覆土后菌丝不能向覆土层生长，其原因在于：覆土层水分过多或调水过多过急，水分透过覆土层进入培养料内，料面菌丝萎缩或死亡，造成菌丝迟迟不上土；覆土层含水量不足；覆土酸性过强或碱性过强；覆土被污染或含盐分过多，或者消毒时用药不当等也会使菌丝不爬土；覆土层氨气含量过高也会使菌丝不上土。
如果是调水过多过急，与覆土接触的培养料变黑，此时可停水、打扦加强通风，使菌丝恢复生长。如果覆土材料偏酸可用石灰清水进行调节，如果偏碱可适当喷酸性溶液进行中和。如果氨气含量过高，必须排除氨气或换土。覆土应选择未被污染的生土，覆土消毒后要使药味散发后再进行覆土。