发菌期管理是指播种至覆土这段时间的菇床管理。主要是调节、控制菇房内的温度、空气湿度和通风条件，以促使菌种重新萌发，恢复生长，尽早定植、蔓延，在较短的时间内长满培养料，培养获得浓密、健壮的菌丝体，同时防止杂菌、害虫的发生。管理重点有以下几点：
（1）初期控温保湿。发菌期最初3天以保温、保湿为主，在料温不超过28℃的情况下，不通风或少通风，以减少料表和菌种块表面水分的蒸发，促使菌丝尽早萌发定植。如果料温超过28℃，应在夜间打开部分通风窗通风将温。整个发菌期温度最好保持在25℃左右。如果温度、湿度适宜，接种3天后，菌种块的菌丝已经萌发定植，此时可加大通风，以降低料温，并促使菌丝向料内生长。
（2）中期加强通风。播种后4～10天，菌丝基本封面，随着料内菌丝量的增加，要逐渐加大通风量，促使菌丝蔓延生长。这一阶段温度应保持在25℃，空气湿度保持在75％左右。如果覆盖的报纸干燥，可用0.5％的甲醛将报纸喷湿，在提高湿度的同时也可杀灭落在报纸上的杂菌。如发现有菇蚊或螨虫，要喷施杀虫剂杀虫。
（3）后期打扦通气。播种后经过10天左右的培养，菌丝吃料达料层1／2时，用1厘米粗的竹棍或竹签间隔10～15厘米自料面深入料底进行打扦通气，或从床底向上反打扦，使已开始变硬结块的料松动。这样一方面可以排除料内二氧化碳等有害气体，改善料内通气状况，另一方面可以促使菌丝迅速向料内生长。打扦后一般以开背风窗为主，1～2天后再加大通风，播种后15天左右，用细木棍或二齿叉插入料层或料底部向后45°角撬菌，依次直至整个床面。打扦或撬菌后菌丝生长速度明显加快，要密切关注料温变化，防止烧菌。在培养料质量良好、发菌正常以及环境条件适宜的情况下，从播种到菌丝长满培养料大约需要20天时间。菌丝长满或即将长满时要及时进行覆土。
（4）菌床边糊稀泥。糊稀泥就是用稀泥把菌床边糊住。糊稀泥后可增加菌床的保湿性能，增加出菇面积，既可提早出菇4～5天，也可使单产提高10％～15％。糊稀泥的方法是每100千克稀泥加入5千克长5～10厘米的稻麦草，用石灰水调至pH值7.5～8，然后用稀泥把菌床四周糊实，厚1.5～2.5厘米。等次日泥表面干爽时，每隔3～4厘米用细竹筷打通气孔。以后不再喷水，待子实体长出泥边后再喷水。糊边泥常在覆土前3～7天进行。如覆土前气温高，天气干燥，则可在覆土调水后进行。