窝阔台于1230年开始对金朝发起初步进攻。不久，蒙古人痛切地感受到，女真人的国家虽然受到沉重打击，但仍然能够进行有力的防御，必须制定新的作战计划和增加军队才能给其以致命一击。因此，蒙古人重新集结起军队并于1231年着手实施一项新的战略计划。军队的左翼在速不台的率领下在山东作战；中军在窝阔台的率领下进入山西；而右翼则在拖雷指挥下攻入陕西。后一支军队随后进入四川北部，并向宋朝政府请求允许他们通过其领土，以准备由东南向开封发起一次出其不意的攻击。策划这次大规模的包抄行动，是为了避免去进攻控制着通往金朝首都西部通道的、难以攻克的要塞潼关。
蒙古人的借路请求被拒绝后，只好用武力沿宋朝边界打开一条通道。1232年初，拖雷的军队在三峰山击溃金军主力，而后又继续向开封进军。夏季，三支军队齐集开封，由速不台统一指挥蒙古各军。在交接指挥权后，窝阔台和拖雷都得了重病。窝阔台在返回蒙古的路上病症发作，随后又恢复了健康。可他的弟弟在到达北方后身体更加虚弱，到接近年底时就去世了。与此同时，速不台在整个秋季加紧了对这座被围困城市的攻势。到1233年二月，金朝皇帝哀宗逃离了都城。几周后，被扔下的士气低落的守军停止了抵抗。五月，开封的城门向蒙古人打开。金朝皇帝此刻已处境危急，他避难于河南西南的蔡州，并向宋朝宫廷请求援助，而后者想从可恨的女真人手中夺回丧失已久的领土，拒绝了金朝的提议，反而与蒙古人协商建立同盟。尽管攻势加强，但这座城市仍在继续抵抗。到1233年秋季，蒙古和宋朝联军会合于蔡州城下。经过数月的抵抗，哀宗意识到无路可逃，也没有获胜的希望，于是自杀身亡。之后不久，1234年二月九日，蔡州失陷，金朝随之灭亡。
在战争的余波中，宋朝由于想从金朝的灭亡中捞取好处，进行了一次占领整个河南的错误尝试。不幸的是，宋朝军队并不能胜任这项任务，不久就被蒙古人击溃，蒙古人根本就没有打算与他们的新盟友分享胜利果实。
调整机制
为了统治这一庞大的和不断扩张的帝国，按照惯例，新皇帝以怯薛（护卫军）的全体成员组成他的中央行政机构，他们中的大多数人是作为他父亲的遗产传给他的。窝阔台选择了原来他父亲宫廷机构里的一个内侍，聂思脱里派基督教徒镇海，居于他的中央大臣的首位。作为一个克烈人，他至少从1203年起就为蒙古人效力。在他早期经历中，他曾担任过一系列军事和行政职务，并且很称职。但直到窝阔台时代初，镇海才作为帝国的重要大臣而突然达到顶峰。行政机构中的许多其他重要官员，如最著名的耶律楚材，也以类似的方式被起用。毫不奇怪，那时中央政府的模式比在成吉思汗时没有多少改变。然而，就地方政府而言，由于获得了包括城市和农村在内的大量定居臣民，对帝国管理机器进行大的调整成为必要。在成吉思汗时期，蒙古人满足于把新征服的定居人口置于负责的战区指挥官管理之下，他们作为全权的军民官而发挥作用，就像木华黎在中国北部那样。外来的官吏，像在中国的畏兀儿人和在突厥斯坦的汉人，被用来帮助蒙古人进行治理。但是，这并不能消除征服者对本地行政管理机构与人员的强烈依赖性，他们被有计划地吸收进来为征服者自身的目的服务。为了确保这些当地的精英忠诚地服从命令和促进帝国的利益，蒙古人在重要的人口中心、从属军队驻地和附属国的宫廷设立了特殊官员达鲁花赤。在帝国早期，这些监督户口调查、赋税征收、军事征调的官员均从大汗的那可儿中挑选。史料中提到的第一位达鲁花赤是札八儿火者，他在1214年六月到1215年五月的某个时间被派到中都。不能确知这一官职的制度根源，但它与金朝的官职“行省”和哈剌契丹王国的“八思哈”有联系，二者的职权均与后来的达鲁花赤相类似。突厥语八思哈与蒙古语达鲁花赤有完全相等的语义，二者的意思均为“监临者”。
窝阔台对他所继承体制的重大改革是为了削弱战区指挥官的行政管理权力，而把这些工作移交给专职的“民职官员”，因为前者的首要职责毕竟是军事征服，而后者能够全身心地致力于财政和行政事务。1229年，他首次组建了两个这样的由民政官领导的行省，一个在中亚，另一个在中国北部。后来，一旦在13世纪40年代于中东建立起稳固的蒙古人桥头堡后，第三个行省也马上在伊朗北部建立。
这次改革的目的是为了维护大汗本人对帝国定居地区的财富的最高权力，特别是避免贡物和税收被地方上的帝国汗室成员攫取。后者的利益虽然肯定是次要的，但在新体制下绝对没有被忽视。到窝阔台时代晚期，已经建立起这样的习惯作法，即允许有利害关系的地方诸汗和帝国其他诸王在行省人员中派驻他们的私人代表，并在选择首席行政官员时有发言权。这样，这些行政管理工作，在某种程度上就成为由大汗领导的整个成吉思汗家族的共同事业。看起来，这种共同管理的方式的结合体制，由于窝阔台和地方汗察合台之间发生了争吵，最初在突厥斯坦的行政管理中发展起来，以后才被应用于中国和伊朗。
突厥斯坦的首任长官是马合木·牙老瓦赤，他是一个说突厥语的花剌子模商人，1218年作为一名外交使者，进入蒙古宫廷效力。从咸海到党项之间的所有定居地区都属于他的管辖范围。马合木·牙老瓦赤的被任命形成了成吉思王朝行政管理上的持久的家族传统；他为数众多的子孙们至少有四代一直受雇于突厥斯坦和中国的各个蒙古王室。与马合木·牙老瓦赤同时的在中国北部的人物是有名望的耶律楚材。他是出身于辽朝统治家族的汉化了的契丹人。作为有着广博知识和精神境界超凡脱俗的人，他是儒教和佛教禅宗的信徒。像他的先父一样，他仕途活跃，在金朝担任过多种行政职务。当1215年中都陷落时，他正在那里。三年后，依照帝国旨意，他来到蒙古参见成吉思汗。这个契丹人给蒙古统治者留下了极强烈的印象，他以书记官（必阇赤）和宫廷占星家的身份被任命为扈从。
1219年，耶律楚材陪同他的主人去中亚，直到1226年才回到中国。在汗位空缺时期，摄政者拖雷派他到前金都城去平息附近地区发生的一次骚乱。他很快完成了使命并恰好在窝阔台即位时返回蒙古。值此1229年，中国北部被交由他负责。作为蒙古人十几年的忠实仆从以及对中国情况极为了解的人，耶律楚材对于窝阔台在中国北部所设置的都课税使这一新职位有着完全的胜任资格。然而，对他的任命并没有迎合蒙古统治阶层的一些人，这些人恰恰害怕合罕任命一个有着耶律楚材背景和观点的人进入这样的机构，其主要目的在于以牺牲他们自身的利益作为代价，来维护帝国对税收的直接控制。这种担心在服务于蒙古帝国的汉人军事指挥官中也存在。即使后者有时积极地支持耶律楚材复兴汉文化生活的改革，但在13世纪20年代混乱的情况下，他们还是习惯于在最小限度的外界干扰下统治他们的领地。因此，像他们的蒙古同僚们一样，他们对实行行政或财政中央集权的任何企图也倾向于抱有深深的怀疑。耶律楚材令人不安的财政改革建议，最初出现在窝阔台时代早期发生的有关帝国政策总体方向的辩论中。在这些辩论中，宫廷官员与极端派的代言人——拜答儿（别迭）正式提出一项计划，即减少中国北部的人口，把其耕地变成蒙古人放牧牲畜的牧场。耶律楚材通过有力的辩论改变了这一骇人听闻的建议，即如果将固定的税收计划引进这一地区的话，财政收入会大大增加，这将给帝国国库带来更多的长期利益。窝阔台被说服，因为如果这一计划成功的话，将会加强他作为合罕的权力。他给予这个契丹人一次机会去尝试实现他的政策建议。耶律楚材在进行的宫廷辩论中赢了这一回合，而现在则须证明他的措施能够获得他所许诺的国库税收。
酗酒暴毙
窝阔台在他统治的后期酗酒的程度实在太厉害了，以至于特别指定了一个宫廷官员来控制他每天饮酒的数量。然而这种方法是无效的。1241年，窝阔台因为酗酒而突然暴毙，使他的西征进程被逼中止。当时大军正朝往维也纳推进，但为了赶返参加位於蒙古的库里尔台大会而急忙撤军，自此以後，蒙古大军再也没有踏足这片土地。时年56岁。这位蒙古帝国的第二任合罕的墓地显然在他位于准噶尔的分地或附近，而不是与他的父亲一起葬在不儿罕·合勒敦的山中。
按照蒙古人的习俗，一个家庭的男性家长死后，在他的长子成年之前，由他的寡妇代管他的遗产，并享有他的权力。蒙古统治家族继续遵从社会习俗中长期以来所认可的这一原则，在早期蒙古帝国内部利用它作为转移政治权力的一种途径。换句话说，帝国本身被看作是合罕家族的世袭财产，并可相应处理。因此，窝阔台死后，他的寡妇，已经牢固地控制住了宫廷的脱列哥那，也可管理他的遗产，也就是说，在通过忽邻勒台正式确认新的皇室男性首领——一位新的合罕之前，她将担任帝国的摄政者。
脱列哥那在汉文文献中称为“六皇后”，一旦掌权，就不顾强烈的抵制，努力策划将她的儿子贵由（1246～1248年在位）送上汗位。由术赤的次子——金帐汗拔都领导的反对者们最终未能阻止贵由登基，但是他们以各种理由，设法拖延了最终决议的做出约四年半左右的时间。在这种人为地延长了的整个空位期间，有才能而且坚定的脱列哥那继续用她已故丈夫的名义管理国家事务。可是，脱列哥那的权威在军事领域中受到了某些限制。窝阔台去世时正在进行的大规模军事行动，比如入侵中欧，都自动停止了，因为蒙古宗王们和多数高级将领必须回去推选继承人。脱列哥那摄政期间恢复了一些军事行动，但所有行动的目标和规模都明显地有所限制。例如，拜住得到允许完成消灭鲁迷国塞尔柱王朝的战斗。另一个同样是范围有限的作战行动是攻击淮河以南宋朝控制的区域。这场战役以1245年蒙古军占领寿州（今安徽寿春）而告终。然而在行政管理和财政事务方面，有许多迹象表明，摄政者享有广泛的权力，并打算将这些权力运用到最大限度。例如，1244年脱列哥那批准在外高加索地区发行新的货币，旨在使人头税的征收更加容易。这是一个开端，在下一个十年里，蒙哥汗（1251～1259年在位）更加有系统和更加广泛地努力使帝国税收货币化。摄政者不仅仅是一个暂时代理者，这一点可由她的人事策略进一步证实。她从政府里将镇海和其他一些中央部门的官员赶走，并且对行省的领导者进行了清洗：波斯的阔里吉思、阿母河的马思忽惕伯、中原的马合木·牙老瓦赤，所有这些窝阔台任命的人，很快都被免职。牙老瓦赤尤其为脱列哥那所痛恨，为了从她的代理人手下保全性命，他被迫逃走，最后得到了窝阔台次子阔端的庇护。
脱列哥那将这位逃走的花剌子模人的职位又交给了以前被免职的奥都剌合蛮。中原再次落入贪得无厌的包税人手中。虽然脱列哥那摄政期间实行于中国北部的经济和社会政策很少有记载，我们仍然可以做出合理的推测，那与奥都剌合蛮首次掌权时应该是十分类似的。
窝阔台死后五年，一直都由他的皇后乃马真专政，直到他的儿子贵由继任为止。在位期间，制定蒙古地区值百抽一的赋税制，无水处挖井，迁牧民居住。设驿站，制定乌拉制（驿站服役），加强了蒙古本土与占领地区之间的联系。1235年筑蒙古首都哈剌和林城，建万安宫。制定中原和西域的赋税制度，令耶律楚材主持中原赋调，麻合没的滑剌西迷主持西域赋调。为了加强对中原地区的统治，立中书省，以耶律楚材为中书令，粘合重山为左丞相，镇海为右丞相。置十路征收课税使。始行交钞。立燕京编修所和平阳经籍所。封孔子五十一世孙元措为衍圣公，修孔子庙，试诸路儒士，中选者除任本地议事官外，还得四千零三十人，免除他们的赋税。为加强蒙古统治阶级的统治权，任命失吉忽秃忽为中州断事官，设治燕京（今北京），"主治汉民"。1238年，将中原课税以二百二十万两卖给回回商人奥都剌合蛮，并命他为提领诸路课税所官，加重了中原人民的负担。1240年命张柔伐宋。
孛儿台皇后
孛儿台，生卒年不详，蒙古弘吉刺部人。特薛禅之女，元太祖铁木真的皇后。端庄健美，聪慧贤德。铁木真的父亲也速该，在俘获塔塔儿人的首领铁木真时，正值儿子出生，便用俘虏的名字为婴儿命名，以纪念胜利。铁木真九岁时，父亲带他弘吉刺部到与孛儿台订了婚。铁木真暂留在岳父家，也速该在回家的途中，被塔塔儿人毒死。
铁木真长大后，与孛儿台结了婚。孛儿台带来一件黑貂袭，送给婆婆作为见面礼。铁木真曾被泰赤乌贵族掳去，逃回后，决心投靠蒙古最强大的克烈部，他把这件珍贵的黑貂裘送给克烈部首领汪罕，并认他为义父，汪罕答应帮助他收复先父的旧部。孛儿台与铁木真婚后十分恩爱，度过一段愉悦的新婚生活。有一天，蔑里乞人突袭铁木真的营地，孛儿台被蔑里乞人掳去，配给赤勒格儿为妻。铁木真和扎木合共同出兵，夺回了已经怀孕的妻于孛儿台。不久，孛儿台生下赤勒格儿血统的儿子，所以铁木真为他取名"术赤"（蒙语"客"之意）。此后，孛儿台又生三个儿子。
12O6年，铁木真被推举为全蒙古大汗，是为太祖。上尊号为成吉思汗（"成吉思"谓"海洋"或"强大"之意，"汗"意为王者），建立蒙古汗国。元朝的后妃制度，汗妻称大皇后，贵妾也可称皇后。孛几台即为大皇后。她为太祖统一蒙古作出了一定的贡献，成为蒙元时期首屈一指的皇后，也是中国历史上的杰出人物。
太祖死后，她的三子窝阔台即位为太宗，进一步扩展了蒙古帝国的势力。孛儿台死后，她的孙子（拖雷子）忽必烈建立元朝，追谥她为"光献翼圣皇后"，"翼"指羽翼，"圣"指太祖，即为辅助的意思。忽必烈对祖母给予很高的评价，并号召后入学习她崇高的品德。孛儿台死后的灵柩，随太祖铁木真安放于成吉思汗陵。
乃马真后
乃马真后脱列哥那（1242年～1245年），蒙古窝阔台汗（元太宗）哈敦（皇后）。名脱列哥那，乃马真氏，生贵由汗（元定宗）。1241年窝阔台汗死，次年春临朝称制，摄政五年。勾结波斯人法提玛、奥都·剌合蛮，迫害成吉思汗、窝阔台汗时期的忠臣。革耶律楚材、镇海、牙剌洼赤的职，清洗宫廷中的一切官员。任命波斯商人奥都·剌合蛮为宰相。她摄政时期，内政腐败，法度不一，政出多门，朝中每个人和诸王滥发玺书、牌子，任意向百姓搜刮财富，造成民力困乏。违抗成吉思汗大札撒和窝阔台汗的遣嘱，不立汗位继承人失列门为汗，用狡诈手段立贵由为汗，在成吉思汗家族中播下了纠纷的种子。1246年贵由汗即位后，把她派到汉地，让其处死奥都·剌合蛮。不久死去。
窝阔台于1241年十二月十一日去世时，他的遗孀、能干的脱列哥那被委任摄政。这位公主的前夫是蔑儿乞部人，据说她本人也属该部，尽管她更有可能是乃蛮部人。她从1242年至1246年期间掌权。窝阔台最初想立三子阔出为继承人；后来当阔出在反宋朝的战争中被杀（1236年）之后，他选择阔出的长子、年轻的失烈门为继承人。但是，脱列哥那想使她的亲生儿子贵由继任为大汗，并以延长她的摄政为贵由的当选作准备。
脱列哥那摄政时期的特征是一大批深得窝阔台宠爱的辅臣被贬官，特别是已故皇帝的丞相、克烈部人聂思托里安教徒镇海和窝阔台的理财大臣、中国化契丹人耶律楚材，脱列哥那任用穆斯林奥都刺合蛮取代了耶律楚材。奥都刺合蛮答应从税收中给她增加一倍的收入。耶律楚材看到他的明智政策不被采纳，并预见到人民将承受过度的负担，不久于哈拉和林忧愤而死，享年55岁（1244年）六月。脱列哥那还罢免了另外两位大臣的官职，一个是突厥斯坦和河中的长官穆斯林麻速忽·牙刺洼赤，他暂时被革职；另一个是东波斯的长官回鹘人阔儿吉思，他被处死，斡亦刺惕部人阿儿浑·阿合取代了他。
这位摄政者的权力，尽管得到了老察合台的保护，但基础仍不稳固。她摄政后不久，成吉思汗幼弟铁木哥斡赤斤带着某种不明确的目的率军向帝国斡耳朵挺进，我们已经知道他的封地是从东蒙古一直延伸到吉林地区。贵由从欧洲返回他的叶密立[额敏]河畔的封地，使这些阴谋计划落空。最严重的是贵由的私敌。钦察汗拔都对贵由的仇恨，由于贵由在远征罗斯时不服从拔都的命令，为此贵由被召回蒙古，拔都对此一直怀恨在心。因此，他千方百计地拖延召开脱列哥那希望贵由当选为大汗的库里勒台。当大会最终召开时，他称病未出席。
定宗贵由
贵由（1205年～1248年），蒙古大汗，孛尔只斤氏，窝阔台长子，1246年八月二十四日至1248年三月在位，元定宗孛儿只斤贵由，即简平皇帝，元太宗长子。母六皇后，乃马真氏。贵由曾随诸王伐金。西征中亦立战功。太宗死时，立皇孙失烈门为嗣，其母乃马真不从，遂称制于和林，史称乃马真氏称制。公元1206年七月，乃马真氏集会诸王，奉贵由为大汗。贵由即位时年已41岁，但政权仍由其母乃马真氏和中书右金相镇海所左右，政令皆乱。诸王各自盘剥一方、鱼肉百姓。民怨四起，元初开创的稳定局面尽遭破坏。
即位争端
虽然脱列哥那所做的人事更动，砍掉了行省的共同管理性质，从而招致一些蒙古宗王的不满，但即使这样，也没有人公然站出来反对她。在她的反对者们看来，她的权势只不过是暂时的，而她那些令人不快的政策在将来的某个时候会很容易被改变。然而，在继承权问题上，脱列哥那遭到了强烈的抵制。任何帝国权力的易主都不可避免地成为激烈政治斗争的焦点，而且最终会导致宗王之间的武装冲突，因为至少在原则上他们所有的人都有资格登上汗位。而在蒙古人的不健全的但在发展中的继承体制下，即继承人由大汗提名，实际上很容易防止上述情况发生。因此，由于全体皇族的长期利益以及它的每个成员的个人野心都处在紧急关头，脱列哥那为了达到她的目的，被迫就这些关键性问题与所有派系谈判。
脱列哥那将她的长子贵由推上汗位的计划主要遭到来自两个方面的反对。首先，因为窝阔台曾经提名他的孙子失烈门（他是已故合罕三子阔出的长子）为继承人，所以摄政者的家庭内部出现了不满和抵制。这可以解释为什么脱列哥那的敌人，诸如马合木·牙老瓦赤等可以在其他窝阔台系的宗王们那里获得庇护，以及为什么脱列哥那一定要罢免她丈夫的大臣。虽然失烈门的继承人身份被脱列哥那成功地剥夺了，但在皇室的其他分支中立即出现了另一股更加难以对付的反对力量。
贵由在同辈的宗王中树立了强大的敌手，他们中最重要的是金帐汗国的创建者、公认的术赤系的领袖拔都。这两个人公开地鄙视对方。存在于他们之间的根深蒂固的敌意起因可以往前追溯：在1236年～1241年欧亚大陆西部的征战中，二人的个人意见不合乃至关系破裂。当时争论的问题是谁人在上，谁位在前。这一争执如此激烈，以致窝阔台被迫亲自出面调停，做出了有利于拔都的结论。这自然进一步损害了两个宗王间的关系，以及贵由和他父亲间的关系，并可能是促使窝阔台决定选择他的孙子失烈门为继承人而非他儿子的原因所在。
1241年，当窝阔台身患重病的消息传到了依旧长期不和的西部战线的蒙古宗王们之中时，贵由立即离开了前线赶回他父亲的身边，可能是想解决他们之间的不和，并藉此提出他个人对汗位的要求。合罕在他儿子到达前死去了，但脱列哥那已经代表她儿子展开了积极的行动。用一种也许是很不体面的方式仓促宣布了她丈夫的死讯后，脱列哥那在1241年秋天匆忙召集了忽邻勒台，希望能够确保贵由迅速即位。
拔都自己虽然并没有掌握帝国的野心，但他决定要阻止他所痛恨的对手贵由登基。因此他声称一次严重的痛风正在困扰着他，以此为借口拒绝前去参加忽邻勒台。术赤系所用的这种策略使贵由的即位问题拖延了几年之久。在此期间，脱列哥那继续坚持她的做法，以她的地位和影响为她的儿子寻求支持。在许多阴谋诡计和政治上的明争暗斗之后，摄政在皇室内部得到了她所必需的一致支持。1246年夏天，一次新的忽邻勒台在克鲁伦河边召开，正式推举贵由为大汗。对此强烈不满的拔都直到最后依旧抵制，他再次称病，拒绝出席贵由的即位典礼。他派长兄斡儿答代替他作为术赤家族的代表去参加正式仪式。
拔都和贵由间的公开冲突虽然避免了，但是术赤系对新大汗的接受却是非常勉强和不情愿的。当时反对贵由即位的激烈程度被一位与这些事件生活在同一时代的作者在其著作《鞑靼关系》中揭示出来，他说，新的皇帝“以一票的多数”当选。当然这并不完全准确，但真实地反映了蒙古宗王间不断滋长的紧张政治气氛。进一步反映皇室内部发生分裂的事情，是另一个有资格获取汗位的人，成吉思汗的幼弟铁木哥斡赤斤，希望在意见广泛分歧的局势下获利，试图在不正式召开忽邻勒台的情况下为自己夺得汗位。正如方济各会修士迦儿宾所说的那样，因为“他想不经推举而获得汗位”，所以王公们集会同意将其处以死刑。这是在内部权力斗争中第一个被杀的皇室成员。于是贵由在一片怀有敌意和猜疑的舆论中即位。此后的继承危机将证明会有更多的人为此丧命，并终将损害大蒙古国的团结和力量。
精心管理
贵由在登基的时候年届40.像多数蒙古王子一样，他的青春都消耗在各项战事上。他曾经攻打过金朝，参加过1239年～1240年间征服北高加索的战斗。根据可以找到的所有材料来看，他在即位以前几乎甚至完全没有朝政管理经验。
贵由刚开始他的统治，就对他的支持者——上至皇室宗亲，下到低级书记——给予大量价值昂贵的赏赐：珠宝、华丽的服饰，以及大量金钱。波斯史料对此的记载给我们留下的明显印象是，他在即位的时候所表现的异乎寻常的大方，并不仅仅为了展示皇家的慷慨，而是偿还为了夺取汗位所欠人情的大规模政治性的报酬。实际上，在他短暂而且无所建树的统治期间，贵由继续着无节制地对皇室成员和军队进行赏赐的习惯，这大大削弱了帝国的库藏。
作为一个善意的表示，新的大汗恢复了许多在脱列哥那摄政期间被解职的行政管理官员的职位。中书令镇海与他以前的同事们一起官复原职。对突厥斯坦的管理权再一次被交给了马思忽惕伯。他的父亲马合木·牙老瓦赤以大断事官（也可札鲁忽赤）的名义被派去主管中国北部的行省。脱列哥那在中原的代理人奥都剌合蛮在被免职后处死。尽管以前的统治制度在很多方面都被重新恢复，贵由仍有可能让他的几个亲信出掌重要位置。其中主要是他的阿塔毕，或者说是他的老师聂思脱里派教徒乃蛮人合答。按照迦儿宾的说法，合答掌握了“整个帝国的监察机构”
帝国统治方式中共同管理原则的恢复，似乎无论在名义上还是在实质上都得到新大汗的认可，它在很大程度上是其他宗王派系作为他们支持贵由登基的代价而对窝阔台系索取的让步。例如贵由在位的第一年，在对大名路（今河北）皇家领地的管理中发生的不法之事被报告上来以后，这一关系重大的事件由两人共同进行调查。一个是宫廷的代表，党项人昔里钤部，另一个是拖雷家族的长期随从不只儿。应该注意到，有趣的是，这一事件中决定性的资料，大名路的审查文件，被拖雷系的代理人所控制，而非大汗的代表。贵由的皇室同胞对帝国的事务很感兴趣。
令人遗憾的是，关于这一时期帝国管理中国北部的安排和措施的资料是非常缺乏的。就连大断事官马合木·牙老瓦赤的活动也不为人所知。从仅存的记载可知，贵由的主要管理工作是尽力收集帝国人口的最新数字。一道在中原地区进行人口调查的命令于1247年底发布。大约在同时，伊朗和斡罗斯公国在一定的范围内也进行了类似的工作。在中原获得的所有数据的记录在任何地方都没有保留下来。如果这项工作确实曾经开展，可能从未完成。
一般说来，在贵由管理下的帝国政府缺乏活力，而且表现出了一种分散的倾向——如果不是分裂的话。其结果是，地方官员享有充分的机会去役使下属的人民，而这又导致了在中国北部的乡村和城市中，“盗匪”和叛乱到处蔓延。中央权力的被侵蚀，部分是由于术赤系的不妥协。但形势由于贵由自己的领导无方面恶化。像他父亲一样，他早年是个酒鬼，长期疾病缠身也令他付出许多代价。在他登上汗位的时候已变得如此衰弱，以至于在管理帝国事务的方面既没有活力，也没有兴趣。他对发挥他的臣民的力量没有任何的全面计划，而且由他提出的寥寥无几的政策从未得到过有力的贯彻实施。例如，最初，他宣布要取消一切在窝阔台和脱列哥那时期颁布的未经正式认可的皇家诏令（札儿里黑，jarligh）和象征权力的符牌，但是很快他自己在这一点上也变得同样的不严格，以致他的继任者蒙哥被迫再次设法去控制这些弊端。看来贵由所有精力都用于宴会、狩猎和时刻提防拔都上了。仿佛是为了给帝国增加灾难，贵由的放荡走向了极端。他不停地将数目很大的金钱和珍宝赏赐给他的支持者们，这很快就使他那些忠诚的大臣们提出了警告。不过，宫中在这方面提出的批评，对大汗没有什么明显的影响，他自己宣称他首先希望能够在赏赐的数目和慷慨的程度上超过他的父亲。在这方面，他确实有希望达到领先地位：波斯的编年史记载了贵由在临死的时候签署一份字据，以国库储存来抵付他赏给支持者们的总价达50万锭银的各项奢华品。这个数字可能被夸大了，但它清楚地表现出贵由沉溺于此并向斡脱商人借贷了大量财物。贵由与斡脱商人们的大量交易，以及商人们因此给宫廷带来的影响，这些表明在窝阔台的时代滥用这些斡脱商人的情况——承包税收、高利贷、侵吞款项、以及勒索——再次成为风气。
贵由短暂的在位期间，军事行动很少进行，并旦被限制在一定范围内。1246至1247年，对湖北和安徽的宋防线发动了有限的攻击。大概在同一时间，西亚的新统帅宴只吉带在伊朗进行了一些较小规模的战役。蒙古在这一时期失去了其特有的侵略性与皇室成员间持续的紧张气氛大有关系。拔都对于贵由接掌汗位的妒忌，是造成他们之间分裂的核心问题。这两个人之间的公开冲突看来一触即发，所以宗王们不愿意将自己的大量军队投入新一轮的对外扩张中去。帝国正处在内战边缘，即将成为敌人的王公们为了不可避免的军事冲突而节约使用自己的力量。
贵由以罕见的坚定与果敢先发制人，迫使拔都摊牌。1247年秋天，大汗离开了漠北，前往他在叶密立河流域的分地，诡称是一次巡视。实际上，他以后的行动表明，所谓“巡视”的真实意图是他想不引人注意地进入准噶尔地区的适当位置，以便向他的敌人在西部的领地出其不意发动袭击。究竟是什么事情——如果曾经发生过的话——促使他决定在这一特定时间前去攻击术赤系已无从可考。无论如何，贵由一抵达准噶尔，就着手整编和扩充他的军队，为即将开始的攻击做准备。大汗发布诏旨，命令蒙古人户每百以一名充拔都鲁。因为后者是皇家卫军中的重要组成部分，通常用做大汗的前锋部队或者精锐突击部队。很明显，贵由对不久即将开始的进攻行动做了反复考虑。
大汗的准备工作完成以后，便于1248年春天离开了准噶尔的营地，率领大批军从，向西前进。此时拔都驻军于阿剌豁马黑，此地位于巴尔喀什湖以南，正处于贵由大军的行军方向上。在这个关头，拖雷的寡妇，表面上看似与窝阔台系关系很好的唆鲁和帖尼别吉秘密遣人前去警告拔都，要他注意大汗的动向以及敌对意图。这个行动明显地是要为她精心安排的将其子蒙哥推上帝国宝座的计划争取术赤系的支持。拔都及时得到了警告，整军待战。贵由虚弱的身体终于支持不住了，他死于横相移儿，该地离畏兀儿人的夏都、位于天山北坡的别失八里有一周路程。一场酝酿已久的对抗终于被避免了，战争随着贵由的死亡而烟消云散。贵由的遗体按照他的遗孀斡兀立海迷失的意愿，被运回他在准噶尔地区的分地加以埋葬。尽管拔都对窝阔台系的敌意是公开的，但他仍然承认斡兀立海迷失在忽邻勒台推选出新大汗之前作为帝国摄政者的权利。不过，她的权力受到了限制，因为拔都规定她必须保留死去的大汗的大臣和官员们的职位，而且在脱列哥那时代曾经发生的对管理人员的大清洗将不会再被宽恕。不同于迅速集结在拖雷长子蒙哥周围的反对派们，窝阔台系很难为空着的汗位确定自己的候选人。斡兀立海迷失被迫在平息自己家庭内部的不和上花费大量时间，同时还要阻止拖雷系的合法候选人登上汗位。按照志费尼的叙述，在这种形势下，空位期间政府很少处理公务，不过是在“跟商人交易，临时拨款给各地和各邦，派遣下层驿使和税吏而已”。
在贵由决定取消成吉思汗其余各支已开始享有的、并不断扩大的自主权时，他与长支，即赤术家族之首拔都发生了冲突。1248年初，他们之间的关系十分紧张，以致双方都在开始备战。贵由在巡视他的叶密立世袭领地的借口下，离开哈拉和林西进。与此同时，拔都已经得到拖雷家族的指挥人物、唆鲁禾帖尼公主的秘报，也向谢米列契耶进军。他一直抵达离海押立（今卡帕尔城附近）不到7天路程的阿拉喀马克。巴托尔德解释说他到达了位于伊塞克湖和伊犁河之间的阿拉套。这次冲突似乎是不可避免了，直到贵由由于长期的酗酒暴食衰竭而死，他死于距别失八里一天路程的途中。巴托尔德认为他可能死于乌伦古河地区；伯希和说是在别失八里（今济木萨）东北部。贵由去世的时间约为1248年三月至四月二十四日之间。当时他仅43岁。
贵由的去世很可能使欧洲免遭一次可怕的灾难。贵由梦想的不只是打败钦察汗——根据迦儿宾的记载——而且要征服基督教世界。无论如何，他似乎已经把注意力专注于欧洲。然而，拖雷家族宗王们的继位——先是蒙哥，然后主要是忽必烈——将把蒙古人的主要努力引向远东。
公元1248年三月，定宗卒，皇后海速失欲再立失烈门听政，诸亲王多反对，朝内争讼不已，乃至三年无君，国内混乱不堪。定宗死异起辇谷。谥曰定宗简平皇帝。
月伦
月伦，生卒年不详，也写作河额伦，成吉思汗之母。在以前，蒙古一直保留着传统的族外婚习惯，即在同一血统的氏族内严禁结婚。和世界上其他人种一样，蒙古人在经历了母系氏族阶段以后，又经历了父系氏族社会，他们按父系计算血缘关系，出自共同的男祖先的人们组成自己的血缘集团，即氏族（蒙语称为“斡巴黑”），并有各自的名称。如此代代繁衍，一分再分，形成众多的氏族。每个氏族必须保持血缘的纯洁性，有明确的、详细的世系族谱，并世代相传下去。
例如孛端察儿从札儿赤兀惕部抢来了怀孕的阿当罕为妻，就把她生的儿子起名为“札只刺歹”，意思是“外姓人”，以表示血缘的不同。《史集》还记载：蒙古人有保存祖先谱系，用以教导孩子的习惯，所以他们从小就知道自己的部落姓氏和起源。《蒙古秘史》中记载了自苍狼先生和白鹿夫人以后的谱系，这样从成吉思汗可以上溯到他的23代祖先。正由于此，族外婚的长期保留才能得以实现。
实行族外婚的一般形式，是甲氏族与乙氏族的子女世世代代结为婚姻，蒙古语称为“忽达”（意为“世婚”）。例如成吉思汗所在的孛儿赤斤氏与弘吉刺氏之间就有这种“忽达”关系。
同时，抢掠外族女子为婚的风俗也长期保留着，可以说抢婚是族外婚的补充形式之一。孛端察儿曾抢来阿当罕为妻。成吉思汗的母亲月伦是其父也速该从蔑儿乞人手中抢来的新娘。此后，成吉思汗的正妻孛儿帖又被蔑儿乞人抢走过。这都反映着当时蒙古部还保持着上古掠夺婚的遗风。
根据《秘史》的记载，成吉思汗的父亲也速该抢亲的过程很有戏剧性：一天，也速该到斡难河上放鹰捕雀，远远望见蔑儿乞部的青年也客赤列都带着一位漂亮的姑娘走来，原来这是他从斡勒忽纳（即弘吉刺部）部娶来的妻子。
也速该见这新娘美貌无比，看得呆了，便跑回家去找来哥哥捏坤太石（太石，也是一种尊号，可能是由汉语的“太子”或“太师”转音而来的）和弟弟答里台斡惕赤斤，准备抢下这美丽的新娘。也客赤列都一见兄弟三人来者不善，大惊失色，于是抛下妻子，快马加鞭，竟自逃命，兄弟三人便紧紧迫赶。赤列都舍不得娇妻，转了一个山嘴又回到新娘车前。聪明的新娘对他说：“你看那三个人，他们的脸色不善，是要伤害你性命的样子。你还是快点逃命吧，只要能保住你的性命，哪个帐房里都有美丽的姑娘，每辆车子上都可以找到娇妻。你总会找到好妻子的。如果你真的忘不了我，那你就给她起我的名字，像爱我一样爱她。她一边催促赤列都逃走，一边从身上脱下自己的衬衫，作为临别赠品送给他，并说：“当你闻到我的气味时就想起我吧！”赤列都接过衫子，赶紧溯斡难河上游逃走。也速该兄弟三人一直追过七座山丘，都没有追上，于是返回来。也速该牵着车缰绳，捏坤太石在前引路，答里台斡惕赤斤护着车辕，领着新娘踏上了归途。在归途中，车上的新娘边哭边诉道：“我的情郎赤列都，连朔风都没有吹拂过他的发辫，也未曾在荒野外忍受过饥饿，现在你可怎么样了呀？他那两条发辫，一条搭背后，一条垂胸前；一根投于前，一根掷于后，该是怎么个逃跑的模样呢？”新娘只哭得斡难河水波涛汹涌，只哭得山林河原响起回声。答里台斡惕赤斤劝慰道：“你所哭的人已经越过层层山岭；你为之流泪的人已经涉过河流重重。即使你呼唤，他不回头看不清；即使你追踪，不知道路也难行。不要再哭了吧！”在《蒙古秘史》中，用押韵的诗歌详细咏叹了这个故事，充满着深挚的感情。
宪宗蒙哥
蒙哥（1251年～1259年）大蒙古国第四代大汗，成吉思汗幼子拖雷的长子。“蒙哥”，蒙古语意为“长生”。1235年～1240年，奉窝阔台命，与拔都、贵由西征，屡立战功。贵由汗去世后，诸宗王在汗位继承上发生争议。术赤子拔都以宗长身分首推蒙哥为大汗继承人。窝阔台系诸宗王拒绝承认。于是拔都派弟别儿哥率军卫蒙哥东还，并定于来年在斡难河（蒙古鄂嫩河）、怯绿连河（蒙古克鲁伦河）召开大会。窝阔台系诸宗王拒不赴会。拔都不顾他们的抵制，于1251年夏，在阔帖兀阿阑（成吉思汗大斡耳朵所在地，今蒙古温都尔汗西南克鲁伦河与臣赫尔河会流处西）举行大会，拥蒙哥即大汗位。随即将反叛的窝阔台系诸王一一处死。蒙哥登大汗位，委其弟忽必烈领漠南汉地军政事宜。颁发政令，革除前朝弊政。
强大对手
因为内部分裂且无法产生一致的候选人而使自身团结起来的窝阔台家族，很快便发现他们对汗位的觊觎受到成吉思汗后裔的另一支拖雷家族的有力挑战。拖雷家族为了这个时刻已在拖雷的寡妇唆鲁和帖尼别吉（死于1252年）领导下做了长期的准备。她是一个颇有能量和政治才能的女人，自从1232年丈夫死后便主持家族的事务。
唆鲁和帖尼为把她的儿子蒙哥推上汗位进行了周密的策划。首先，她孜孜不倦地塑造拖雷家族慷慨和无私地为帝国效劳的形象。为了使这一目的合乎道义，她使她的家族在爆发于13世纪30年代和40年代的诸王争斗中保持中立，并且温顺地接受了忽邻勒台的各种决定。同样，根据她的意见，拖雷家族一直和在位的大汗合作，并用他们的大量军队支持帝国的出征。尽管有些做作，这种精心造成的坚定地忠于成吉思汗遗训的声誉，后来被用来证明拖雷家族的道德品质适合担当帝国最高职位。
唆鲁和帖尼还带头为蒙哥问鼎汗位向其他家族寻求支持。在和窝阔台家族保持友好和适当关系的同时，她和她的家庭私下培养与术赤家族的友谊，对拔都日益衰退的健康表示强烈的关心，给予他作为成吉思汗家系中长者的首领应受到的尊敬。由于敌视窝阔台家族，同时也因为他自己对汗位缺乏兴趣，拔都在拖雷家族追求汗位时很自然地与之结成同盟。当贵由打算挥军西进时，唆鲁和帖尼别吉及时向拔都发出了警告，这正是两个家族达成秘密谅解而联结在一起的必然结果。
在贵由汗死后，术赤家族立即公开表示他们与拖雷家族的事业休戚相关。拔都决心使窝阔台家族不再拥有汗位，所以急速地在阿剌豁马黑（他曾在该处等待贵由军队的到来）召集一次忽邻勒台，表明他将选择蒙哥为大汗。窝阔台家族拒绝参加这次忽邻勒台，他们宣称，新汗的选举应在斡难——怯绿连地区举行。他们的这个理由得到察合台诸子的支持，因此得以推迟会议的召开。但是，除了阻止立即确认拖雷家族的候选人之外，窝阔台家族很少有作为。贵由的两个儿子脑忽和忽察都公开要求嗣位，还有他们的堂兄弟失烈门，三人各建立自己的宫廷，每个人都有一群支持者，结果是斡兀立海迷失无法使之形成针对敌手的共同阵线。与此同时，蒙哥的支持者未被早先的抵制所阻挡，仍坚持劝说窝阔台家族成员参加会议。在施展了种种花言巧语之后，拖雷家族的代表终于成功地与忽察和脑忽达成协议：如果他们不能亲自前来，至少会派代表参加忽邻勒台。在此基础上，由拖雷系和术赤系控制的阿剌豁马黑大会在1250年举行。
拔都开宗明义，他建议由蒙哥继承汗位，并主张立即给予确认。正当忽邻勒台打算这样做时，一名来自斡兀立海迷失处的使者意外到达，建议失烈门为窝阔台家族的候选人。对于失烈门来说，现在提出来已为时过晚。在申辩时，使者指出，窝阔台曾正式指定失烈门为他的继承人，拖雷家族反驳说，已故合罕的训令早已为他的家庭公然违背，这一理由不再有效。失烈门的代言人难以反驳这种论点，只得坐下。拔都和速不台之子兀良合台命令与会者拥戴蒙哥为大汗，人们未经进一步辩论就照办了。在适当的缄默以后，蒙哥登上了汗位。然而，出于对蒙古传统和对他们对手批评的敏感，拖雷家族决定在斡难——怯绿连地区召开第二次忽邻勒台，正式确认新汗并举行登基仪式。
在过渡期间，唆鲁和帖尼别吉与拔都再次试图说服敌对家系的成员心平气和地接受蒙哥的当选。经过一年的努力，少数窝阔台家族和察合台家族成员投靠拖雷家族。有了这些背叛者掌握在手中，第二次也是正式的忽邻勒台于1251年夏在阔兀帖阿阑召开，这是1206年成吉思汗登基之地。拔都自己没有参加，但却派去了他的兄弟们和儿子们，带着一支庞大的护卫军。出席的还有成吉思汗兄弟的后裔以及少数窝阔台家族和察合台家族的诸王。因此，表面上，成吉思汗家族的各支系都有代表与会。不出所有人意料，没有任何反对就认可了上一次对蒙哥的选举。在接着举行的庆典上，新大汗特别关心那些脱离本家族前来与会的人，为他们做出的牺牲给予慷慨的赏赐。那些抵制两次忽邻勒台的人们现在面临困难的选择：要么默认既成的事实，要么设法废黜大汗。在与家族协商后，落选的窝阔台系候选人脑忽和失烈门在两者之中选择了后者，决定采取孤注一掷：公开宣布他们前往参加即位典礼，向蒙哥表示祝贺，并承认他的权威，暗地里决意刺杀没有疑心的大汗和他最接近的支持者。他们的大胆而又准备得很好的计划几乎成功，但由于纯粹的偶然事件而突然暴露。为了寻找一头丢失的牲畜，蒙哥家中的一名驯鹰人偶然遇到一辆失烈门辎重车队的马车，它是因损坏而落在后面的。他发现不少武器被秘密地藏在车中，便急忙回到大汗营帐，警告他的主人可能遭到袭击。心存怀疑的大汗一旦清楚了这个情报是真实的，便派遣他的禁卫首领忙哥撒儿处理这一威胁。阴谋家们并不知道他们的计划已经泄露，被轻易地解除了武装并且遭到逮捕。分裂和愚笨使窝阔台家族失去了汗位，而他们为挽回损失而贸然采取的行动，不久就使他们中的许多人付出了生命。
统一和正统
为诸王的阴谋所警觉，蒙哥担心出现更多的危害自己生命的阴谋，同时渴望报复，便发动了一次无情的广泛的清洗。术赤系和拖雷系的军队组成一个巨大的捏儿格（蒙古语，意为士兵排成半圆形的战斗队列），并且下令肃清待罪诸王在蒙古、准噶尔地区和突厥斯坦的同谋。已经在监禁中的待罪诸王则由大汗亲自审问。忽察、脑忽、失烈门和其他后来牵连到阴谋之中被证明有罪的人，起初被流放，或监禁在军营之中，随后被全部处死。斡兀立海迷失和失烈门的母亲合答合赤同样受到审讯。他们被带到唆鲁和帖尼别吉的营帐，并被指控谋反和使用巫术。在饱受屈辱和虐待以后，她们都被处死，或者如一些资料所说，被允许自杀。
窝阔台和贵由的大臣镇海、合答以及他们的同僚，被带到蒙哥的大断事官忙哥撒儿面前，他们被宣告犯有唆使脑忽和失烈门叛乱之罪，需用生命来抵偿。作为窝阔台系长期的家臣，他们不能改变效忠的对象和进入新的政权，因为一个蒙古亲王与他的家臣总是荣辱与共的。
地位较低的人物则由蒙哥派遣到帝国各地的断事官（札鲁忽赤）审查。例如，在阿富汗斯坦的也里，一个亲察合台系的书记被蒙哥的代理人定罪，在进行泛泛的审问以确定这个地区的蒙古官员反拖雷系的程度之后，被处以死刑。即使在遥远的伊拉克，断事官也设法查出并惩罚反对者和叛乱者。
这场血腥的清洗决不仅限于皇家和政府官员，它涉及到了所有附属国家的首脑，他们每个人都被要求亲自前往哈剌和林谒见新的合罕。那些保持中立或者支持拖雷系的人得以保全地位，而那些表示同情窝阔台系的人们则被迅速消灭。畏兀儿的亦都护撒林底被发现与斡兀立海迷失结成同盟，便根据蒙哥的命令被斩首。亦都护的兄弟和继承人玉古伦赤曾向拖雷系表示忠诚，充当了撒林底的刽子手。同样的命运也降临在位于伊朗境内的一个附属国起儿漫的统治者身上。受害者的总数已无法知道，但无可置疑是个大数目：忙哥撒儿声称他亲自审问和处死了77个大臣和官员，根据当时包括蒙哥自己在内的目击者的证言，毫无疑问窝阔台系和察合台系宗王的队伍相当可观地缩小了。显而易见能从蒙哥的罗网中漏脱的反对者很少，因为在他统治的其余岁月中，宗王的反抗是个别的。
拖雷系的胜利自然导致皇族宗王间关系的较大调整。首先，蒙哥于1251年安排他的两个弟弟忽必烈和旭烈兀分别管理中原和西亚地区的时候，实质上创造了两个新的地区汗国。通过这个行动，他巩固了拖雷系对帝国中大多数经济上出产丰富的地区的控制，而且因此加强了他对其他皇室族系的权力。那些屈服于大汗的窝阔台系的成员被授与广泛分散在内亚的领土。窝阔台的一个孙子海都被赐予巴尔喀什湖以南的海押立城，他的兄弟灭里得到了沿也儿的石河的土地。结果，“顺从的”窝阔台系的成员对自己的地位没有什么办法，并且谨慎地彼此分离起来。在海都复兴家族的时机来临之前，这种情况将持续近20年。关于察合台系，在位的亲窝阔台系的也速蒙哥汗被废黜并处死，由他的侄子——曾在1242至1246年间掌权的哈剌旭烈兀取代他。由于贵由支持也速蒙哥而被免职，哈剌旭烈兀因此被激怒，并成为拖雷系早期的拥护者。他是一个多病的人，死在前往他位于中亚的斡耳朵（营帐）的道路上，根据皇家的法令，他的小儿子木八剌沙继承他，由他的寡妇兀鲁忽乃摄政。这样，两个竞争的族系暂时变得衰弱，而且顺从大汗的意志。蒙哥与拔都的关系必然是在一个非常不同的基础上处理的。就谱系而言，术赤系长于蒙哥，并且在争夺汗位的斗争中是蒙哥的主要支持者。因此大汗给予拔都特殊的尊敬，并对他的援助表示极大的感谢。但这并不像有些人设想的那样：拔都是一个最强大的汗位拥立者，他保证拖雷系拥有汗位，从而使自己获得帝国的西半部为报答。事实上，拖雷系通过自身的努力使实力强大起来。唆鲁和帖尼别吉是真正的汗位拥立者，而且拖雷系掌握着大部分成吉思汗的军队，这使实力的天平倾向他们一边。
实际上，蒙哥从来未曾在外交或军事事务上给拔都以任何皇家特权。到达术赤系领土的外国使节通常被转送到哈剌和林与大汗直接进行谈判。大汗能够而且确实从术赤系的军队中调派相当大的分遣部队参加其他皇室族系成员获利的战役，例如在1257年至1258年旭烈兀攻击报达的战争中就是如此。金帐汗国的内部事务由两者共同管理：一切主要的行政工作——实行人口调查、征集赋税和类似的事情——由大汗和术赤系的代理人共同承担。在理论上，共同管理的原则在其他地区的汗国同样起作用，但实际上，只有在金帐汗国的范围之内二者是平等的。在帝国的其他地方——中亚、中原、伊朗——皇帝明确地占据着对其辖下的汗王的统治地位。在加紧巩固自己势力的同时，拖雷系将很大的注意力放在正统问题上。继承权明显地引起了争论，蒙哥感到有必要向全体蒙古人民证明他的即位是正当的。
关于继承权的争论中，拖雷系通过强调两次忽邻勒台的“合法性”巩固了蒙哥的执政地位。他们指出皇室的所有支系都曾派出代表，所以会议也因此宣布了合法的一致意见。相反地，他们强调，窝阔台系不讲信义地背叛了正当组成的忽邻勒台的决定。为使这个消息传遍各地，实行清洗的审判被当成讲坛，窝阔台的宗王们自己在法庭上陷入了绝境，供认了他们的罪行，承认两次忽邻勒台的合法性。蒙哥因此合法拥有了王冠。为了支持他们对汗位的所有权，拖雷系将蒙哥描绘成成吉思汗传统的化身，一位惟一不屈不挠恪守札撒的规范并具有执政资格的人。蒙哥本人自豪地主张“遵祖宗之法，不蹈袭他国所为”，简洁地概括了拖雷系这方面的情况。为进一步地努力使他们自身遮蔽在祖先的覆荫之下，1252年，拖雷系开始正式地对成吉思汗表示崇拜。同时，埋葬在父亲身边的拖雷被追封为汗，并且也成为官方倡议的崇拜对象。为反驳拖雷系的说法，窝阔台系只是争辩成吉思汗在指定窝阔台为他的继承人，曾经打算将汗位保留在他第三个儿子的家族里，因而，无论蒙哥得到什么资格或认可，都不能被认为是合法的大汗。当然，他们的前提是，拖雷系有争议的继承权源于成吉思汗和窝阔台在这个问题上的声明互相矛盾。无论拖雷系的这些或其他断言是否真实都不是关键，重要的是拖雷系广泛而且有效地传播了有利于他们的合法继承权的可信的事实。
政府机构
早在即位之前很长时间，蒙哥就为了可能将转移到拖雷系手中的皇家权力建立了一个影子政府。新的中枢机构代替了由镇海和合答为首的政府，以皇家护卫军的指挥官忙哥撒儿为首脑。忙哥撒儿是一个来自札剌儿部的蒙古人，职位是也可札鲁忽赤。他负责管理中央政府的日常事务，并监督诸王分地的管理。仅次于他的是克烈部的孛鲁欢，一个聂思脱里派的基督徒。他负责书记和财产管理，安排会见，并且随时记录大汗的旨意。忙哥撒儿死于1253年，此后，孛鲁欢继承了死去的同僚的职位，但未改变他原先的职能。
在两届政府中，中枢机构在汉语中都被称为中书省，其下再划分出几个部，各自有自己的长官。这些部分别负责祭祀和萨满、管理斡脱商人、驿站（站赤），以及国库和武器库。在政府的上层官员中，掌权的几乎都是蒙古人。然而具体办事人员，大多数都是非蒙古人，因为每个上层官员都需要一大群能流利地使用帝国疆域内各种主要语言——比如汉语、吐蕃语、畏兀儿语、党项语、波斯语以及蒙古语——的书记，以协助他进行工作。办事机构是如此之大，保存的记录是如此广泛，以至哈剌和林的1/3归他们专用。他们在许多大营帐中生活和工作，并且经常陪同大汗出巡。
根据一种固定的制度，蒙哥用他自己的扈从以及拖雷系的部众充实了中央政府，其核心人物都是从他的父亲那里继承来的。忙哥撒儿和孛鲁欢的经历显示了这种选拔人才的模式。最初这两个人的祖先在成吉思汗的护卫里担任低级职务。成吉思汗死后，他们的家庭由拖雷继承，从此忙哥撒儿和孛鲁欢开始了在拖雷护卫中任职的生涯。拖雷死后，这两人都为唆鲁和帖尼别吉效力，并且在蒙哥即位前的年代里被提升到了蒙哥家族机构中显著的地位。这种选拔和效力的模式在低阶官员中同样适用。中书省里所有的汉人书记的经历都从担任拖雷或蒙哥的怯薛中的必阇赤开始。总之，蒙哥手下所有官员的能力和忠诚都在拖雷系完全控制政府之前而效命于拖雷系的年代里被考验并进一步证实了。在早期的蒙古帝国里，试图在这种选拔的过程中区分出护卫、家族和中书省有什么机构上的明确差别是困难的，这样做也许是没有意义的。从任何角度来讲，它们都是一个统一体，它们同时作为护卫机构、精锐军队、法庭和帝国政府而存在。
在中书省之下，蒙哥保留了由窝阔台最初设立的地区行政机构体系。这些机构被恰当地称为行省（汉语称作行中书省），实际上是中书省的分支机构。蒙哥选择的掌管这些行省的人——中原的马合木·牙老瓦赤，阿母河的马思忽惕伯，还有伊朗的蒙古斡亦剌部人阿儿浑阿哈——都是自贵由时代留下来的。这三人之所以能够在政权的更替中生存，是因为他们都是有经验的行政官员，而且，至少从理论上讲，他们是在帝国定居部分中成吉思汗整个族系的代理人。
蒙哥尊重在各地区共同掌权的原则，允许有关蒙古诸王各自任命代理人（在波斯的记载中称作“那可儿”）在行省任职。例如，在中原，马合木·牙老瓦赤的主要助手是忽必烈的一个汉人助手赵璧。值得一提的是，这位花剌子模人的另一个助手，是大汗自己家庭的长期追随者不只儿。同样的情况也在伊朗通行，拔都、旭烈兀、唆鲁和帖尼别吉以及蒙哥都在阿儿浑阿哈的幕府里安插了他们指派的那可儿。在地区一级，本地的精英人物，例如，斡罗斯公国的贵族和吐蕃寺院的教派通常留在适当位置，在由大汗从家臣中指定的达鲁花赤（在西部地区通常被称为八思哈）警惕的监视下执行政府职能。这样的管理体系本质上是在蒙哥以前诸汗时形成的。实际上，蒙哥并非是改革者，他仅仅是运用流传下来的制度。然而，他是一个成功地支配着政府机构的强有力并且从不倦怠的管理者。当然，他能够直接驱使和牢固控制他的中书省，因为他与他的机构生活、工作、饮食都在一起。而且在他的直接监督下，中书省从上面严密地监控着地方政府的工作，经常审计他们的账簿，审查各级官员。另外，蒙哥的那可儿被直接派往行省，从内部监视那些机构，而且，他的达鲁花赤从基层仔细地检查那些人的所做所为，向大汗报告任何反常行为。蒙哥对他的帝国的各项管理活动——从策划到实施——都了如指掌，并且专心致志，因而在绝大多数场合他有可能不顾宗王或地方势力的反对，推行他的政策。
宏大设想
不同于他的前任贵由，蒙哥登上汗位时已胸有成竹。他对帝国有着宏大的设想，既包括国内的改革，又包括对外扩张。在计划中，蒙古人民，无论是贵族还是百姓，都将注意力和精力完全投入其中，并为他的统治成功做出重大贡献。
大汗在1251年的忽邻勒台之后很快就首次宣布了他的改革措施，其目的是要保证中央政府自由利用帝国的财物并削减诸王和官员们无限制的征税。作为第一步，蒙哥废除了自成吉思汗时代以来所发布的象征权力的牌符、印章和札儿里黑（诏旨）。这样做的目的是为了从他的对手那里夺取帝国的资源，使他们不能继续未经许可就占用物品和劳役。他还严格地限制了他们使用站赤即驿站系统。诸王、官员、宗教的显要人物和斡脱商人早已习惯利用站赤为他们的个人需要服务，这妨碍了帝国驿传的使用，还增加了被分配去维护驿站的平民家庭本已沉重的负担。此后，只有官方授权的个人才有权力使用这个系统。分地宗王的权力也受到严密的监视，如果没有首先与帝国宫廷协商，他们再也不许对他们私人领地中的百姓随意召集和征税。最后也是最重要的，蒙哥在他整个帝国里对估税和征税制订了统一和固定的体系。作为保证最大征税量的措施，大汗发布旨令，在已归属蒙古人统治的领土内恢复经济；在各个战场，破坏和屠杀要控制在最小程度；遗弃农耕地和被破坏的城市对帝国国库毫无益处。
这些改革的效果是很难衡量的。1258年对报达的掠夺表明破坏性的行为仍在继续。但即使旧习性非常顽固，蒙哥仍在认真地努力去阻止对定居地区进行不必要的破坏。事实上，严重违反旨意的蒙古官员受到严厉处罚。1258年的某个场合，大汗鞭打了他儿子阿速带的随从，原因是在汉地干涉农业活动。同时，他对从汉地农民的菜园里抢夺蔬菜的官员处以死刑。在另一事例中，一名被控谋杀了一个波斯平民的蒙古万户长在犯罪地点呼罗珊的城市徒思的城门前被处死。复兴的计划也产生了一些实际效果。1219年～1223年间遭到严重破坏的突厥大城市的经济生活恢复到了被征服前的水平；中原的一些区域，例如河北的邢州，也被重建。为了支持这次改革，蒙哥将斡脱商人置于控制之下，大幅度减少宫廷的支出，并且成功贯彻并实施了新的税收措施。分地内部的状态的资料是有限的，但是只要大汗感到帝国利益受到危害，他就会对这些领域进行干预。
蒙哥不是出自道德的考虑，而是为获得并控制支持扩张计划所需的资源而减轻和调整他的臣民的负担。他打算同时对南宋、高丽和西亚展开大规模的进攻，这样，从掠夺成性的诸王到逃税的农民，任何妨碍和阻止物资流动的人都会引起蒙哥的愤怒和憎恨。在计划中，平民仍然被压榨，但这是在一个正规和有系统的基础上，并且限制在帝国代理人的管理下。通过将内部的改革和新一轮扩张相结合，蒙哥完成了两个较为重要的目的：首先，他使分裂的蒙古的统治精英忙于准备和实施军事作战行动；其次，以为军事行动取得物资为名，他使权力集中于中央，因而得以巩固对汗位的掌握。在这些情况下，对不满的诸王来说，在帝国贯彻成吉思汗命令他的人民去征服世界的遗愿时，是很难对蒙哥的权力发起挑战的。多数蒙古人，不管他们在其他问题上有什么分歧，通常都同意蒙古帝国的主要使命就是征服。无论这些政策中有多少是为自己利益服务的，都不能认为蒙哥只不过巧妙地利用成吉思汗的言语和声望来为自己的个人利益服务，他看上去是真诚地相信蒙古人有一个伟大的使命——统治全世界，并且对他来说，使他祖父的遗愿化为现实是义不容辞的。
人口调查
为了确保进一步的征服战争所需的物资，蒙哥要求进行新的并且精确的全国性人口调查。这次人口调查旨在认定并动员帝国的财富和人力以投入战争，因而将牲畜、果园、原料（例如铁和盐的储备）还有人都列入清单。无论是调查范围还是严密程度，蒙哥的统计清单都超越了以前窝阔台和贵由的成就。
在中原进行的调查始于1252年，是在蒙哥派驻马合木·牙老瓦赤机构里的代表不只儿的指导下进行的。在1255、1257和1258年进行的补充调查弄清了流动人口的数字，并对新近投降地区的居民进行登记。在西亚，人口调查由阿儿浑阿哈负责。他与大汗的私人代表密切合作，在阿富汗、伊朗、伊拉克以及外高加索进行调查，时间在1253和1258年间。在金帐汗国所做的登记最初于1254年发出命令，事实上统计在1254年开始于北高加索，1259年在斡罗斯公国最北端的城市诺夫哥罗德达到高潮。
在这次调查里，就像以往一样，进行人口调查的队伍由大汗、各地区的汗以及其他有关的皇室成员的代表组成。积累起来的资料登记入册，调查一结束，就直接呈送给蒙哥。因为最新的人口调查数字都在控制之下，中书省能够对他们预期从特定地区或者附属国所得到的征税数量和军队征兵数目做出合乎情理而又精确的估计，这样使地方势力很难克扣应当上缴中央的资源。按照马合木·牙老瓦赤于13世纪30年代在突厥斯坦创立的制度，平民百姓的纳税负担在被登记的时候就分别确定了。依照他的设计，一共只有三种基本税：向成年男子征收的人头税，以钱币支付；由农村人口以实物支付的农业税，以及在城市的市场和许多关卡所有商业交易以现金收取的商业税。
忽卜绰儿是在帝国的每一处按照个人的支付能力而确定征收的。最初的税率在每年穷者1个第纳儿和富者11个第纳儿之间。但在事实上，这种方案只在最初制定和进行试验的地方——帝国的伊斯兰地区实施过。在中原分等课税的原则被保留下来，但忽卜绰儿（汉语科差或差发）的几个重要方面被修改，以适应汉人的习惯。在那里，收税以家庭为基础，而非个人，而且交纳珍贵物品，特别是丝绵以及白银。而且，最初每户每年为六两白银和半斤丝绵的最高税额，很快就减少了。蒙哥时代的科差，除了用白银交纳的部分数量增加了之外，与耶律楚材1236年进行的税制改革以后的情况差不多完全一样。为了促进这项赋税的征收，蒙哥做出努力，在帝国各地，至少在那些已经有了货币经济经验的地区，投放更多的货币进入流通。在中原，根据皇帝的命令，在1253年建立了一个纸币流通的管理机构（交钞提举司）。毫无疑问，根据1254年鲁不鲁乞在哈剌和林所观察到的实例，交钞提举司实际上发行过纸币。但汉文史料没有指明这种货币的流通范围和支付科差款项的作用。然而，正如鲁不鲁乞在他著作中的某个地方特别提到的那样，汉人定期向他们的领主交纳不明数量的丝绵，以及1500个雅思科特。由此可以做出合理的推测，至少在蒙哥统治初期，纸币实际上并未被广泛地运用于纳税上。在中亚、伊朗和外高加索确实有迹象表明，地方造币厂在13世纪50年代中叶制造了大量的第纳儿，忽卜绰儿实际上是用这种货币交纳的。在金帐汗国的疆域内，只有伏尔加的不里阿耳地区在交纳贡赋时使用货币。斡罗斯公国从没有制造货币的传统，所以蒙古人满足于征收毛皮或其他价值昂贵的商品作为忽卜绰儿。
在游牧民之中，忽卜绰儿仍然是依照畜群的规模进行计算的。蒙哥即位后，开始于斡兀立海迷失时期的过高的什一税很快就被废除，恢复了以前的百一税。至于农业税，蒙古人在许多地方都依照当地旧例，在中原，他们保持了由耶律楚材精心设计的体系，征税的数目，在土地的数量和质量的基础上进行估价。在西亚，则普遍使用流行于伊斯兰地区的什一税。因此，概括地说，蒙哥很快就设立了三种税，实行于全帝国的定居地区。每一种税种的估税和税率都有明确的规定，而且规定了贡品和农业税每年只征收一次。虽然不合理的现象继续存在，过度征税也没有完全杜绝，但政府继续不断努力，参照各地方的惯例和经济现实状况，对征税清单进行调整。即使存在不断的调节（通常在地方一级），在帝国极其复杂的居民中仍实行着相当统一固定的体系。
蒙古人为了实现军事目的而进行的新兵征召与人口调查也有着密切的关系。人口统计以后，中国北方的人口被分为三个基本种类：军户、民户、投下户。军户以“土绵”（汉语称为万户，意为1万个家庭）为组织，在理论上，每个万户可以提供1万个士兵作为蒙古正规军的辅助兵种参加战斗。在蒙哥统治期间所动员的新军总数已无法知晓，我们可以从不同地区报告的数字做出判断，那会是一个很大的数字：1255年，山东建起一支2万人的军队；1257年，格鲁吉亚提供了10个万户。此时的蒙古野战军队具有两方面特征，一是庞大，二是多民族化。在1253年到1259年之间进攻宋朝的军队，除了蒙古人和突厥分支军队以外，还包括了汉人、西夏人、高丽人、畏兀儿人，以及阿速人。阿速人是北高加索的居民，在1254年的人口调查之后被迫服役。
除了正规的新兵征集之外，人口调查还被用于甄别有技能的工匠，然后将他们分派到帝国的武器制造部门、矿山工作，或者作为特殊兵种在军队中服务。蒙古人的人力动员系统的有效性和灵活性可以用下面的事情说明：一支由1000名汉人炮手组成的军队随同旭烈兀西征，帮助他攻破了报达的城墙。蒙哥之所以能够向他的弟弟提供这样一支军队，是因为在1252年的人口调查期间，所有中国北部的铁匠、木匠和黑色火药的制作者都被登记为炮手，并建立了专门的名册。所以当后来他们认为西亚需要那些专门人才的时候，蒙哥和他的顾问们只需要打开专门的名册，找出所需数量的适当人选就可以了。
征服战争
1251年的忽邻勒台达成协议，开始计划向西亚、高丽和中国南部发动一系列战役，蒙哥决意要完成成吉思汗的遗愿，而且自信他可以动员到所需的军队和物资，于是便迅速地实行了新的征服计划。随后的一年，已经准备好能够同时展开三个方面的行动。出征西亚的军队集中于蒙古西部。先锋军于1252年夏天出发。次年，主力出发。虽然名义上是由大汗的弟弟旭烈兀负责，但当军队抵达预定目标后，战场实际的作战指挥便被委托给怯的不花。他是先锋军的指挥官，蒙哥家族的管家。遥远的征途，大量的人畜，随军携带的辎重和围城的装备，由此可以想见后勤方面的困难是多么的巨大，旭烈兀挥军西进的计划需要多么精心的安排。西征军的主力于1256年抵达呼罗珊，在那里会合了来自金帐汗国和察合台汗国的增援部队，还有根据最新的人口调查动员起来的为数众多的地方辅助部队，包括波斯人、亚美尼亚人以及其他民族的成员。最初使人感受到这支联合军团令人生畏的力量的是他们击溃亦思马因派的战斗。亦思马因派（他们作为刺客集团而为欧洲人所知）是伊斯兰教的一个派别，以暗杀作为政治武器而名声昭著，并且令人生畏。刺客们隐藏在伊朗西北部的群山之上，用众多的城堡组成网状防御系统，并进行了殊死的抵抗。但在蒙古军持续数月的攻击之下，他们开始投降了。1257年年初，亦思马因人的多数城堡停止了抵抗，他们的领袖也被蒙古军俘获。蒙哥深深地认识到亦思马因人的特殊技能，出于对自身安全的考虑，他下令将所有幸存的亦思马因人处死，从该派大师开始。
接着，旭烈兀挥师前往阿拔斯哈里发王朝所在地报达。哈里发谟斯塔辛拒绝了旭烈兀让他们投降的命令，此举无异宣布了他自己和大多数报达市民的死刑。蒙古的各路人马在1257年下半年会师城下，并且构成了严密的包围圈。1258年2月，怯的不花的攻击部队攻克了报达，在接下来的七个充满血腥的日子里，蒙古军肆意地在城中进行掠夺和大屠杀。与此同时，还进行着一些次要的战役：伊拉克和伊朗西部的中等城市都受到攻击，大量的远征军被派往克什米尔和昔思田。1259年，这些战役结束了，旭烈兀完成了蒙哥交付的任务，在西亚牢固地建立了蒙古人（拖雷系）的统治。旭烈兀试图扩展他新建立起来的王国，又将攻击的矛头指向了更遥远的叙利亚。但是，其结果是一场大灾难，埃及的马木鲁克王朝于次年九月在爱音扎鲁特击溃了入侵者，并俘虏了蒙古军的统帅怯的不花。
在亚洲的另一端，于1252年下半年展开了对高丽人的攻击，指挥官是成吉思汗的弟弟拙赤合撒儿的长子诸王也古。这一次，蒙哥错误地选择了指挥官，也古既不忠诚，也不服从命令，而且拙于处理各种事务，因此，大汗在1253年下令由皇帝护卫军的官员札剌儿带取代了他的职位。札剌儿带在以后的五年里取得了一些进展，但是仍然无法彻底战胜勇敢地进行抵抗的高丽人，这迫使蒙哥在1258年又向半岛派遣了大量援军。虽然向战场上投放了大量生力军，在高丽人勉强地承认了蒙古的宗主国地位之前，蒙古军仍然在苦战中度过了一年。
在中国南部前线，也有大批蒙古军队在调动中。如果对宋进行正面攻击，就需要冒险强渡长江下游，其代价将会很高。为了避免这一点，蒙哥决定在中国西南部建立一个作战基地，从那里可以发动侧翼的攻击。出于这个想法，在1252年夏末，蒙哥派遣他的弟弟忽必烈远征并占领南诏——或者更严格地说是大理，这个王国被云南的段氏家族所统治，连接着宋朝防御很薄弱的西部和西南部边境。蒙古军自陕西出发，在秋天抵达黄河上游的一条支流洮水。先锋军由汉人将领汪德臣率领，攻入四川盆地，击溃宋朝地方守军，在利州城（后称保宁）建立起蒙军的主要基地。通向南方的道路已被扫清，交通线安全可靠，于是忽必烈率领主力部队向大理国前进。1253年秋天，在越过了荒凉多山的地区之后，忽必烈将指挥部设在了云南西部的金沙江畔。在这里，他将军队兵分三路，目标直指王国的首都大理。
1253年十二月到1254年一月之间，大理被征服了。虽然大理的统治者曾经拒绝了忽必烈要求他们投降的命令，但首都及其居民们还是被饶恕了。如同曾经在其他许多地方所为，蒙古人保留了当地的王朝，将其置于蒙古官员的监管之下。国王段智兴在晚些时候被送往蒙古，并且授予“摩合罗嵯”的称号。
1254年底，忽必烈回到蒙古本土，与他的大汗兄长会面。速不台的儿子兀良合台是蒙哥派给忽必烈作远征军指挥官的，他留在西南指挥进攻当地的蛮人和罗罗部落。他的平定工作确实是成功的，1257年初，在与宋军的一次交锋后，他回到了甘肃北部。从那里，他派遣使者前往蒙哥的宫廷向大汗禀报：云南已经牢牢地在蒙古人的控制之中。皇帝对兀良合台的成绩感到满意，因此给予他荣誉和慷慨的赏赐。随后兀良合台又返回云南，着手准备蒙古人对东南亚的第一次入侵。1257年下半年，他进入安南，迫使统治该地的陈王朝逃往一个孤岛以求安全。第二年春天，安南国王意识到任何进一步地抵抗都是徒劳的，便将他的儿子作为人质送往大汗的宫廷，表示承认蒙古人的宗主权。现在，到蒙哥亲自出场的时候了，长期计划的征服南宋的战争开始了。
蒙哥在位期间，中国北部的管理在很大程度上被他和他的弟弟忽必烈之间的关系所制约。这种关系的基本特征，通过将忽必烈在中原的地位与旭烈兀在西亚的某些类似状况加以比较，可以得到最好的展示。
他们所得到的相似的地位来自于大汗有意识的安排：1251年秋天，忽必烈和旭烈兀同时被授予了作为宗王的管辖范围。正如拉施特所指出的那样，这一次大汗明确地而且直截了当地让两位王子作为他的左膀右臂。他们的任务也是完全相同的。旭烈兀被分派在西亚扩展并巩固蒙古——拖雷系的努力，忽必烈则是在东亚做同样的事情。为了实现他们的任务，两个王子分别得到了由怯的不花和兀良合台指挥的蒙古野战军队，这两人是蒙哥从自己的私人护卫里选拔出来的。出于行政管理的考虑，两个王子被允许各自建立一支由当地的专门人才组成的官员队伍——旭烈兀手下主要是中亚的回回人，忽必烈手下则是汉人，以帮助他们管理他们的领地。然而蒙哥保留了在两个兄弟的管辖范围之内任命或解除重要官员职务的权力。换句话说，二者都是“伊利汗”，也就是从属的汗，他们对各自领地所拥有的权力，完全取决于大汗的意愿。另一方面，因为他们的土地都是在再次分配中由他们的长兄所授予的，而不像术赤系和察合台系在成吉思汗进行最初的封赏时就得到了各自的土地和封号，所以他们二人都没有得到像其他地区的汗一样的地位。尽管他们的地位实际上相同，他们的职责也完全一致，但兄弟二人和蒙哥的私人关系却在几个重要方面有所不同。拿旭烈兀来说，他满足于他的身份。他通过正式采用伊利汗这个称号的方式大肆宣扬他对大汗的服从，而且，根据记载，他从未与蒙哥发生严重的争执。作为另一个臂膀的忽必烈，是比较难驾御的。他时常向大汗的权威挑战。深藏不露的觊觎大汗权力的野心，使忽必烈对中央政府进行详细的研究，还经常与大汗及其代表发生冲突。例如，1252年，他与不只儿发生争执，因为他发现对方过于倾向将在法律上犯有小过失的汉人臣民处死。毫无疑问，在这一年，由于那些试图阻止把回回的理财方式引入中国的儒生谋士的影响，忽必烈及时向大汗表示了他对花剌子模人马合木·牙老瓦赤被重新任命为中国北方行省首脑的不满。随后在马合木·牙老瓦赤与忽必烈在行省的代表赵璧之间出现的关于管理方式的冲突，其实不过是反映了大汗与忽必烈之间不断增长的紧张关系而已。
在忽必烈管理中国北部的问题上，他们之间最严重的对抗爆发于1257年。事件的发端在1251年。这一年，忽必烈获得了对中国北部的宗王管辖权，他当即在河南、京兆（在今陕西）和邢州（在今河北）开始了一系列的改革，计划在这些地区重新建立中国模式的政府，使这些地区经济得到复苏。1252年，当蒙哥宣布他决定为皇帝家族分配新的封地的时候，忽必烈采纳了他最信任的儒士幕僚之一姚枢的建议，要求并得到了位于战略要地又极富饶的渭水流域作为他的私人分地（忽必）。过了两年，在云南战役及与大汗的会面之后，忽必烈回到封地，倚仗谋士们的帮助，继续着他对管理体制改革和使经济恢复元气的努力。他在京兆进行的工作，就像在河南和邢州所做到的一样，取得了相当大的成功和进步，而且在1257年以前一直没有受到干扰。1257年，蒙哥对忽必烈的行为发动了一次出人意料的大规模调查。他有理由怀疑他的兄弟试图在京兆及河南建立一个独立的政权基础，并且可能借此对汗位发起挑战。
开始进行调查的理由显然是因为有人控告在陕西存在着贪污受贿的情况。领导调查的是哈剌和林护卫军的副长官阿蓝答儿。他率领的调查组迅速地前往陕西和河南地区，查封了大批行政档案，下属地方官员都受到了严厉的审问。基于他们所发现的情况，在报知大汗并得到了准许之后，调查机构将忽必烈任命的陕西宣抚使罢免，并且迅速将他的一些下属处死。为了进一步表现大汗的权力，蒙哥命令在这个省份征收特别税。这种税在对其支付和运送方法稍作调整后，实行全额征收。受到了这种颠倒黑白伤害的忽必烈，此时尚无力与大汗对抗。按照姚枢的劝告，他采取了惟一可以选择的行动，在1258年初前往蒙古本土，以此重申他对大汗的忠诚，并请求他长兄的原谅。后者从这一谦恭的行动中得到了安慰，虽然严格地制约了忽必烈管理中国北部的权力，但是没有采取进一步的惩罚措施。
蒙哥先发制人的清洗得到了完全的成功，现在他认为事情已经结束，而且作为对忽必烈恢复了信任的表示，大汗邀请他那悔过了的弟弟协助策划并实施进攻宋朝的第二阶段的战役。
蒙哥之死
当兀良合台所指挥的云南战役看来已必胜无疑的时候，蒙哥开始认真考虑对南宋进行大规模的正面攻击。从1254年开始，蒙古人沿南宋北部边界的袭击和侦察活动增加了，同时展开了政治攻势，其目的是促使宋朝边境官员叛逃。1256年的夏天，以宋朝扣押蒙古使者为理由，大汗正式宣布了攻击宋朝的意向，并为这一军事行动的计划进行了初步的商讨。1257年初，进攻部队被派往南方，蒙哥决定亲自指挥参与此次战役的三路兵马中的一路。一年以后，大汗在前往南方的路上经过戈壁，在那里他会见了忽必烈和其他宗王，仔细检查即将到来的战役的细节。在1258年春天，蒙哥和他的军队抵达甘肃的六盘山，并建立了临时的大本营。他在这里度过了无月，为长驱直入四川做最后的准备。
尽管在忽必烈攻打大理的时候，四川曾被蒙古部分地占领过，它仍然牢牢地掌握在南宋的手中。宋的统帅调动可以利用的所有军队以加强散布在这一地区各处的堡垒城市。因此，蒙哥将他的军队划分为三支独立的队伍，然后着手一个接一个地攻陷那些堡垒。大汗作为其中一支军队的指挥官，于1258年秋天攻入四川北部，通过猛烈的攻击占领了一些城市，随后到达了自1253年起就在蒙古人掌握中的利州。在检查了利州的防御工作之后，他移师前往四川盆地的中心地带。在那里，他将1258年的剩余时间都用来围困各城市，还接受了为数颇多的南宋官员的投降。1259年初，他挥师前往四川西部进攻雅州（今雅安），于一月将其攻克。然后，蒙哥回师向东，挺进到嘉陵江畔的一个主要堡垒城市合州，并在其周围集结了数量可观的军队。对这座城市的攻击于二月开始，战事在整个春天和夏天愈演愈烈。但是，合州进行了顽强的抵抗，成功地击退了蒙古人的进攻。7月，由于无法攻克此城，蒙哥下令解除包围。在留下了3000人对合州加以封锁以后，大汗派遣了大部分部队前往袭取四川南部的重庆。在此期间蒙古军的两支偏师投入了战斗，从不同的方向攻入宋的领土。当蒙古宗王塔察儿在东翼谋取淮南（今安徽省）的时候，忽必烈在1259年八月统领中路军在湖北开辟了新的战线，进攻长江中游的南宋城市鄂州。与这些战役相配合，兀良合台统军自云南南部向东北进入南宋疆域，其目标是与忽必烈的军队会师长江。现在，蒙古野战军队从北、西、南三个方向同时发动了攻击，宋朝的防线受到了严重的威胁，偏安的朝廷处在生死关头。终于，他们所面对的不幸局面得到了暂时的缓解。1259年八月，因为痢疾，或者是因为在合州城外的山岭中被宋的抛石机击中所受的创伤，蒙哥死了。他的将领们停止了在四川的行动，将他的遗体运回北方，并将他的死讯通知皇族。一个月后，忽必烈得知了长兄的死讯，他立即终止了对鄂州的围攻，同时取消了所有即将对江南进攻的进一步计划。对宋朝来说，蒙哥之死意味着他们得到了20年的喘息机会。而对蒙古帝国来说，此事带来了一场新的引起分裂的继位冲突，其所造成的伤害是永远无法完全恢复的。
1259年二月，蒙哥率全军渡鸡爪滩，至石子山，猛攻钓鱼山（今四川合川东），因宋将王坚恃险坚守，屡攻不克。天气暑湿，军中疫疠流行，兵士多病死，蒙哥亦染疾，七月逝世于钓鱼山。后追谥桓肃皇帝，庙号宪宗。
斡兀立·海迷皇后
海迷失（1249年～1250年）元定宗贵由长皇后。贵由一死，其遗孀斡兀立·海迷失正式宣布摄政。多桑认为斡兀立·海迷失出身于斡亦刺惕部，尽管伯希和对此已作纠正，认为她属蔑儿乞部。1250年，在塔尔巴哈台的叶密克和霍博地区，或者说，在窝阔台家族的世袭领地上，她接见了来自法兰西路易九世的使者、天主教多米尼克修会的三位教士：安德烈·德·朗朱米和他的兄弟盖依，以及让·德·卡尔卡松。他们经波斯（桃里寺）和沿怛逻斯河而来。她把他们转呈的、法王送给她的礼物作为贡物接收，并要求法王应该更明确地表示臣服于她。使者们最早是于1251年四月才在凯撒里亚见到路易王。
斡兀立·海迷失很想把王位传给窝阔台系的一位王子，要么是贵由的侄儿失烈门，或者最好是传给她与贵由所生的忽察（当时还很年幼）。但是，作为成吉思汗家族之首的拔都在这些事情上起了主导作用，他决定排除窝阔台系。更准确地说，他与拖雷的遗孀唆鲁禾帖尼（或名莎儿合黑塔尼）联合起来，唆鲁禾帖尼是克烈部人（王罕脱斡邻勒的侄女），因此也是一位聂思托里安教徒，她不但精明，还很明智。早些时候，当贵由对许多成吉思汗宗王们有损于国家的、滥用权利的罪行进行严肃调查时，已经证实了由于她的缘故，拖雷家族的行为自始至终被认为是无可指责的。现在，在她看来，她家族的转机来到了。她可以说服拔都提名她与拖雷所生的长子蒙哥为大汗。因此，大约于1250年在伊塞克湖以北、拔都的阿拉喀马克营地，为此目的召开了库里勒台，会上，拔都推举和强加于大会的人选正是蒙哥。然而，投票赞成蒙哥的只有术赤和拖雷家族的代表。正如巴托尔德所指出的那样，窝阔台和察合台家族的代表们或者是未出席这次集会，或者是在选举前就离开了阿拉喀马克。当他们得知蒙哥的提名后，他们拒绝承认这次选举，理由是这次集会是在远离成吉思汗的圣地的地方召开的，无论如何，参加的人数很不充分。因此，拔都决定在斡难河，或者怯绿连河畔的原蒙古圣地上再召集一次有更多的人出席的库里勒台。他邀请窝阔台和察合台家族的成员们参加，当然，他的邀请遭到了拒绝。不顾他们的反对，拔都委托他的弟弟别儿哥在怯绿连河畔的阔帖兀阿兰重新召集了一次库里勒台。别儿哥不顾窝阔台家族的抗议（该家族的成员们拒绝承认他们从王位上被排挤掉），也不顾支持该家族的察合台兀鲁思首领也速蒙哥的抗议，宣布蒙哥为大汗。于是，帝国的统治权最终从窝阔台家族转归拖雷家族。
这次政变相对而言是轻易地获得了成功，其原因由以下事实可以说明：蒙哥是强者的典型，与他相比，正统的窝阔台诸王们既年幼又不受尊重。此外，拔都作为成吉思汗家族的长者和长支之首，在王位空缺期间居于一种行使独裁权利的地位。然而，窝阔台家族被赶下王位和拖雷家族获胜是对正统性的侵犯，主要受害者不可能不进行任何反抗就接受它。被罢黜的窝阔台宗王们（其中最突出的是失烈门）在库里勒台快结束时到达，好像是来对新选出的大汗表示效忠，而实际上似乎是想袭击并推翻新汗。但他们的计划被发觉。他们的卫队被缴械，他们的顾问被处死，其中包括合答黑和镇海。他们自己也被拘捕。
蒙哥严厉地惩罚了这些不幸的堂兄弟们。前摄政皇后斡兀立·海迷失被剥去衣服受审，然后被缝入一口袋，投入水中淹死。蒙哥十分憎恨她（他告诉卢布鲁克说，“她比一条母狗更卑贱”）。蒙哥的弟弟忽必烈把失烈门带往驻扎在中国的蒙军中而暂时救了他，但是，后来他未能阻止蒙哥把这个可怜的年轻人投入水中淹死。贵由年幼的儿子忽察被放逐到哈拉和林以西的地区。合丹像海都一样，主动投降，得到赦免。当时很可能有一位与合丹同名的人行使了蒙哥对贵由安置在波斯的高级大臣野里知吉带的报复。因此，合丹和海都仍保有叶密立兀鲁思。后来海都举起窝阔台正统性的旗帜，给蒙哥的继承者造成了很大的麻烦。最后，蒙哥处死了察合台兀鲁思的首领也速蒙哥，他曾站在反对蒙哥的一边，蒙哥以察合台家族的另一个王子、哈刺旭烈兀取代了他。以后又以哈刺旭烈兀的遗孀、兀鲁忽乃公主继位（1252年）。察合台的另一个孙子不里被交给拔都，拔都处死了他，因为他在欧洲战争时犯下了反对拔都的罪行。
唆鲁合贴
唆鲁合贴，即唆鲁和贴尼，她一共生了四个儿子，其中有三人终身称帝，还有一个儿子运气稍差，没能把皇帝这个工作干到底就被撤了职。
四帝之母
按照出生的先后顺序，这四个儿子的名字分别是：蒙哥、忽必烈、旭烈兀、阿里不哥。——蒙哥是蒙古帝国大汗，忽必烈开创元朝，旭烈兀为伊利汗国（波斯）皇帝，阿里不哥则曾经与忽必烈争夺帝位并一度占上风，称蒙古帝国大汗（皇帝）近四年（1260年～1264年）。而这四个儿子之所以能够登上人间巅峰，关键的原因在于他们不但有一个深得成吉思汗信任的父亲拖雷，更有一个睿智精干的母亲唆鲁和贴尼。
唆鲁和贴尼是什么时候嫁给拖雷的，已经难以考证。可以确定的是，她是拖雷诸妻中年纪最长、最早嫁给拖雷、也最受宠的。在拖雷的十一个儿子中，出自她腹中的就有四人。做为后妃、做为母亲，唆鲁和贴尼无疑是幸运并且成功的，但是做为一个女人，唆鲁和贴尼却四十岁左右就成了寡妇。造成这两种情形的理由都只有一条：她是拖雷的妻子。
成吉思汗铁木真嫡妻孛儿贴一共为他生下了四个儿子。在这四个嫡出儿子中，拖雷是最幼子。按照蒙古习俗，幼子为“守产”之子，理应继承父亲的财产和牛羊。除此之外，拖雷本人更是同胞四兄弟中最有胆略才干的。因此，成吉思汗对拖雷的喜爱是不言而喻的。成吉思汗曾经让他担任监国，还曾经将拖雷称为自己的“那可尔”（同伴）。
成吉思汗曾经想将帝位传给拖雷，但是在家族内部纷争之中，他最后决定将帝位传给嫡三子窝阔台。大约是为了补偿，更因为蒙古习俗使然，成吉思汗随后将绝大多数的财产分给了拖雷。——有一个最直接的对比是这样的：拖雷所得军户为十万一千户，汗位继承人窝阔台仅得四千户。不过，蒙古帝国时期有一个这样的规矩，即使老皇帝有遗嘱，也必须通过忽里勒台大会的最后批准，新帝才能继位。这是一个必须得走的过场。
成吉思汗死于公元1227年七月十二日，在他死后两年间，蒙古汗国都没有正式确定新汗。最终，在公元1229年八月，蒙古诸王大臣齐聚，召开了忽里勒台大会。
会议由拖雷主持，由耶律楚材从中周旋。经过长时间的议论考量，实力最雄厚的拖雷表示愿意接受父亲的主张，将汗位给予三哥窝阔台。由于拖雷的实力实在太雄厚，虽然他已经点头应允，窝阔台仍然颇为踌躇，说当着这位弟弟的面登上汗位，自己很过意不去。经过多次推让，窝阔台终于被二哥察合台、弟弟拖雷、叔父斡惕赤斤一起又推又拉地登上了蒙古帝国的大汗宝座。窝阔台登上帝位之后，拖雷遵守诺言，尽心尽力地辅佐他。不过我们可以想象，窝阔台心里面不可能不对这位实力超群的弟弟满心忌惮。
公元1231年，窝阔台和拖雷率大军南征，目的地是金国。早在成吉思汗临死前，他就已经预言蒙古大军一定能够分头灭金灭宋，其中最重要的一条理由，就是金与宋之间有“靖康”的死仇，宋朝绝对不可能给予金国任何协助，反而会给蒙古帝国帮大忙。灭金之后再灭宋也就只是时间问题了。不幸的是，事实再一次证明了成吉思汗的战略远见，在这方面，他对战国年间“远交近攻”的策略即使不是再次发现，也可以算得是活学活用。当蒙古大兵压境之后，金哀宗果然接连遣使向南宋求和请援通好，宋理宋不予理睬，并且与蒙军结成了同盟。金国在左右夹攻之下，经过三年的挣扎，终于在1234年灭亡了，37岁的金哀宗自尽。勉强也算是一个祖辈造孽儿孙还债的下场。然而就在蒙古汗国凯旋北归的路上，窝阔台突然患病，口不能言。病情发展得很快，自起病后不到一个月间，窝阔台已经到命悬一线的地步了。随军的巫师用了所有的方法也不能阻止大汗走向死亡的步伐。最终得出的结论是：由于蒙古军队灭金之时杀戳太过于惨毒，触怒了金国土地上的鬼神，他们一定要报复，因此任何祭祀都没有作用，除非大汗自己死掉，或者堪与大汗地位相比拟的皇族死掉，才能平息他们的怒火。这时，拖雷站了出来，他认为自己正是有这个资格的人选：“父亲选择汗兄继承了汗位，承担了统率万国的至高任务，我辅佐汗兄，要把忘了的事情提醒你，睡着了唤醒你。如果失去汗兄，我能提醒谁唤醒谁？我愿意代死。何况在征战中杀人最多的正是我，造下无边罪孽的也是我，应该让我被带走。”既然他这么说了，窝阔台自然不会客套。巫师立即将木碗端来，里面盛着据说是抹过窝阔台身体后又施了咒语的水。拖雷将这碗水饮下之后，窝阔台果然霍然而愈，而四十来岁的拖雷却死了。由于拖雷有这样代兄赴死的“义举”，整个蒙古帝国上下，都将他奉若神明，窝阔台也非常感激。不过这事儿实在透着糊涂。被蒙古帝国灭得寸草不生的国家多了去了，金国的百姓好歹还剩了那么一些，怎么说，金国鬼神的怒气也不至于能高过那些国家的鬼神吧！再者说了，如果灭了一个国家，那国家的鬼神就要立即现世报灭掉仇家的一个高级成员，那蒙古帝国的宗王老早就该一个不剩了。何况，北宋王朝那般惨烈的靖康之耻，咋没见鬼神出来效个力啥的！
抚养子女
拖雷之死，成为元史中最大的一桩谜案。拖雷临死前，曾经嘱咐窝阔台照料自己留下的孤儿寡妇。然而再怎么照料，孤儿寡妇就是孤儿寡妇，何况从后来发生的事情来看，窝阔台照料的方法并不是很地道。
蒙古汗国盛行的是萨满教，当时的萨满教仍然带着原始宗教的印记，巫术、人牲、天意……以巫师的说法来解释拖雷之死，不但冠冕堂皇，而且还可以得到绝大多数人的认可。然而——唆鲁合贴尼却有一个特殊的身份，她是成吉思汗义父王罕之弟扎合干不的女儿。王罕的克烈部被成吉思汗灭掉，扎合干不也被杀。但是唆鲁合贴尼仍然坚持着克烈部的信仰。她信仰的可不是萨满教，而是“景教”，即基督教中的聂思脱里派，蒙语称之为“也里可温”。因此巫师的解释几乎不可能在唆鲁合贴尼这里过关。
几乎是从知道丈夫死讯的那一刻起，唆鲁合贴尼就敏锐地感觉到了事情另有隐情。不光是因为宗教信仰差异太大，更因为她深知蒙古汗国皇族内部的许多隐事——早年，成吉思汗就曾经派三名力士杀死了威胁自己权威的巫师阔阔出并毁尸灭迹，还声称是“上天”取走了阔阔出的性命和尸体。
不过，唆鲁合贴尼的理智很快就战胜了感情，再说人死不能复生，拖雷“义举”的名声肯定是比被大汗铲除的名声更符合实际需要，她没有做任何反应。与此同时，做为拖雷家族的当家人，唆鲁合贴尼开始严格地约束诸子及部属，既不让他们做任何违拗窝阔台大汗的事情，更不让他们彼此之间争执。总之，不能给别人任何整治拖雷家族的理由。然而，唆鲁合贴尼的默不作声，并不能平息窝阔台的疑心。他开始用各种方法挑衅拖雷家族。
窝阔台很清楚，拖雷家族如今的主心骨就是唆鲁合贴尼。于是他忽然颁下了一道诏书，要唆鲁合贴尼改嫁，而且是嫁给自己的长子贵由。拖雷死时，贵由刚27岁，比唆鲁合贴尼的长子蒙哥大不了几岁（蒙哥小的时候还曾经做过窝阔台一段时间的养子）。如今居然要让养子的母亲嫁给自己的儿子，很明显这不是一椿般配的婚姻。虽然说氏族中有“收继婚”制度，但为什么窝阔台放着那么多年貌更相当辈份更尊长的宗室王公不选，偏要选自己的儿子？隐藏在背后的真正原因，应该还是他想借机将拖雷家族的兵权财富统统纳入窝阔台系的囊中，也顺便使拖雷诸子没有母亲可依靠。（唆鲁合贴尼是王罕的侄女，本应与成吉思汗平辈，却嫁给了他的儿子；现如今窝阔台更要将弟媳妇变成儿媳妇）。
接到诏书的唆鲁合贴尼非常镇定，她委婉地答道：“我并不敢违背大汗的意旨，只是我已经立下誓言，一定要先把拖雷的儿女抚养到成年之时。我不能背誓。”既有拖雷为兄替死的名声，加上唆鲁合贴尼又说得这么心平气和，窝阔台实在找不出什么毛病，再加上年轻的贵由并没有领会父亲的用意，始终没有坚持非娶寡婶不可。窝阔台只好打消这个念头。
然而，贵由议婚之事并不是窝阔台唯一给唆鲁合贴尼找的麻烦。窝阔台在毫无理由、未经过任何宗室商议的情况下，就忽然把原属于拖雷家族的三千军户划到了自己的次子阔端的名下。这一次的挑衅如此公然，果然触怒了拖雷部下的将领，他们纷纷表示要去讨回这个公道。然而唆鲁合贴尼仍然不动声色，她劝阻了部属的冲动，并平息了他们的怒火。经过她的说明，她的儿子和将领们都明白了忍耐的重要性。——除此之外，唆鲁合贴尼甚至变害为利：既然自己的部属和财产是不能拿回来了，何不趁势和阔端结下友情？果然，阔端从此成了窝阔台系最为亲近拖雷家族的人物之一。只是可惜他死得太早了一点，没能为拖雷家族帮上更大的忙。
早在拖雷去世之前，与他最为友好的大哥术赤就已经去世了，而且术赤的封国是遥远的钦察汗国（顿河、伏尔加河一带）。然而，唆鲁合贴尼并没有因为术赤和丈夫去世、钦察汗国又地处僻远，就疏远与这一支宗王的关系，恰恰相反，在唆鲁合贴尼的主持之下，拖雷家族与术赤家族联系得更紧密了。这也进一步使得窝阔台不好轻易为难唆鲁合贴尼。
精心管理
由于在唆鲁合贴尼的管理下，拖雷家族长期以来都表现得服从温顺，时间久了窝阔台也就不再成心找岔了。此后尽管拖雷诸子统兵四出征战，军事实力越来越雄厚，他也不再把他们视做威胁，反倒对他们非常喜爱。窝阔台对唆鲁合贴尼也渐生愧疚之心，对她提出的要求一般都尽可能的满足。但是唆鲁合贴尼仍然没有立刻轻举妄动。
公元1241十一月，56岁的窝阔台因为饮酒无度离开了人世。由于他的六皇后乃马真脱烈哥那企图篡改窝阔台的遗愿，又想要自己称制掌权，致使蒙古帝国的汗国虚悬了五年之久。
在这五年间，无数的宗王都想打这个帝位的主意，互相打来打去，搞得乌七八糟。反倒是实力最强的拖雷一族，由于唆鲁合贴尼的审时度势，没有趟这混水。
在乃马真称制四年后的公元1246年春天，蒙古汗国又一次推举大汗的忽里勒台大会在哈剌和林召开了。由于窝阔台生前曾有交代，要由三子阔出之子失烈门继承帝位；再加上诸王都各有私心，因此都不太情愿让乃马真的长子贵由继承汗位，术赤之子拔都的不满尤为突出，他干脆连会议都缺席了。在这个时候，唆鲁合贴尼却表态支持贵由，而且她所带领的拖雷家族也是到达会场最早、最光鲜的一支。
当贵由终于登上帝位之后，他对唆鲁合贴尼非常感激，可着劲儿地给拖雷家族各种荣誉和权力。当然贵由报恩之余也没有忘记跟自己早有私怨的拔都。称帝之后，他立即决定率军讨伐钦察汗国。
唆鲁合贴尼当然立刻就知道了这个消息。她派出密使，将贵由出兵的消息暗暗通知了拔都。——不用说，在贵由感激涕零之后，接着就轮到拔都感激涕零了。有了这样两面逢源的局面，唆鲁合贴尼和她统率下的拖雷家族，能有未来那般远大的前途，也就是顺理成章的事情了。
这年四月，贵由率领讨伐拔都的大军刚刚抵达乌伦古河，就突然离奇死去了。关于他死因的多种说法几乎都与拔都有关系，甚至于有一种说法就是提早得知消息的拔都派人将贵由给毒死了。总之这一切多少都与唆鲁合贴尼的报讯脱不了干系。总之，刚刚当了三年大汗的贵由就这么死了。唆鲁合贴尼倒也礼数周到，第一个派人前去看望他的大皇后斡兀立海迷失。海迷失随后临朝执政。可惜的是她没有唆鲁合贴尼那样的头脑，更没有她管教儿子的本事。蒙古汗国又陷入混乱之中。在这个节骨眼上，拔都突然向宗王广发“英雄贴”，要他们到自己的钦察汗国来召开选举新汗的会议。由于拔都是成吉思汗的长房当家人，包括海迷失皇后在内的宗室都不得不给这个面子，即使自己不想来的也都派了代表前来。
不用说拔都也有心想打汗位的主意。但是经过一番权衡，他决定向拖雷家族投桃报李，主动提出要议立拖雷长子蒙哥为新汗。这不仅是因为拖雷家族与术赤家族关系亲密，也因为在唆鲁合贴尼的管教之下，儿子们不但都能征善战有心计，而且还异常的团结，实力非常的雄厚。在拔都的一力主持下，蒙哥被术赤家族和拖雷家族推举为新汗。这个消息立即引起了察合台家族和窝阔台家族的反对。然而此时的唆鲁合贴尼与蒙哥已经掌握了主动，在连续发出两年的邀请都被拒绝之后，蒙哥决定抛开那两个家族自行召开忽里勒台会议。
公元1251年夏天，蒙哥正式在哈剌和林登基称汗，同时追封父亲拖雷为英武皇帝，庙号睿宗。蒙哥称汗引起了窝阔台家族的强烈不满。他们认为当初早有誓言，汗位永远属于窝阔台系，如今怎么却变成了拖雷家族的呢？于是贵由的儿子脑忽联同窝阔台的另两个孙子忽秃黑、失烈门密谋造反。谁知道事情中途泄漏，蒙哥趁机将将察合台系与窝阔台系所有反对自己的人都抓了起来，在审讯后几乎统统杀光。其中最引人注意的一场审讯，就是在唆鲁合贴尼的金帐里举行的。被审讯的是“元定宗”贵由的斡兀立海迷失皇后以及失烈门的母亲合答合赤哈敦。
这时候蒙哥和唆鲁合贴尼可不是若干年来一直低眉顺眼礼貌俱全的模样了。海迷失皇后与合答合赤哈敦夫人，这两个曾经权势熏天的女人很快就屈打成招，并被判处了死刑。
窝阔台汗国从此被划成分零八落，由几个年幼的或亲近拖雷家族的窝阔台子孙（如阔端的后人）分别执掌。蒙哥没有了后顾之忧。
家族壮大
自拖雷死后的整整十七年间，唆鲁合贴尼一直维持保护着整个家族的利益，并在不动声色中使这个家族日渐壮大，最终达了主掌蒙古帝国的终极目标。如果说唆鲁合贴尼的所有动作都是为拖雷复仇，似乎也不是百分之百——面对将克烈部灭族、却又孕育了自己心爱丈夫与儿女的成吉思汗家族，我们实在猜想不出这位克烈部女儿内心所有的想法。但是无论如何，唆鲁合贴尼以她超群的计谋与政治头脑，完成了历史上最迂回的王位争夺战，她在元朝的历史中占有重要的地位，她的影响力仅次于成吉思汗的母亲诃额仑。眼看儿子成为帝国皇帝、丈夫也获得身后尊崇的第二年，如愿以偿的唆鲁合贴尼离开了人世，年纪大约在六十岁上下。按照习俗，她下葬起辇谷。
唆鲁合贴尼留在史书上最鲜明的一笔记录，是由她的三子旭烈兀写下的。他担任了蒙古第三次西征的主帅，一路横扫到麦加、大马士革。旭烈兀素有“屠夫”之称，所到之处动辄屠城，几乎变成人间炼狱。然而由于母亲唆鲁合贴尼信仰基督教，他放过了各地的基督教徒。
唆鲁合贴尼的长子蒙哥在称帝九年后的七月逝于攻打南宋的军营中，地点在四川钓鱼山。蒙哥死时，同母弟忽必烈也在中原、旭烈兀则远征伊朗，留守帝国都城哈剌合林的幼弟阿里不哥想要趁机登上皇帝宝座。公元1260年三月，唆鲁合贴尼次子忽必烈在开平称汗。公元1260年四月，唆鲁合贴尼幼子阿里不哥在按坦河称汗。公元1264年，经过四年的皇位争夺战之后，忽必烈最终胜出，阿里不哥被软禁。
公元1265年，忽必烈为生母唆鲁合贴尼上谥号为“庄圣皇后”。至元八年（1271年），忽必烈改国号为“元”，正式建立元王朝，定都于大都（今北京市），将一个殖民帝国带入中原封建王朝时代。只是由于他推行汉法，蒙古帝国西方的汗国都先后脱离了元王朝的管治。而忽必烈自幼接触儒学的最大理由，就是唆鲁合贴尼给他请了儒师。
公元1309年十二月，元成宗铁穆耳为祖母唆鲁合贴尼再上谥号为“显懿庄圣皇后”。十个月后铁穆耳再为祖母上玉册，曰：“祖功宗德，称诔于天。内则阃仪，受成于庙。行之大者名必显，恩之隆者报则丰。上以增佐定之光，下以伸追之孝。钦惟庄圣皇后，英明溥博，圣善柔嘉。尊俪景襄，阴教纯被。逮事光献，妇职勤修。勋聿著于承天，祥两占于梦日。迹圣绪洪源之有渐，知深仁厚泽之无垠。玄符肇自涂山，顾前徽之未称；苍兴于文母，岂后嗣之能忘。是用参考彝经，丕扬景铄。敷绎宝慈之谊，形容青史之规。谨遣摄太尉某奉玉册玉宝，加上尊谥曰显懿庄圣皇后。伏惟睿灵，昭垂鉴格。礼严？s宫，乐歌夷则。亿万斯年，承休无斁。”由于生出了这么几个影响力巨大的儿子，拖雷和唆鲁合贴尼的身后待遇极高。至今在成吉思汗陵的东殿里，仍然供奉着他们的灵柩。在蒙古族心目中的唆鲁合贴尼，不但是神圣的皇后、太后，民间更将她尊为送子娘娘。认为诚心供奉她将能够诞育出众的儿女。