经过充分发酵后的沼液，可直接存入贮粪池中用做喷施、洒施和浇施。
（1）喷施。沼液喷洒在蔬菜上可以被植物植株直接吸收利用，能加快叶绿素的合成，提高光合效率，促进蔬菜体内物质和能量的代谢，提高蔬菜吸收肥水的能力、抗逆性能及抗病菌能力，使蔬菜植株健壮旺盛，有利于干物质的积累，从而产生明显的增产作用和抗病虫害能力。喷施时间一般从定植后第5天左右喷第1次，以后每7～10天喷1次，共喷3～5次。沼液使用时，取正常产气一个月以上的沼气池内澄清、纱布过滤的沼液，应存放2～3天方可使用。使用浓度根据沼液浓度、施用作物及季节、气温而定。可将贮粪池中的沼液澄清液用喷雾器直接均匀的喷在作物上。一般幼苗、嫩叶期1份沼液加1～2份清水；夏季高温，1份沼液加1份清水；气温较低，又是老叶（苗）时，可不加清水。喷施一般做作物追肥，每亩施肥量为1500～2500千克。
（2）洒施。将沼液在耕地前均匀洒入土壤表面，并立即翻耕，以利于水肥与土壤结合，使养分吸附在土壤上，防止肥分损失。洒施一般做底肥，施肥量为每亩2500千克左右。
（3）浇施。结合农田灌溉浇施沼液，使肥料中的养分与水结合在一起，均匀施到土壤中，有利作物吸收，并节省施肥用工。浇施沼液的土壤，要求地要平整，施肥时在水渠口将沼液均匀地浇到灌溉水中，浇施的数量与流水的速度要配合好，以达到所要求的施肥量。浇施一般做追肥，每亩施肥量为1500千克左右。
沼气肥宜深施不宜浅施，特别不宜表皮施，在相同条件下，深施比浅施增产12%，比表皮施增产20%。