清军不设防或防御兵力薄弱的侧后发起攻击，并很快取得进展，将清朝守军一举击溃的。
鸦片战争后，爱国志士魏源某干破敌手段的考虑，提出了“守外洋不如守海口，守海口不如守内河”的亲战略方针，主张将敌舰诱人内河，使其运棹不灵以痛歼之。实际上是根据清军武备状况调整了海口防堵的战略。但值得指出的是，在林则徐、魏源等人着来，这一新的海防战略仅仅是解决现实困难的权宜之计。从根本上说，巩固海防舍积极发展近代海军之外别无他途。所以，他们更强调的是“战船火炮乃武备必需之物”（《海国图志》卷1），“有船有炮，水军主之，往来海中，追奔逐北，彼所能往者，我亦能往”。“有大帮水军追逐于巨浸之中，彼敢舍船而扰陆路，占之城垣，吾不信也”。可惜，这些对中国海防战略的真知卓见，并不为清朝皇帝和当政权要所采纳。他们眼见清军无法在海口抗击敌人，遂主张或“诱敌登岸，空城居之”，或“谕滨海居民，悉迁入距海十里或二十里之内。我之大炮鸟枪，亦退设于深港较远七八里之外”，企图改水师为陆师，变“御诸外洋”为“专防内地”。这种绝口不谈发展海军，将现实海防斗争策略与长远海防发展战略混同起来的做法，实际上无异于把祖国的万里海疆拱手相送。左宗棠后来在描写这一情形时说：“自海上用兵以来，泰西各国火轮兵船直达天津，藩篱竟成虚设，星驰飙举，无足当之”（《洋务运动》第5册，第5页），中国的海上防线已不复存在。
清廷对“专防内地”战略方针的修改，是迟至20多年之后的事。1873年，受聘于江南制造局译书馆的中国翻译家华蘅芳与外国传教士傅兰雅合作，以最快的速度译出并印行了普鲁士武官希里哈的《防海新论》。该书是中国近代第一部全面介绍西方海防思想的理论著作，深得关心海防的清朝官员们的青睐。李鸿章认为其书”所论极为精切”（《洋务运动》第1册，第42页）。一些督抚言官也将其视为洋务用兵的必读书，每每筹划海防，议论战守时交相征引。该书所介绍的在本国海口重点防守的思想虽然在欧洲已被海上强国所放弃，却给晚清海防战略由“专防内地”型向“海口重点设防”型的转变提供了重要的理论依据。
1873年，丁日昌在创办近代海军的呼声中，将其在江苏巡抚任内拟定的《海洋水师章程》六条呈递清廷，建议创设北洋、东洋和南洋3支海军，以期“三洋联为一气”，“意在整饬海防，力求实际”同时，清廷内部及滨江沿海各省督抚将军们受日本侵台事件的刺激，也展开了一场筹议海防的大讨论。在讨论中，力主建立近代海军的李鸿章等人实际上已经抛弃了原来“防海不如防陆”的错误观念，认识到“陆路之兵团宜益加训练，外海水师尤当益事求精；各口岸固须设防，然非有海洋重兵可迎剿可截击可尾追，彼即可随处登岸，使我有防不胜防之苦”，但根本目的还是“要口设防，不效从前零星散漫，即所谓兵法致人而不致于人之意”（《海防要览》卷上）。
在海口重点设防战略的指导下，清军炮台的防护能力有了全面提高。旧式钢浇铁铸的前装滑膛炮多被淘汰，换上了从外国购买的新式开花大炮，射程、摧毁能力和发射速度大为增加，可以在敌舰未逼近炮台时迎头痛击。在海口抗敌手段上，普遍采取依靠兵舰、炮台、水雷、障碍物共同抗敌的战法。中法战争中的清军炮台也存在着许多弊病，比如大炮不能回旋射击，各炮位间隔密度小，海口尚未要塞化，各炮台间缺乏有效的火力支援等。而从19世纪80年代开始，仿德国最新式样设计的威海、旅顺要塞，则进一步克服了这些弊病，超越了西方筑城史上的裸露式炮台、棱堡式炮台阶段，向全面防卫的要塞区方向发展。这两座要塞由防御海上和陆地方向的一系列炮台群组成。如旅顺要塞除面向大海的海防炮台外，还依山势，在后路的案子山、松树山、二龙山、台北、鸡寇山等处筑有半永久性炮台，夹金旅大道用胸墙连结成两大堡垒群，总计海陆炮台达20余座，配置大小炮数百门。炮台内部建有各种有分隔的地下弹药提升装置，配有大口径远程巨炮、升降自如的地阱炮和高射速的机关炮。炮台部置合理，可以相互依托，形成密集的交叉火力。日本人说它“联络贯通，首尾相援，恰如常山蛇势”，“称其为东洋无双险要，决非夸言也”（《日清陆战史》卷6，第255页）。威海要塞也是炮台林立，甲午战争爆发后，又加修了沟场长墙，埋设地雷，以防敌人从后路进攻，加上海口设置多重水雷防材，又有舰艇“在炮台炮线水雷之界，与炮台合力抵御，相机雕剿，免敌船驶进口内”（《清光绪朝中日交涉史料》卷28，第25页），称得上是壁垒森严。
但从战略上说，海口重点设防并不能指导中国军队有效地抗击西方侵略者。这是因为，海口重点设防论者在方法论上与“专防内地”论者犯了同样的错误，以急功近利的措施替代对中国海防前景的深切思考，以头痛医头、脚痛医脚的应急性做法代替长远的海防发展战略。李鸿章说：“中国兵船甚少，岂能往堵敌国海口？上策因办不到，欲求自守，亦非易言。自奉天至广东，沿海延袤万里，口岸林立，若必处处宿以重兵，所费浩繁，力既不给，势必大溃。惟有分别缓急，择尤为紧要之处，如直隶之大沽、北塘、山海关一带，系京畿门户，是为至要；江苏吴淞至江阴一带，系长江门户，是为次要。盖京畿为天下根本，长江为财赋奥区，但能守此最重要、次要地方，其余各省海口边境略为布置，即有挫失，于大局尚无甚碍。”（《清末海军史料》第107页）海口重点设防的思想严重地影响了中国近代海军的发展。清廷建设和发展海军的目的并不是建立一支强大的海上力量，歼敌于海上，只是为了增强海口防御的稳定性和军队的机动能力。例如主管海防的重要官员礼亲王世铎对当时威力最强大的战舰——铁甲船就远不如对水炮台那样热心，而认为“洋枪、洋炮、水雷等项亟须购办”，“惟铁甲船一项，船质笨重，不能人口收泊”，应俟购到察看，“如利实用，再行续买”（《洋务运动》第1册，第119页）。“三洋海军”的首倡者丁日昌也透露，他建议设“三洋”海军的目的就是打算克服旧式水师处处设防，却不能相互接应的落后局面，使“海滨有长城之势，而寇盗不为窥视”（《抚吴公赎》卷25）。两江总督沈葆桢同样“以为非得外海一大支水师，江防虽极力补苴，究竟防不胜防，毫无把握”（《沈文肃公政书》卷7）。
从以上的叙述可以看出，晚清海防战略的根基是深植于陆岸土地之上的。李鸿章对此并不隐讳。他说外敌“从海道内犯，自须亟练水师。惟各国皆系岛夷，以水为家，船炮精练已久，非中国水师所能骤及。中土陆多于水，仍以陆军为立国根基。若陆军训练得力，敌兵登岸后，尚可鏖战。炮台布置得法，敌船进口时，尚可据守”（《李文忠公全书·奏稿》卷24）。他苦心经营的北洋舰队，曾经是亚洲第一大舰队，其中的“定远”、“镇远”两铁甲船曾使日本人十分恐惧，以为海上争锋的优势已被中国占据。但李鸿章自己却只把北洋舰队看成“建威消萌”的威慑武器，看成是守卫海口的重要力量。他说：“中国即不以穷兵海外之计，但期战守可恃，藩篱可固，亦必有铁甲船数只游弋大洋，始足以遮护南北各口，而建威消萌，为国家立不拔之基”（《洋务运动》第2册，第421页）所以，北洋舰队自1888年成军以后，未添任何新船新炮，在西方海军技术飞速发展的形势下迅速落伍，其实力也弱于后起之秀的日本海军。但这一切都没有引起清朝君臣的警觉和忧虑。在甲午战争爆发前不久，李鸿章给清廷的奏折中犹沾沾自喜地说“综核海军战备，尚能日异月新，目前限于饷力，未能扩充，但就渤海门户而论，已有深固不摇之势”（《李文忠公全书·奏稿》卷72）。