菌床覆土时间根据菌丝生长程度、自然气候、菇房条件灵活掌握。一般来说，当菌丝即将长满培养料时就要开始覆土，约在播种后20天左右。
覆土材料应该具有良好的团粒结构，具有良好的持水性、透气性和酸碱度，不会玷污子实体，而且不会因反复喷水、干燥而破坏团粒结构。国内多采用砂壤土、河泥土等，国外多采用泥炭作为覆土材料。
为了恰当解决保湿和通气的关系，覆土一般分为粗土和细土两种。制作粗细土时，要求粗土土质为壤土偏沙，结构疏松，毛细孔多，有良好的吸水性和持水性，其直径在2～2.5厘米，如蚕豆粒大小；要求细土土质为壤土偏黏，结构较紧密，喷水后不松散，土层不板结，不影响土层通气性，其直径在0.5～1厘米，约为黄豆粒大小。
具体操作时，先挖去菜园、稻田、麦田或豆科作物的田地表层约15厘米左右的耕作土，取其下的砂壤土（作粗土）和黏壤土（作细土），先暴晒至半干，以去除土内所含的大量的二价铁离子及其他还原性物质，同时改善土粒结构，减少病虫害。将晒好的土壤按要求分别加工成粗土或细土。与此同时应将土中夹带的石块、杂物捡出，还要把碎土、泥粉筛除干净，避免混入正常土粒而影响土层通气性，阻塞覆土层土粒间的孔隙。制作土粒时一定要按规格筛选，粗、细土都不可过大或过小。每平方米菌床需粗土25～35千克，细土18～22.5千克，每100平方米需制备土粒3～4 立方米，其中粗土为2／3，细土为1／3。土粒制好后，掺入1％～2％的石灰粉，贮存于干燥通风处，防止受潮孳生杂菌。
覆土前先平整床面，将表层菌丝拉断，以增强菌丝活力。覆土前必须彻底检查是否有潜伏的杂菌和害虫，尤其是绿霉菌和螨类。一旦发现，必须采取措施，消灭在覆土之前，否则土层变成了一层保护层，难以彻底消灭，将遗祸无穷。覆土前一般不喷水，若料面太干可轻喷施0.5％石灰水，使料面湿润，但要等料面稍干后再进行覆土。
覆土时先覆粗土，后覆细土。先覆一层粗土，厚2～2.5厘米，土粒摆平排紧，均匀不重叠，并用中粒土填补粗土缝隙，防止调水时水流入料内而伤害菌丝。粗土覆盖后通风半天即可调水。掌握先湿后干的原则，在2～3天内调水完毕。覆细土的时间由菌丝在粗土中的生长情况决定。一般覆粗土5～7天后，当粗土缝隙间看到大量菌丝时就要及时覆细土。细土厚度1～1.5厘米，要求土面平整。