（1）选定堆积场所。有顶棚的堆积场舍最理想。如在户外露天堆积，则需有适当覆盖，以防雨水冲刷。另外，必须考虑水分取得、翻堆空间、通风情形及肥水收集等问题。
（2）准备材料。堆肥材料的选择，应先了解作为堆肥主体材料的碳氮比属于高还是低，以适宜碳氮比的材料作为配合。如以稻草类为主体，可配合含氮较高的鸡粪、猪粪、豆粕、鸟粪等；如以猪粪类碳氮比低者为主体，则选择碳氮比高的木屑、废弃菇类堆肥、谷壳等作为配合材质。但无论任何材料，都应以来源丰富、容易获得、成本低廉为原则。
（3）假堆。通常碳氮比高的有机材料，其材质都较坚硬且容积密度低。在混合材料堆积前需事先单独加水使其纤维软化，容积密度增大，以利后续堆积发酵，称做假堆。
（4）混合及水分控制。先将粪便风干至水分达30%～40%，将粪便与稻草（切碎）等膨松物按质量100：10混合，每100千克混合肥中加入1千克催熟粉，充分拌和均匀，堆肥材料经过充分混合均匀有利于发酵。堆肥材料混合的同时，可以适当地调整含水量。以手紧握堆积材料则水能沿指缝点滴成型，或用棍棒插入堆积材料中，棍棒拔出时棍棒端湿润为标准。水分含量不足时，添加水分时需注意不要让肥水流失，以免损失肥分，应经由肥水沟收集后重新加入堆肥中。堆积材料水分含量过多可加木屑、谷壳等调整。
（5）堆积。根据堆肥的温度变化，可以判定堆肥发酵的腐熟程度。当气温15℃时，堆积后第3天堆肥表面以下30厘米处的温度可达70℃，堆积10天后可进行第1次翻混，翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度可达80℃，几乎无臭。第1次翻混后10天，进行第2次翻混，翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为60℃。再隔10天后，第3次翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为40℃。翻混后的温度为30℃、水分含量达30%左右之后不再翻混，等待后熟。堆积的体积越大，越容易发热升温，但在初期60℃以上的高温期需维持7～14天，这种高温，可把粪便中的虫卵和杂草种子等杀死，大肠杆菌也可大为减少，达到有机肥无害化处理的目的。此后，应调整到50℃～60℃，其方法为加强翻堆及通气，以散去发酵热能，否则温度过高，堆肥分解发酵周期将延长，而且容易损失氮成分。堆积的体积过小，温度不易升高，不能达到杀菌及发酵的目的。一般堆肥堆积高度不宜超过1.5米，堆积的体积则应视气候条件及通气设备来考虑，温度将是很好的参考指标，在气温低及有通气设备时，可酌量增加堆积的体积。
（6）覆盖。覆盖的目的在于防止水分散失、保温，使堆肥水分及温度均匀分布，而且有促进发酵的作用。其次，覆盖也可以防止蚊虫产卵、病原菌和杂草种子侵入，以维持堆肥品质。覆盖物的材质以麻布类稍具通气性者为上品，其次为稻草、秸秆类、草席等，塑料布仅适于户外防雨使用。
（7）摊开（后发酵）。后熟一般3～5天，最多10天即可。后熟完成，堆肥即制成。当堆肥发酵温度降至40℃左右，即使翻堆也不再升温，且堆肥色泽变黑，没有臭味，材质脆软，可将堆肥摊开呈高约20～40厘米平铺状。此时微生物转为低温后发酵作用，堆肥成分趋于稳定腐熟。同时可让水分自然蒸发，以减少日后搬运的质量。