手足口病的传染源为手足口病患者和隐性感染的病毒携带者，主要通过消化道（粪-口途径）传播，也可经呼吸道飞沫途径传播。人群对引起手足口病的各种肠道病毒普遍易感，但隐性感染占大多数，且大龄儿童和成人大多已通过隐性感染获得相应型的抗体。
一、传染源
手足口病的传染源为手足口病患者和隐性感染者。流行期间，患者为主要传染源；散发期间，隐性感染者为主要传染源。
（一）患者
手足口病潜伏期一般是2～10天，以3～5天为常见。发病前数天，在感染者咽部或其粪便中就可检出病毒，通常以发病后1周内传染性最强，其传染性可持续至症状和体征消失后数周。Chang等对12例肠道病毒感染患儿进行排毒检测，结果提示，在感染后2周可在咽部检出病毒，11周从粪便中排出病毒。
（二）隐性感染者
有研究表明，隐性感染和显性感染达到了100∶1，就是说有一个患者，就有100个隐性感染者。由隐性感染者引起的感染很多，作为传染源，其在流行病学上起了一个传播源头的作用。由于肠道病毒感染后大多数人表现为隐性感染，不易被发现，而且数量很大，难以管理，容易造成传播。
二、传播途径
引起手足口病的肠道病毒主要经胃肠道（粪-口途径）传播，也可经呼吸道（飞沫、咳嗽、打喷嚏等）传播，患者粪便、疱疹液和呼吸道分泌物及其污染的手、毛巾、手绢、牙具、玩具、食具、奶具、床上用品、内衣和医疗器具等均可传播。其中，被污染的手是传播中的关键媒介。虽然是否经水和食物传播尚不明确，但已有研究表明，如果水未进行有效处理，存在水源性传播肠道病毒的可能。
三、易感人群
人群对人肠道病毒普遍易感，但以隐性感染为主。
显性感染和隐性感染后均可获得特异性免疫力，产生的中和抗体可在体内存留较长时间，对同血清型病毒产生比较牢固的免疫力，但肠道病毒各型之间无交叉免疫。感染后产生的某一型特异性免疫，不能阻止其他血清型或亚组的肠道病毒感染，机体可先后或同时感染各种不同血清型或亚组病毒。因此，临床上会出现一个儿童反复患手足口病的情况。
肠道病毒传播极广，传染性很强，婴儿在出生后随着成长，感染机会不断增多，所以大多数人在婴幼儿时期已经感染当地流行着的几种肠道病毒，到青少年和成年时期，大多数人已经通过隐性感染获得相应的免疫。马来西亚、新加坡、我国台湾和深圳等地已经进行的EV71血清流行病学调查表明，5岁以下人群的抗体水平普遍较低，新生儿母传抗体可能仅持续1个月左右；2岁以下儿童的EV71抗体水平极低，而大于5岁的儿童约半数为阳性。因此，EV71攻击的目标人群多为6岁以下的儿童，1～3岁儿童最为常见。
流行特征
手足口病流行无明显的地区性，全年均可发生，一般5～7月为发病高峰。在本病流行期间，常在托幼机构、学校等易感人群集中地区发生聚集发病。肠道病毒传染性强、隐性感染比例大、传播途径复杂、传播速度快、控制难度大，容易出现暴发和短时间内较大范围流行。
一、地区分布
肠道病毒在世界各地广泛分布。非脊髓灰质炎肠道病毒的流行特征因时间和国家地区不同而存在着差异性，在温带气候地区，肠道病毒易在夏季和秋季流行；热带地区全年的感染发生率都保持在一个高的水平。例如，1998年我国台湾EV71疫情暴发中，第一个发病高峰的病例分布在台湾的各个地区，第二个高峰则集中在台湾南部；重症病例的发病率在四个地区之间差异无统计学意义，而重症的病死率在中部最高（3l％），在台湾东部最低。
二、时间分布
受发病地区的地理位置影响，手足口病的发病存在季节性变化。马来西亚、日本，以及中国台湾既往年份的数据显示，手足口病发病存在连续2年高发、隔1年或隔2年出现较大规模暴发的特点；而EV71感染高发存在着隔2年一高发的特点，但每次暴发的流行毒株大多不同。中国及新加坡等地手足口病病例的时间分布曲线提示，5~7月为手足口病发病高峰，在10~11月还会出现一个次高峰。
三、人群分布
手足口病在各年龄段人群中均可发病，以5岁以下儿童为主，男孩的发病率高于女孩，其中3岁及以下年龄组发病率最高，且发生重症或死亡的概率较大。随着年龄的增长，手足口病的发病率和病死率下降。中国台湾年的研究表明，重症病例大多为岁及以下儿童，占，其中重症病例≤岁。有少量报道显示，在同一手足口病病例中存在复发的情况，从而增加感染病程；河南省对年发生在该省的手足口病病例调查研究显示，手足口再感染发生率约为。
四、流行形式
肠道病毒病的流行特征因时间和地区不同而存在差异，可经常在不同的地方和不同的年代暴发或流行。在一个地区的一个时期内，当地流行的一般是由几个占优势的肠道病毒血清型或亚组引起，这些血清型经常在当地少数未获得感染免疫的人群中传播。这些感染者主要为婴幼儿，因为较大的儿童和成人在以往的感染中已获得了相应的保护性抗体。但是当这些地区由于外来人口的流入或易感染人群的积累，当地原本不占优势的一些病毒血清型也可以成为优势毒株而导致流行。如果当地出现新的肠道病毒血清型，包括输入或变异的血清型，也可使该地区突然出现该病流行。这种流行传播迅速而广泛，流行可随着时间从一个地方向另一个地方不断扩散，甚至可以出现跨年度流行。我国地域广，常昭瑞等研究发现，纬度不同地区的发病季节、强度及流行模式存在差异，高纬度地区如辽宁、吉林、黑龙江、内蒙古等发病强度低，而低纬度地区流行高峰持续时间长，中纬度地区流行强度大。
五、发病聚集性
婴幼儿是肠道病毒的主要感染对象，也是主要传播者，传播多是从儿童到儿童。在人群密集场所一旦有病例或隐性感染者出现，通过人群的密切接触，易发生聚集性病例现象。我国手足口病聚集性病例高发场所主要是幼托机构和村庄，家庭也易发生聚集性病例。居住拥挤和环境卫生、家庭卫生条件差是促进病毒传播，引起聚集性发病的重要原因。病毒在托幼机构传播时，可以通过儿童将感染的肠道病毒引入家庭，一旦病原引入家庭，不论家庭大小、居住环境如何，无免疫力的家庭成员就极易被感染。类似托幼机构的环境，如学校、夏令营、校外培训机构、流动人口聚集地等，通过密切接触也可引起聚集性发病。
影响因素
一、气候因素
研究显示，气候在肠道病毒循环和流行中是一个重要因素，手足口病病例数受日照时间、平均气温等因素影响。我国地域广，不同地区气温、湿度及日照时间相差较大，各地手足口病发病率相差也较大。
二、地理因素
常昭瑞等将我国31个省按纬度划分为高、中、低纬度地区，分析发病分布特点，发现纬度不同地区的发病季节、强度及流行模式存在差异。高纬度地区如辽宁、吉林、黑龙江、内蒙古等发病强度低，高峰出现晚，呈明显的单峰分布；低纬度地区流行高峰持续时间长，且10~11月的次高峰较为明显；中纬度地区流行强度大，高峰持续时间与低纬度地区相近，次高峰流行强度低于低纬度地区。而次高峰流行强度大小，与低纬度地区存在适宜病毒存活和传播的地理气候条件有关。
三、社会因素
肠道病毒在卫生条件较差和气候炎热的发展中国家可同时存在多种肠道病毒血清型传播，许多粪便标本可以分离出3种或更多的肠道病毒血清型。